Но шпионы Императора обнаружили Старкиллера и доложили об этом Императору, и тот немедленно отправился на встречу с Вейдером. Он приказывает ему убить своего ученика, и Вейдер убивает его и выбрасывает в космос. Но всё же он остался жив.

Вскоре Вейдер находит и оживляет его. Он объяснил причину своего поступка и дал Старкиллеру новую задачу — собрать повстанцев вместе и основать союз, который они используют, как отвлекающий манёвр для убийства Императора. Вейдер говорит, что теперь он будет действовать сам, без помощи Старкиллера. Первым делом Старкиллер находит Коту, который выжил после падения, но начал пить не просыхая. Кота становится наставником Старкиллера. Потом Старкиллер освобождает из плена Империи Лею Органу, дочь Бейла Органы. Там же он встречается с призраком своего отца, который говорит, что не хотел для своего сына такой судьбы. После он возвращается на Фелуцию, где сражается с ученицей Шаак Ти — Мэрис Бруд и освобождает Бейла Органу, после чего возвращается на Раксус Прайм, где ценой неимоверных усилий он смог уничтожить Звёздный Разрушитель.

Но и эти «игры в джедая» не прошли даром. Старкиллер смог наконец почувствовать истинное дыхание светлой стороны и был готов стать настоящим джедаем (тем более, что он обладал поистине уникальными способностями Силы). Но он всё ещё был верен своему «повелителю». До одного момента. Вскоре все повстанцы вместе с Старкиллером собрались на Кореллии, где и был основан Альянс Повстанцев. Но неожиданно планету атакуют имперские войска. Вейдер врывается к ним и забирает повстанцев для того, чтобы Император лично казнил их, чтобы у него не было сомнений по поводу преданности Вейдера. Старкиллера же он сбрасывает со скалы, но он чудом пережил падение. После этого ситху — Старкиллеру пришел конец. В нём проснулся джедай Гален Марек. Его находит Джуно и они летят на Звезду Смерти для последней битвы.

Перебив имперские войска и победив самого Дарта Вейдера, Старкиллер встает перед выбором. Император замечает его силу и предлагает ему убить Вейдера и стать Лордом Ситхов вместо него. Тем временем Кота освобождается из плена, забирает световой меч Императора и пытается его атаковать. Но Император стреляет в него молнией. Теперь у главного героя есть два выбора: сразиться с Императором и спасти Коту с повстанцами (каноническая концовка). Или же убить Вейдера и занять его место (неканоническая концовка).

Главные герои

• Гален Марек (Старкиллер) — образцом данной игры стал небезызвестный актёр Сэм Уитвер, главный герой игры, тайный ученик Дарта Вейдера, который после предательства своего учителя окончательно переходит на сторону сопротивления. Гален Марек — сын джедая Кенто Марека (Отступника), чей потенциал в силе намного превосходил потенциал Вейдера и практически не уступал мощи Энакина Скайуокера. Погибает на Звезде смерти в схватке с Палпатином в «доброй» версии игры, при «злом» выборе позже был превращен в киборга. Основатель Альянса Повстанцев.
• ПРОКСИ — тренировочный робот-дроид, находящийся в подчинении Старкиллера. Изначально предназначен для тренировки своего хозяина, но долгое время использовался не по назначению (модулировал внешность, для передачи сообщений). Спас своего хозяина, пожертвовав собой, отвлекая Дарта Вейдера, однако был найден и восстановлен командиром Джуно.
• Дарт Вейдер — могущественный ситх, являющийся правой рукой императора Дарта Сидиуса. Вейдер является наставником Старкиллера, который обманным путем подставляет своего ученика. В свою очередь Марек, не ведая своих ошибок, продолжает служить Вейдеру до сбора совета сопротивления.
• Джуно Эклипс — бывший имперский командир, перешедший на сторону сопротивления. Изначально Дарт Вейдер приставляет её к Старкиллеру в качестве командира корабля. Впоследствии она влюбляется в него и становится для Галена больше, чем просто пилотом (которых до неё было 7).Образцом для Джуно стала актриса и модель Натали Кокс
• Палпатин (Дарт Сидиус) — император галактики, контролирующий Дарта Вейдера на протяжении всей игры; именно против него, по мнению Марека, строит планы Вейдер. Дарт Сидиус пытается всеми силами подавить любое восстание, поэтому Вейдер подставляет Старкиллера и захватывает почти всю верхушку повстанческого сопротивления.