Добыв последний артефакт и прибыв в точку встречи с кораблями «Фонда Мёбиуса», Рейнор натыкается на три крейсера Доминиона, в том числе и флагман императора. Рейнор идет на абордаж, желая встретить и убить Арктура Менгска, но неожиданно для себя он встречает наследника трона Доминиона — принца Валериана Менгска. Тот рассказывает, что является хозяином «Фонда Мёбиуса» и нанял его для поиска артефактов. Чтобы окончательно убедить Рейнора и перетянуть его на свою сторону, Валериан сказал, что он может дать Рейнору шанс спасти Сару Керриган. И, хотя союзники Рейнора ждали от него продолжения в восстании против Доминиона, он решает отправиться на Чар. В ходе ожесточенной битвы терраны побеждают и задействуют артефакт. К Керриган возвращается человеческий облик, но она чуть было не становится жертвой Тайкуса, который, как оказалось, по приказу Арктура Менгска хотел убить её в обмен на свободу. Но Рейнор спасает её, прикрыв от пули своим скафандром, и стреляет в Тайкуса из револьвера, последняя пуля в котором была подготовлена непосредственно для Императора Доминиона. Кампания заканчивается тем, как Рейнор идет по Чару вместе с Керриган на руках. Тайкус погибает, а Арктур Менгск так и не был свергнут.

Пасхальные яйца

• В миссии «День независимости» на площади, где падают капсулы с подкреплением сверху можно заметить рекламу iCruiser.
• В ролике Побег с Мар Сары на экране в Гиперионе можно заметить надпись Blizzard Entertainment.
• У Игона Стетмана под халатом можно найти банки из-под газировки с надписью Blizzard.
• В миссии «С ножом у горла» на больших ящиках (при сильном увеличении в редакторе) можно заметить коробку из-под невышедшей игры StarCraft: Ghost (для PlayStation 2), главной героиней которой является призрак Доминиона Нова. Также в том же ящике можно найти книжку по WarCraft.
• В миссии «Призрачный шанс» в лаборатории с ультралисками на одном из компьютеров запущена игра The Lost Vikings. На соседнем компьютере открыт рабочий стол.
• Если вы завершили миссию «Призрачный шанс», то в арсенале вы можете увидеть Нову на ящиках с винтовкой призрака (если очень долго смотреть описание винтовки).
• В секретной миссии «Сердце тьмы», идя по краю астероида вверх, можно найти мурлока-морпеха, который беспорядочно прыгает. В редакторе его можно поставить на карту, и даже управлять им, но он не может атаковать (анимация стрельбы видна только когда он стоит на месте). Также в лаборатории, где заключён бруталиск, в одной из колб, можно найти таурена космодесантника.
• В миссии «Время „Ч“» за базой зергов можно найти таурена-космодесантника, который садится в биотуалет и улетает (если покликать по туалету). Если открыть этот секрет, далее в игре в некоторых местах можно будет увидеть этот летающий туалет, например через окно на мостике Гипериона.
• На плечах Таурена-космодесантника (в редакторе) можно найти надпись MAD COW.
• Так же в миссии «Время „Ч“» рядом с первой группой спасаемых морпехов можно найти плакат с объявлением о награде в 70000 долларов за нахождение убийцы Дейва Берггрена (также на плакате указан телефон 876-555-5454 и адрес www.starcraft2.com). На задней стороне этого плаката можно увидеть рекламу пива Зергсберг: «Пожалуй худшее пиво в мире».
• В миссии «Песочница дьявола» в правом нижнем углу, на небольшом острове, окруженном лавой, находится (уменьшенный) Диабло — главный антагонист игр серии Diablo. Его тоже можно поставить на карту в редакторе, но при ходьбе он не переставляет ноги и тоже не может атаковать.
• В кают-компании «Гипериона» голограмма девушки исполняет тот же танец, что и ночная эльфийка в World of Warcraft.
• В миссии «Фактор Мёбиуса» сверху и справа от второго здания с данными можно найти такую же голограмму девушки как и во внутриигровой рекламе «Заправке-гриль Буббы».
• Также в кают-компании «Гипериона» стоит игровой автомат со встроенной игрой «The Lost Viking», название которой является отсылкой к игре The Lost Vikings.
• Если пощелкать по «Викингу» он скажет: «Эрик, Балеог, Олаф сюда! Опять что ли заблудились…» Эрик, Балеог, Олаф — имена трёх главных героев (викингов) из игры The Lost Vikings.
• В миссии «Чрево чудовища», увидев омегалиска, один из пехотинцев кричит: «Game over man game over», что является цитатой из кинофильма «Чужие».
• В миссии «Фактор Мёбиуса» можно найти плакат Blizzard Entertainment. Также в этой миссии, снизу и слева от бруталиска, можно найти рекламу Nuka Cola — популярного напитка в Fallout.
• В одной из миссий и в игровом автомате в режиме кампании можно найти Левиафана, который является одним из рейдовых боссов Ульдуара в игре World of Warcraft.
• Когда в арсенале «Гипериона» появляется медэвак, в его описании упоминается, что один из его пилотов убил пехотинца, назвавшего медэвак «хилботом». Это является ссылкой на популярный аддон для World of Warcraft HealBot Continued.
• Как и во всех играх Близзард как минимум с Warcraft 2, если часто выделять юнита или персонажа, то он будет произносить забавные речи.
• Если покликать на Тайкуса во время задания «Машина войны» он скажет: «Какая прелесть! Можно мне его оставить?», что является отсылкой к игре World of Warcraft. Там есть достижение «Можно мне его оставить?», смысл которого заключается в том, чтобы завести любого питомца.
• Если достаточно долго щёлкать по «Ворону» он скажет: «Что тут кто говорил о тортике?», это является намёком на игру Portal, где GLaDOS тоже постоянно упоминает тортик.
• После завершения миссии «Звезда Экрана» во время репортажа за долю секунды можно увидеть три кадра: огромную муху, пьющую виски из бутылки, в кают-компании Нова даёт пощёчину Хорнеру (старому варианту), Нова летит на Метте верхом.
• При прохождении миссии «Звезда Экрана», можно найти здания, принадлежащие некой Goraion Systems, имеющей логотип в виде головы механического льва. Это явная отсылка к мультсериалу Beast King GoLion.
• После выхода обновления 1.2, если покликать по мерцающей сфере под логотипом StarCraft II Wings Of Liberty, можно попасть в секретный чат-канал «Коровий уровень» («Cow Level»), в котором к каждой фразе в чате прибавляется «…му-у-у!». Это является отсылкой к игре Diablo 2, в которой секретный уровень, назывался также «Cow Level».
• Если пройти на игровом автомате игру Lost Viking до конца, то можно увидеть плакат Blizzard Enternaiment когда вы приедете в Викингвилль.
• В игре несколько раз (один раз по телевизору, после прохождения миссии из мини-компании за протосов, а также на транспаранте, в миссии со штурмом канала UNN) встречается реклама пистолета iPistol.
• В миссии Фактор Мёбиуса рядом с третьим хранилищем данных можно увидеть киноафишу с рекламой «А зерги здесь тихие» — это отсылка к фильму «А зори здесь тихие»;также, в миссии "Призрачный шанс" в бегущей строке упоминается фильм "Мой ласковый и нежный зерг" (фильм "Мой ласковый и нежный зверь")
• В анимированном портрете юнита Бессмертный можно заметить плавающую рыбу.
• В анимированном портрете «Тора» можно заметить у юнита на груди татуировку Таурена из World of Warcraft.
• В миссии «Фактор Мебиуса» на одной из крыш с наемниками есть труп курильщика из игры Left 4 Dead. На крыше соседнего здания есть надпись — «Здесь живые».
• На экране загрузки игры при запуске изображено лицо Рейнора в скафандре. На его шлеме (внизу, где борода) выбиты цифры «3105». Эти цифры являются датой анонса StarCraft II: 31.05.2007.
• В миссии «Шепот судьбы» встречаются заграждения из камней. Кликните на них, иконка напоминает Spawning Pool зергов из первых частей игры.
• В предпоследнем ролике кампании, Рейнор берет жетон павшего бойца, с надписью «М. Койтер». М. Койтер — один из разработчиков Blizzard, умерший от сердечной недостаточности в возрасте 19 лет. В World of Warcraft есть такой же НПС в виде целителя душ, которого видно в «живом» мире — Койтер. Он находится неподалеку от Перекрёстка в зоне «Вершина павшего воина». Койтер стоит над могилой со знаком Орды. М. Койтер играл орком.
• Если много раз нажимать по морпеху, то после нескольких фраз про неудобный скафандр он скажет любимую фразу Дюка Нюкема, взятую из фильма «Чужие среди нас» — «Пришло время жевать жвачку и драть задницы, вот только жевачка у меня кончилась». Эту же фразу говорит Тайкус в миссии «Машина войны».
• Вид командира боевого крейсера терран — копия командира крейсера Yamato из аниме Uchuu Senkan Yamato, где слово «Yamato» использовалось как название спецорудия крейсера.
• В трейлеры Heart Of The Swarm когда ультралиск растаптывает пехотинца (примерно 1:44) слышен Крик Вильгельма.