В Греции

Вторая часть Наследия находится в Греции, в гробнице царя-бога Тихокана, вход в который находится в подвалах средневекового монастыря Святого Франциска. По прибытию на место Лара встречает своего старого соперника (также работающего на Натлу) Пьера Дюпона. Между ними завязывается диалог о жизни и роли денег в ней. Далее Лара находит путь к огромному подземному помещению, в котором находится 4 двери в катакомбы 3 греческих богов: Посейдона, Атласа, Гефеста, и одного персонажа греческого предания — Дамокла. Для того чтобы открыть ворота внизу помещения Ларе приходится побывать в каждой из комнат. В комнате Посейдона Ларе приходится разгадать загадку с системой затапливания и осушения комнаты; в комнате Атласа Лара должна проявить высокий уровень скорости и реакции, чтобы выжить; в комнате Гефеста ей придется поработать с огромным молотом, а в комнате Дамокла избежать гибели от мечей в потолке. Открыв ворота внизу, Лара попадает в Колизей. Там она сражается с гориллами и львами. Из колизея Лара попадает в Палаты мифического царя Мидаса. С помощью статуи Мидаса и его легендарной способности Лара должа превратить cвинцовые слитки в золотые, чтобы пройти дальше в гробницу Тихокана. На крышке каменного саркофага она читает, что Тихокан также был членом Триумвирата. Лара сдвигает её, но саркофаг пуст. Внезапно сзади Пьер Дюпон приставляет пистолет к затылку Лары, при этом он держит вторую часть Наследия в другой руке и требует первую часть (ту, что Лара нашла в Перу) в обмен на её собственную жизнь. Но Лара отказывается отдать Пьеру то, что он хочет, между ними завязывается перестрелка, потерпев поражение, Пьер выбегает из здания гробницы, но там его подстерегают ожившие статуи кентавров, которые оберегали гробницу. Они убивают Пьера, а перед этим он кинул Наследие Ларе, чтоб кентавры напали на неё. После схватки с кентаврами у Лары случается видение: Тихокан и Куалопек на вершине пирамиды судят третьего члена Триумвирата — свою сестру. Из видения Лара узнает, что третья часть Наследия в Египте.

В Египте

Лара прибывает в Египет и почти сразу же ей приходится сразиться с существами, напоминающими мумии огромных кошек. Посреди площади, где Лара дралась с мумиями, стоит обелиск с четырьмя местами для ключей. Лара отправляется на поиски ключей. В поисках, проходящих по песчаным помещениям, Лара находит огромные ворота и четыре цилиндрических обелиска. Отодвигая ящики в стенах, с помощью подсказок в маленьких помещениях, Лара открывает ворота и попадает в помещение, посреди которого стоит гигантский обелиск, а на каждой его стороне, в нишах, лежат ключи. К одному ключу путь Лара находит быстро: рядом есть рубильник. К другим Лара пробирается через множество ловушек и толпы мумий. Собрав ключи, Лара возвращается на площадь и открывает с их помощью дверь в Святилище Наследия. Святилище — это полностью затопленное помещение со статуями Гора и Анубис в нём. Пробравшись в зал Наследия, Лара разбирается с мумиями и кентаврами и с помощью первых двух частей Наследия открывает вход к третьей. В момент, когда Лара взяла третью часть Наследия, начинается обрушение потолка, но в противоположной стене открывается тайная дверь, и Лара выбегает через неё на улицу, но не на ту, где она оказалась в начале локации(вероятно, храм был сделан в горе, и Лара просто выскочила с другой стороны). Соединив все три части, у Лары опять случается видение: она снова видит Куалопека и Тихокана на пирамиде, а их сестрой оказывается… Натла. Именно она уничтожила Атлантиду, когда захотела завладеть всем Наследием. Она тяжело ранила Куалопека, за что Тихокан запер её навеки в глыбе льда. Со словами «… а я восстану из пепла ваших костей, чтобы завершить начатое!» она была заключена в темницу. Когда Лара пришла в себя, она обнаружила, что Натла нашла её и забрала Наследие. Она приказала убить Лару, но та смогла сбежать, и спрятаться на яхте Натлы.