UFO:Aftermath является первой игрой компании ALTAR Interactive в серии UFO, основанной на идеях серии X-COM. UFO: Aftermath, как и X-COM, является смесью тактической ролевой игры и глобальной стратегии, в которой игрок управляет действиями элитного подразделения сухопутных войск и борется с нашествием пришельцев. События UFO: Aftermath происходит на Земле.

• Редактор карт прилагается к игре.

Сюжет

25 мая 2004 год неизвестный космический корабль бомбардировал Землю смертоносными спорами. Позднее этот период был назван «Сумерками». За время Сумерек на Земле погибло большинство высокоорганизованных организмов, а в разных точках Земли стали появляться мутанты.

Выжившие земляне образовали так называемый «Совет Земли». 1 января 2005 года игрок берёт на себя роль командующего элитным подразделением, главной задачей которого является борьба с инопланетными захватчиками и трансгенантами.

Вскоре возникает новая угроза: поверхность планеты в разных точках начинает покрываться слоем биомассы — живой субстанцией, которая растёт с огромной скоростью и покрывает целые города, делая их непригодными для жизни. На биомассе появляются новые, более опасные трансгенанты. Позднее выясняется, что пришельцы регулярно высаживаются для создания новых колоний биомассы.

Через некоторое время «Совет Земли» собрал информацию о пришельцах. Эти инопланетные существа называли себя Ретикулянами. Они принадлежали к более развитой цивилизации, чем человеческая, и активно путешествовали в космосе и колонизировали миры. На Земле с 1940 года находилось их посольство. С Земли экспортировались картины и скульптуры, в обмен лидирующие страны получали новые технологии Ретикулан.

Ретикуляне не являются враждебными к землянам — нападение было совершено группой фанатичных ретикулан-повстанцев. Они хотели провести эксперимент над планетой — вырастить органический суперкомпьютер, обладающий едва ли не божественной силой. Им была нужна планета, богатая водой и органикой — и Земля идеально подходила для таких целей.

Впоследствии, будучи не подготовленными к организованному отпору выживших землян и терпя одно поражение за другим, Повстанцы узнают о Совете Земли и связываются с его представителями. Они признают человечество как цивилизацию и предлагают помощь в эвакуации всех выживших на орбитальные станции и планету Марс, в обмен на то что люди прекратят борьбу с ростом биомассы. Решение должен принять игрок.

Каноническая концовка

Согласие ведёт к «проигрышу» — остатки человечества покидают Землю, а она целиком покрывается биомассой. События UFO: Afterlight и в UFO: Aftershock подразумевают, что Совет принял предложение.

Альтернативная концовка

Совет отказывается от предложения. Используя послание Ретикулян и сбитый Ретикулянский корабль, Совет обнаруживает базу повстанцев на обратной стороне луны, отправляют туда отряд и уничтожают мозг пришельцев. На базе люди находят вещество, из которого начинает произрастать биомасса. Полученные знания используются для полного уничтожения биомассы на Земле.