«Die, Fuhrer, Die!» — это хронологически последний эпизод. Пробившись сквозь ряды нацистских солдат и атаковав бункер, расположенный под Рейхстагом, игрок сражается с финальным боссом, в роли которого выступает Адольф Гитлер, закованный в огромные механические доспехи.

«The Nocturnal Missions» представляют собой приквел, повествующий о разработке нацистами химического оружия.

В эпизоде «A Dark Secret» игрок охотится за учёным, непосредственно разрабатывавшим это оружие; задача B.J. состоит в том, чтобы проникнуть в исследовательские лаборатории и уничтожить доктора Отто Гифтмахера (Dr. Otto Giftmacher, в переводе с немецкого «Изготовитель яда»), который пытается уничтожить B.J. из ручного гранатомёта. На секретном уровне находятся офицеры-невидимки.

«Trail of the Madman» — это эпизод, отличающийся самыми изысканными интерьерамистиль фразы. Игрок должен выкрасть планы химической войны (Giftkrieg), которые охраняет Гретель Гросс (Gretel Große, «Большая Гретель»), сестра Ганса. Она выглядит примерно так же, как брат, только одета в розовое, а не синее, и имеет большую грудь. Повсюду развешаны портреты Гитлера (в том числе мозаичные), символизирующие вершину его могущества. Все этажи богато и роскошно украшены.

История заканчивается эпизодом «Confrontation», который подводит итог всему, с чем сталкивался игрок на протяжении всей игры. Здесь есть мутанты, Pac-Man и ещё три Гросса, идентичных Гансу (все на секретном уровне). Финальный бой происходит между B. J. и идеологом химической войны, её руководителем генералом Феттгезихтом (General Fettgesicht, в переводе с немецкого «Жирномордый»).

Следует отметить, что, несмотря на сюжет, игра, даже если отбросить научно-фантастическую часть, не имеет никакого отношения к реальным нацистским планам и сооружениям. Дизайн интерьера игрового мира полностью вымышлен. По крайней мере три уровня имеют планировку в виде свастики (E1M4; E2M5; E6M3), в том числе один уровень представляет собой несколько свастик, вложенных друг в друга (E6M3), и на одном из уровней третьего эпизода оставили свои инициалы Джон Ромеро и Том Холл (E3M7). Тем не менее, сюжет игры опирается на реальные, тщательно спланированные побеги захваченных в плен солдат антифашистской коалиции из подобных тюремных казематов, как, например, замок Колдиц. Также нелишне вспомнить побег знаменитого писателя Станислава Ежи Леца, который, подобно нашему герою, зарубил лопатой эсэсовца, забрал его оружие и форму, и совершил побег.

Техническая реализация

Визуализация стен в «полу-3D» производилась с помощью рэй-кастинга (ray casting), специального вида рэй-трэйсинга (ray tracing). Этот метод заключается в отслеживании хода луча, который выходит из точки наблюдения и проходит через каждый столбец пикселов на экране; программа проверяет, не пересек ли луч стену, и в соответствии с этим производит наложение текстур. Далее создается одномерный буфер, в котором располагаются масштабированные спрайты, которые изображают врагов, бонусы и предметы.

До Wolfenstein 3D, эта технология уже использовалась id Software в 1991 для создания Hovertank 3D и Catacomb 3D для Softdisk, но с использованием 16 цветов при разрешении 320х200 (в Wolf 3D было уже 256 цветов при том же разрешении). Список игр, которые использовали игровой движок Wolfenstein 3D или его модификации, включает такие игры, как Blake Stone, Corridor 7, Operation Body Count, Super Noah's Ark 3D, Rise of the Triad, Shadowcaster и Hellraiser.