Много изданий хвалили игру за бесконечный геймплей. Что касается развития персонажа, Трент Уорд (Trent Ward) из IGN заявил, что этот элемент ролевой системы позволял игрокам «играть за совершенно разных персонажей», и чувствовать, что это делает каждое прохождение уникальным. Ерик Рекейз (Erik Reckase) пишущий для Just Adventure согласился, говоря: «Есть очень мало игр, которые позволяют вам играть так, как вы хотите.» Алек Норандс (Alec Norands) из Allgame верил в то, что разные классы персонажей делали игру «достаточно разнообразной чтобы иметь невероятную реиграбельность.»

Критики описывали игру как пугающую. Колин из Game Revolution заверил, что игра по жуткости соперничает с Resident Evil 2 и Silent Hill, и чувствовал, что игра «полна ужаса». Computer and Video Games описал атмосферу как «захватывающую» и гарантировал читателям, что «их сердце будет падать в пятки» много раз. Норандс нашёл звук особенно эффективным, называя его «абсолютно, зубодробительно тревожным», тогда как редактор PC Gamer Уильям Хармс (William Harms) окрестил «System Shock 2» самой страшной игрой, в которую он когда либо играл.

Многие критики назвали систему ухудшения состояния оружия раздражающей. Члены команды разработчиков также выразили опасения по поводу системы. Ролевая система была другим спорным элементом. Десслок (Desslock) из GameSpot описал работу системы как «плохо сбалансированную», потому что игрок может развивать навыки вне зависимости от выбранной карьеры. Норандс испытывал похожие чувства в отношении системы, говоря что она «благоволит персонажам хакерам».

Наследие

«System Shock 2» рассматривается критиками, как игра, оказавшая большое влияние на жанры шутер от первого лица и survival horror. В ретроспективной статье, Gamespot назвали игру «опередившей своё время» и заявили, что она «повысила ставки на драматичные и механические условия», создав опыт игрового процесса, внушающего ужас. Вместе с Deus Ex, Сид Шуман из GamePro окрестил «System Shock 2» «[одним из] двух стволов инноваций в FPS» вследствие их комплексного ролевого игрового процесса. Автор из IGN Кэм Ши сослался на игру, как на «второе изобретение жанра», указывая на историю, персонажей и ролевую систему. Игра была введена в списки величайших игр мира, включая список Gamespy, Edge, IGN, Gamespot, и PC Gamer.

Возвращение SHODAN рассматривалось критиками как инновация. Брэд Шумейкер из Gamespot описал её как «один из самых шокирующих и эффектных сюжетных поворотов в компьютерных играх», который он когда-либо видел.Её появление Gamespy назвал тем, что сделало «System Shock 2» «нечто большим, чем просто ещё одной игрой». SHODAN оказалась популярной среди некоторых критиков: среди них IGN, Gamespot, и The Phoenix.

«System Shock 2» создал целый культ среди фанатов, многие из которых требовали продолжения.Некоторые поклонники создали активное сообщество создателей модов, где имели место попытки улучшения графики игры. Один из модов, улучшающих графику, названный Rebirth, заменяет низкополигональные модели более качественными. Другой мод, Shock Texture Upgrade Project (SHTUP), значительно увеличивающий разрешение внутриигровых текстур. Сообщество фан-сайта Sshock2 также выпустило бесплатный редактор уровней, именуемый ShockEd, который является перепакованной версией собственного редактора Looking Glass Studios.

В 2007 году студия 2K Boston/2K Australia — изначально (и снова с января 2009 года) известная, как Irrational Games — выпустила духовного «наследника» серии System Shock, под названием BioShock. Действие игры происходит в заброшенном подводном утопическом городе, разрушенном генетической модификацией его жителей. Игра была успешна как коммерчески, так и среди критиков. «BioShock» имеет много особенностей геймплея «System Shock 2»: могут быть активированны станции восстановления, позволяющие игроку возродиться после смерти; взлом, ограниченные боеприпасы и исследование мира, являются частями игрового процесса; уникальные силы могут быть получены через плазмиды и спец. способности, похожие на псионику «System Shock 2». Оба произведения имеют схожие сюжеты, используют аудиологи и сценки с призраками для раскрытия предыстории.

9 января 2006 года GameSpot сообщил, что Electronic Arts обновили права на торговую марку «System Shock», создавая слухи о том, что «System Shock 3» может быть на стадии разработки. Через три дня Computer and Video Games сообщили, что надёжный источник подтвердил разработку. Electronic Arts UK не дали никаких комментариев по этому поводу. PC Gamer UK усилил слухи, заявив, что созданием занята команда, сделавшая The Godfather. Кен Левин, когда его спросили о проекте, ответил, что «вопрос его никак не касается.» Он выразил оптимизм по поводу прогноза о «System Shock 3», но критично выразился об отношении Electronic Arts к разработке игры. К январю 2010, никаких окончательных выводов по поводу статуса предполагаемого проекта сделано не было.

Патчи

В отличие от предыдущей части, в «System Shock 2» можно играть в кооперативном режиме по сети или через Интернет (после установки патча v2.3).

После выхода ОС Windows 2000 стало известно, что игра на данной ОС работает некорректно. Кроме того, с распространением многопоточных и многоядерных процессоров (Pentium 4 с Hyper-threading, Athlon 64 X2, Core 2 Duo и др.) также было обнаружено, что игра самопроизвольно завершается аварийным остановом. Обе проблемы обусловлены недоработками движка Dark Engine, так как игры Thief: The Dark Project и Thief II: The Metal Age, созданные на более ранней версии движка, испытывают те же проблемы. Для оперативного решения проблемы необходимо при каждом запуске отключать через диспетчер задач использование процессом игры всех процессорных ядер кроме одного. Тем не менее этот способ может не работать. В таком случае необходимо в BIOS отключить технологию Hyper-Threading.

Позднее фанатами серии были созданы собственные патчи, которые, помимо устранения ряда игровых ошибок, исправляли ошибки с Windows 5.x и многоядерными процессорами, а также расширяли возможности движка, включая более высокое разрешение и отключение проверки SafeDisc. Кроме того, сообществом выпускаются графические моды, существенно улучшающие некоторые текстуры игровых объектов (например, SHTUP).

В конце 2005 года стартовал проект Open Dark Engine, поставивший перед собой целью создать движок на основе Ogre, способный запускать игры, основанные на движке Dark Engine.