• Hydrocity Zone (Подводный город). Подводный и скоростной уровень, по стилю напоминающий «Chemical Plant Zone» из Sonic the Hedgehog 2. Водные щиты, которых здесь предостаточно, сравнительно облегчают прохождение зоны. Босс первого акта — круглый шар, крутящийся во всех направлениях. Во втором акте Соник вновь сталкивается с Роботником, вызывающим водоворот и пытающимся затянуть героев туда. В конце уровня Соника с Тейлзом фонтаном выбрасывает в надводную часть руин — «Marble Garden».

• Marble Garden Zone (Мраморный сад). Зона мраморных руин на Острове Ангелов. Она выделяется своей запутанностью и рекордным количеством колец: не считая мониторов, в зоне их 506. Босс первого акта — некая дрель, которая сыпет с потолка обломки сталактитов, но, если игрок имеет на себе любой щит, то они не причинят ему вреда. Боссы второго акта у Соника и Наклза (в игре Sonic 3 & Knuckles) заметно различаются. При игре за Соника с Тейлзом (или за одного Тейлза) это битва с Роботником в воздухе; за Наклза всё несколько легче — ЭггРобо протягивает две цепи, и по одной из них движется. После победы Соник с Тейлзом прилетают в Carnival Night Zone.

• Carnival Night Zone (Карнавальная ночь). Популярная зона, очень похожая на «Casino Night» в Sonic the Hedgehog 2 и «Spring Yard» в Sonic the Hedgehog. Соник и Тейлз пробираются по ночному карнавальному городу. Зона полна неожиданных секретов и ловушек, а во втором акте героям препятствует вода в бассейне. Босс первого акта — небольшой железный робот, выпускающий платформу, которая разбивает кирпичи. Босс второго — Доктор Роботник, пытающийся затянуть Соника под ток. В конце уровня Соник и Тейлз залезают в пушку и их выбрасывает на вершину горы — «Ice Cap».

• Ice Cap Zone (Ледник). Снежная зона, в начале которой Соник катится на сноуборде. Уровень проходится в быстром темпе, так как глыбы льда могут придавить Соника в любой момент. Во втором акте много подводных пропастей. Босс первого акта — снежная машина, притягивающая к себе снежки и кидая в Соника. Босс второго — Роботник с платформой на цепи, которую он выдвинул специально для ежа. Она может превратить Соника в кусок льда. Как и в «Angel Island Zone», если игрок зашёл на бонус-уровень или потерпел поражение в первом акте, будет играть музыка второго.

• Launch Base Zone (Стартовая база). Огромная площадка, которую доктор Роботник использует для повторного запуска «Яйца Смерти», наполненная ускорителями, бурами, лифтами и огнемётами. Этот уровень выделяется своей скоростью, особенно во втором акте, где также имеется водная часть. Босс первого акта — рукастая машина, с каждым ударом по которой теряющая конечности. Если, управляя со второго геймпада лисёнком Тейлзом, запрыгнуть на неё сверху и ударить 256 раз, то она лопнет, как обычный враг. В конце второго акта Соника ожидают последние три босса разной степени сложности. Первый — это Роботник, выдвигающий мост, из-под которого вылетает ядро. Победив его, Соник садится в эггмобиль и летит на площадку Яйца. Второй босс — трёхэтажная ракета, с каждой серией ударов теряющая по этажу. Третий — доктор Роботник в своём очередном транспорте, пытающийся поймать ежа в клещи.

Bonus Stages

В Sonic the Hedgehog 3 существуют дополнительные уровни — Bonus Stages, которые предназначены для сбора всевозможных бонусов.

Чтобы в него попасть, на обычном уровне необходимо набрать более 50 колец и включить контрольный столб (такие же были и в Sonic the Hedgehog 2, только тогда они служили для попадания на «Special Stage»), а затем запрыгнуть в появившийся над ним круг звёздочек.