При запуске версии для Mega-CD на стандартном CD-проигрывателе, имеется возможность услышать все треки «Настоящего» и «Будущего». Треки «Прошлого» — это импульсно-кодовая модуляция, поэтому воспроизводятся только через звуковой тест игры. Тем не менее, порт на ПК включает в себя музыку «Прошлого» в стандарте звукового компакт-диска, поэтому она может быть найдена ближе к концу диска.

Различие саундтреков привело к спорам — журнал GameFan дал японско-европейской версии игры высшую оценку равную 100 %, а североамериканской версии — 70 %, при этом дав понять, что это различие связано с изменением саундтрека. Нильсен позже высказал своё мнение на этот спор: «Они все играли в японскую версию в течение недель или месяцев, прежде чем вышла наша версия, это всё равно что, заменить музыку к „Звёздным войнам“ после выхода фильма. С этой точки зрения, я не могу винить их». Тем не менее музыка из Sonic CD вошла в список «17 игровых саудтреков, опередивших своё время», составленный сайтом GamesRadar.

Музыкальные альбомы

Большинство музыкальных композиций из североамериканской версии Sonic CD вошли в специальный альбом Sonic the Hedgehog Boom: The Music from Sonic CD and Sonic Spinball (1994). Некоторые песни входили в другие альбом, например «Sonic Boom» вошла в альбом True Blue: The Best of Sonic the Hedgehog (2008), «Sonic — You Can Do Anything» также входила в альбомы SONICTEAM «PowerPlay» (1998), Sonic 10th Anniversary (2001), True Blue: The Best of Sonic the Hedgehog (2008) и History of Sonic Music 20th Anniversary Edition (2011); «Cosmic Eternity — Believe in Yourself» — в SONICTEAM «PowerPlay» (1998), Sonic 10th Anniversary (2001) и True Colors: The Best of Sonic the Hedgehog Part 2 (2009)). Музыка уровня «Palmtree Panic» вошла в альбом History of the 1ST Stage Original Soundtrack White Edition (2011), который был доступен только в Японии, для предзаказавших игру Sonic Generations для PlayStation 3 или Xbox 360.

Первый музыкальный альбом с японским саундтреком к игре вышел 23 ноября 2011 года. Приуроченный к юбилею серии, он носит название Sonic the Hedgehog CD Original Soundtrack 20th Anniversary Edition. В него вошли 40 треков из игры и 2 ремикса от Crush 40 и Cash Cash.