Так как оказывается, что Джошуа на самом деле был жив, результаты второй Игры были аннулированы, и Нэку вынужден повторить Игру в третий раз. В этот раз входной платой для Нэку стали все оставшиеся игроки; то есть подразумевается, что Нэку не сможет заключить с кем-то пакт, а потому неминуемо погибнет в боях с Шумами. Ради Нэку Бит сбегает от Жнецов, и они вдвоём формируют новую команду. Вскоре они выясняют, что Жнецы и почти всё население Сибуи носят специальные красные значки, которые порабощают разум и заставляют людей мыслить одинаково. Две недели назад именно Нэку и Сики сделали эти значки последним писком моды, поэтому почти каждый успел их приобрести. Не собираясь выполнять никаких заданий, Нэку и Бит начинают поиски легендарной Реки Сибуи, которую искал ещё Джошуа во время прошлой Игры. На Реке они встречают Дирижёра Игр Мэгуми Китанидзи. Китанидзи объясняет, что он создал красные значки в надежде изменить с их помощью Сибую к лучшему, дабы она не была стёрта разуверившимся в ней Композитором; если попытка Китанидзи провалится, то он будет стёрт вместе с Сибуей. По замыслу Китанидзи, если все люди станут мыслить совершенно одинаково, то им будет легче договориться друг с другом, и тогда они смогут построить совершенный мир.

В этот момент появляется Джошуа и объявляет, что он и есть Композитор. Джошуа возвращает Нэку отсутствующие воспоминания о его смерти: получается, что Джошуа собственноручно застрелил Нэку, выбрав его в качестве посредника в своём споре с Китанидзи. В тот же момент Минамимото пытался захватить положение Композитора, убив находящегося в ослабленном человеческом обличье Джошуа. После провала попыток обратить друзей против Нэку Джошуа предлагает герою последнее испытание: подстрелить его в дуэли и тем самым определить судьбу Сибуи. Нэку не решается сделать выбор, и Джошуа стреляет в него. Нэку приходит в сознание на пешеходном переходе возле торгового центра «104», запутанный произошедшим, но отныне живой.

Финальные титры игры описывают события, произошедшие через семь дней после завершения Игры. Нэку идёт по улице к статуе Хатико, чтобы встретиться с Битом, Рифмой и Сики и в это время рассуждает, как прошедшие три недели изменили его в лучшую сторону. Хотя Нэку так и не простил Джошуа за совершённое, он полностью доверяет своему бывшему напарнику. Нэку задаётся вопросом, придёт ли сам Джошуа к статуе Хатико или нет. «Секретные отчёты» указывают на то, что Джошуа, увидев изменения в личности Нэку, решает пощадить Сибую и теперь верит, что этот мир прекрасен.

Геймплей

The World Ends with You относится к жанру Action/RPG. Сюжет разделён на три больших главы, каждая из которых включает неделю, пока длится Игра Жнецов. Игрок управляет Нэку и его компаньоном, которые исследуют Сибую во время выполнения ежедневных миссий. Хотя большинство миссий по сюжету необходимо завершить за определённое время, оно никак не связано с реальным временем.

Сибуя разделена на несколько кварталов; некоторые из них могут быть недоступны в определённый день, либо они закрыты стеной, которую может убрать один из Жнецов, если Нэку выполнит его задание, например, принесёт ему гамбургер или наденет на себя одежду определённого бренда. Нэку может «просканировать» область вокруг себя, активировав специальный значок. Сканирование покажет мысли неигровых персонажей, существующих в реальном мире, а иногда и мемы, которые могут быть полезными для продвижения по сюжету. Сканирование также выявляет присутствие неподалёку случайных Шумов, которые будут парить в воздухе или вокруг ключевого персонажа. Игрок вступает в бой, если коснётся стилусом символа Шума. Если захватить несколько символов разом, Нэку вступит в большой «цепной» бой длительностью в несколько раундов; за каждый символ будет добавлен один раунд. С каждым раундом сложность боя будет увеличиваться, однако и награда за бой возрастёт пропорционально. Изменение сложности боя и уровень максимального здоровья персонажей в меню игры также влияют на шанс выпадения трофеев.