Дрейк приходит в сознание в горящем здании без экипировки. Подойдя к решетке он слышит голос Чейз, которая зовет его к себе. Нейт выбирается из горящего здания и в недовольстве разговаривает с Чейз. Видя, что приближается охрана, он оглушает одного из людей Гуэрро и отбирает у него пистолет. Чейз видела, как Гуэрро забрал к себе Данте. Нейт идет к нему на помощь.

Но впоследствии он видит, что все это время Данте фактически работал на революционера. После долгой беготни по трущобам, Чейз снова попадает в передрягу. Нейт спасает ее, и они бегут к разрушенному помосту, где их встречает Данте. Он приказывает Дрейку выбросить пистолет. Начинается диалог, но в порыве ярости Чейз толкает Данте в поток воды и он уплывает в неизвестном направлении.

Нейт и Чейз убегают от людей Гуэрро без оружия, но долго это не продолжается — как только они приближаются к обрыву, их догоняет Гуэрро с бойцами.

Нейт вступает в диалог с ним, отбирает ранец Чейз вместе с амулетом и толкает ее в воду. Нейт вновь применяет тактику удара ранцем и сам прыгает в воду. Водой его сносит вниз по течению.

Он выбирается на равнине и на него, плача, кидается Чейз. Дрейк ее успокаивает, показывая, что он все-таки забрал амулет с собой.

Нейт и Чейз приходят в хранилище всех сокровищ и артефактов, которые нашел Винсент Перес — дедушка Чейз. Она рассказывает ему про Храм Семи Братьев и Брата Маркоса, куда они потом отправляются.

Они прибывают к карьеру, в котором происходят раскопки. Рядом Чейз обнаружила пикап ее деда, что наводит ее на мысль, что он может быть там. Спустившись вниз, Нейт собирает угольные копии химер, которые являются ключом к двери к Храму и гробнице Маркоса. Там, конечно же, не без людей Гуэрро. Перестреляв всех, Нейт и Чейз поднимаются на уступ и осматривают площадку со статуями Братьев. Переставив каждого на свое положение, дверь в гробницу открывается. Чейз спускается вниз и от увиденного вскрикивает. Нейт немедленно спускается туда же и прибегает к ней. На его глазах предстает тело убитого Винсента Переса. Чейз просит уйти Нейта, чтобы тот самостоятельно нашел гробницу Маркоса. Немного пройдя вперед, Нейт обнаруживает гробницу, открывает ее и вытаскивает оттуда меч Маркоса. Он снимает угольные копии и спешит обратно к Чейз, но его застает Данте с пистолетом. Сзади заходит Гуэрро и в переполохе он толкает Данте вниз к Дрейку. Генерал пленит Чейз и приказывает отдать ему меч, иначе он убьет девушку. Нейт кидает меч и защищается от армии Гуэрро. Чуть позже Данте приходит в себя и просит прощение у Нейта, понимая, что одному из западни ему не выбраться. Вскоре, они выбираются из заминированного карьера людьми Гуэррои, и Нейт слышит крик Чейз, но он не успевает — грузовики уезжают. Данте начал поносить на девушку, но Дрейк стал защищать ее достоинство. В результате, Данте разорвал контракт с Дрейком и в одиночку пошел спасать Чейз.

После всего, Нейт просит помощи у своего давнего друга Салли, который по его мнению сможет помочь найти Чейз. Салли не отказывает и идет на встречу искателю. Они отправляются в джунгли через реки, в поисках Храма Змей, карта которого была изображена на мече Маркоса. Через руины они пробираются к Храму Змей и вскоре оказываются на самой высокой его точке, откуда показываются Врата Богов. Спускаясь обратно, на последнем ярусе один из бойцов перерезает веревку и оба героя падают.

По тропическим лесам, передвигаясь, Нейт и Салли все ближе к своей цели. Салли увидел вертолет Данте и послал Нейта искать путь самостоятельно, в то время, как он будет пытаться украсть вертушку.