В 2001 вышла игра Return to Castle Wolfenstein (RtCW) на движке id Tech 3, в которой был применён тот же сеттинг, что и в Wolfenstein 3D, хотя, конечно, этот шутер был мало похож на оригинальную игру. В Wolfenstein: Enemy Territory добавили элементы тактического командного экшена и мультиплеерный режим для двух игроков.

В 2004 году id Software анонсировала выход новой игры Wolfenstein, которая основывается на сильно переделанном движке id Tech 4. Игра вышла в 2009 году.

Моддинг и портирование Wolfenstein 3D

Первые моды для игры Wolfenstein 3D появились ещё до публикации исходных кодов игры под лицензией GNU и создавались через редактор ресурсов игры и редакторы уровней. Таким образом, первые моды включали изменение внешнего вида персонажей и объектов, а также новых карт, без принципиального изменения графического движка.

В дальнейшем, после выхода игры Doom, был создан знаменитый культовый2012 мод WolfenDoom, основанный на движке Doom и представляющий собой ремейк оригинального Wolfenstein на принципиально новом движке. В рамках этого мода появился также набор новых карт, включая и улучшенные старые карты оригинальной игры, использующие новые возможности графического движка. Популярность этого мода нашла2012 своё отражение в появлении двух секретных уровней в игре Doom II: Hell on Earth, содержащих персонажей Wolfenstein 3D. Причём один из этих секретных уровней является ремейком первого уровня первого эпизода Wolfenstein 3D, а второй — девятого уровня этого же эпизода. Позднее, когда с публикацией исходных кодов Doom появились OpenGL-порты с улучшенной графикой, мод WolfenDoom был перенесён на движок DoomsDay2012, являющийся одним из наиболее впечатляющих2012 OpenGL-портов Doom, имеющим поддержку улучшенной графики, включая трёхмерные модели и спецэффекты.

С выходом игры Quake II была начато создание мода Quake Generations («Поколения Quake»), содержащего ремейк не только Wolfenstein 3D, но и Doom I—II и Quake. Проект был закрыт из-за возникших проблем с лицензированием2012.

Публикация исходных кодов игры Wolfenstein 3D под лицензией GNU GPL, в отличие от публикации кодов Quake, первоначально не дала таких же впечатляющих результатов. Так как движок был очень старым, то требовалась радикальная переделка, требующая почти полного переписывания графической составляющей. Но, тем не менее, впоследствии вышло два OpenGL-порта NewWolf и WolfGL-3D на основе первого, поддерживающих кардинальное улучшение графики, включая и поддержку 3D-моделей.

С выходом Doom 3 и появлением модов, содержащих ремейк Doom или Doom II, было начато2012 создание мода Wolfenstein 3D on Doom III. Мод имеет графику последнего поколения, и соответственно поддерживает все новейшие спецэффекты, включая и новые 3D-модели.

25 марта 2009 года Джон Кармак портировал Wolfenstein 3D на iPhone.

В 2012 году на Mod DB вышел ремейк Wolfram.

Версия для Atari Jaguar

Версия для этой игровой приставки отличалась незначительно изменёнными спрайтами врагов. Другие отличия от PC-версии:

• Дополнительное оружие — ракетница, огнемёт.
• Игрок может иметь более 100 % жизненой энергии и более 99 патронов.
• Количество уровней уменьшено.
• При попадании пуль враги «дрожат», что для игрока означает успешное попадание.
• При подбирании драгоценностей к жизни игрока добавляется несколько процентов.
• При попадании пуль в игрока игровой экран трясётся.