;Саркофаг: Через люк игрок проникает внутрь саркофага. Здесь темно и царит тишина, Периодически раздаётся мощный голос Монолита, который зовет Сталкера словами: «Твой путь завершается, иди ко мне…». Здесь прячутся сектанты Монолита в экзоскелетах, поэтому придется применить большие усилия. В секретном помещении под реактором можно достать патроны и экзоскелет, однако радиация в этом месте очень высокая. Пройдя к Монолиту, можно обнаружить одну из пяти так называемых «ложных» концовок.

Управление Монолитом: Извилистый коридор, заканчивающийся комнатой с установкой управления пси-установкой Монолит. Охраняется усиленными отрядами группировки Монолит.

;ЧАЭС (открытое пространство): Северная часть 3-го и 4-го блоков ЧАЭС. Здесь расположен саркофаг над разрушенным реактором, основные коммуникации станции и работающие генераторы Зоны. Почти все объекты достоверно воссозданы с фотографий. На поверхности земли смертельный радиационный фон, продвижение возможно по надземным трубопроводам через систему телепортов. Этому активно мешают члены группировки Монолит. После прохода игрока через все телепорты наступает вторая «истинная» концовка игры.

Вырезанные локации

В процессе разработки планировалось множество локаций, однако не все попали в финальную версию. Это:

Ранняя версия Кордона: Больше по площади финальной версии. Принцип расположения основных объектов сохранился. Из не сохранившихся объектов можно отметить сильно заброшенную деревню сталкеров, старую фабрику на месте АТП. Некоторые части этой фабрики находятся в финальной версии на Дикой Территории. Частично остался в мультиплеере на карте «Завод „Янтарь“». Также присутствует пара небольших хуторов за железнодорожным мостом.

;Кишка Зоны: (другие названия — Темная Лощина, Darkscape). Вырезана из игры, хотя очертания на карте Зоны присутствуют. Играбельна в сборке 2571. На сохранившемся загрузочном экране видно главную достопримечательность локации — полуразрушенный железнодорожный мост между двумя тоннелями. Этот мост можно разглядеть на общей карте Зоны правее Кордона. Немного покопавшись, можно было узнать, что там были скриптовые сцены с кровососами, герой ехал через неё на автомобиле, за героем гнался военный вертолёт из Тёмной Долины, и там были бандиты. Часто ошибочно «Кишкой Зоны» называли локацию «Генераторы». Из-за похожести названий Darkscape и Escape (Кордон) локацию ошибочно называют Darkscape — Темный Кордон.

Покинутая деревня: (другие названия — Затерянная деревня, Собачья деревня). Представляет небольшую деревню, разделённую глубоким разломом. В игре присутствует в виде карты для сетевой игры. В составе локации угадываются дома, ранее находившиеся на Кордоне старой версии. На данный момент реальность локации как части игрового мира сомнительна.

;Мёртвый Город: Из игры вырезан, в «Чистом Небе» его прототип как заброшенного города — Лиманск (сам город остался на карте южнее). Довольно маленький городок к западу от Военных Складов, в нём жили энергетики, не имевшие дома в Припяти и Чернобыле. Понятно, Мёртвый Город вымышлен. По задумке разработчиков, там должны были находиться базы бандитов и наёмников. Играбелен во многих сборках, где показывает себя во всей красе. В городе есть канализация, по которой игрок должен был удирать от наёмников с их базы.

Болота: Вырезаны из игры в связи с проблемами производительности компьютеров времени разработки, возвращены в «Чистом Небе», но в несколько ином виде. Огромный массив непролазных топей. Играбельны в некоторых сборках, где представляют ненаселенную локацию, затопленную водой, кое-где на которой остались следы цивилизации. Посередине локации её пересекает от начала до конца автомобильное шоссе из Мертвого Города.