«Сыны Корхала» находят чертежи для производства пси-излучателей, и устанавливают несколько экземпляров на густонаселённых планетах Конфедерации, включая её столицу, Тарсонис. В результате, основные силы и миры Конфедерации были сокрушены нескончаемыми атаками привлечённых пси-излучателями зергов, а оставшиеся терранские поселения перешли под контроль «Сыновей Корхала», выступивших в роли защитников человечества от инопланетной угрозы, и основавших на обломках Конфедерации новый государственный строй — Доминион.

Все это время, командующий флотом протоссов, верховный тамплиер Исполнитель («экзекутор») Тассадар, следуя приказу Конклава, выжигал зараженные зергами планеты одну за другой. Однако, во время битвы за Тарсонис, он решил вмешаться и попытался спасти людей, высадив десант на космическую платформу «Новый Геттисберг», на которой располагался главный Улей зергов, с целью уничтожить его и не дать зергам полностью разрушить Тарсонис.

Это шло вразрез с планами лидера «Сыновей Корхала» Арктура Менгска, который желал полного уничтожения всего, что стояло на его пути к власти («Не стоит меня останавливать, Джим. Меня никто не остановит: ни вы, ни Конфедерация, ни Протоссы — никто! Я буду управлять этим сектором или сожгу его дотла»). Он послал на ту же платформу Сару Керриган — свою ближайшую помощницу, с приказом помешать силам протоссов уничтожить зергов.

Посланный Тассадаром десант оказался тактически слабее и отступил, чем воспользовались зерги, атаковавшие позиции терран с тыла. Отряд Керриган был уничтожен после того, как Менгск проигнорировал её просьбу об эвакуации.

Эпизод II (Сверхразум)

Однако Керриган не погибла, а была захвачена зергами и помещена в кокон (хризалиду)для последующего превращения в агента Сверхразума зергов, которых заинтересовали её выдающиеся телепатические способности.

Джим Рейнор, бывший командир Арктура Мет Хорнер и лояльные ему повстанцы восстали против Арктура Менгска и, прорвав блокаду Доминиона, ушли с Тарсониса вслед за Роем зергов, надеясь спасти Керриган. Параллельно, вслед за ним, Арктур послал с той же целью генерала Эдмунда Дюка во главе эскадрона Альфа. Однако, прибыв на главную планету зергов, Чар, экспедиция эскадрона Альфа была разбита силами зергов, защищавших хризалиду с Керриган.

Повстанцев Рейнора победила сама Керриган в своей новой ипостаси «Королевы клинков» зергов. Однако она сохранила жизнь Рейнору и его оставшимся последователям, позволив им бежать.

Тассадар обнаруживает, что изгнанные в незапамятные времена собратья протоссов Тёмные храмовники способны разорвать связь между Сверхразумом зергов и Роем, уничтожая его непосредственных слуг, неуязвимых к обычному оружию (Zerg Cerebrate). Со смертью такого слуги подчинённые ему солдаты-зерги впадают в бесконтрольную ярость.

Однако, убивая слугу Сверхразума по имени Засз, тёмный храмовник Зератул вошёл в кратковременный ментальный контакт со Сверхразумом, который, благодаря этому, узнал местонахождение родной планеты протоссов, Айура и направил туда Рой. В последовавшем эпическом сражении высшее руководство протоссов, Конклав, потерпело поражение, и большая часть протоссов была уничтожена. Сверхразум переместил себя в пространстве и внедрился в кору Аиура, готовясь сделать расу протоссов частью Роя.

Эпизод III (Падение)

Новый Исполнитель протоссов (Верховный тамплиер Харас изначально отождествляется с ролью игрока, позже отождествлен с Артанисом) одержал ряд побед над зергами, что не помешало им удвоить свои завоевания. Тассадар, временно вышедший на связь с Чара предложил новую тактику — убивать непосредственно церебралы зергов.