Во втором полнометражном анимационном фильме по вселенной «Наруто», дата выхода которого пришлась на 6 августа 2005 года, рассказывается о том, как главный герой обнаруживает некие таинственные камни – в них заключена огромная сила. Именно эти камни пытается найти воин Тэмудзин – он намерен передать камни своему повелителю, чтобы тот смог создать идеальный мир.

В «Грандиозном переполохе» Наруто со своими друзьями должен обеспечить безопасность принца Земель Луны – в этой стране множество богатств, а принц привык покупать всё, что ему только вздумается. Во время путешествия на пути копании оказывается цирк, и принц решает приобрести себе саблезубого тигра, а также ещё некоторых животных, так что в мультипликационном фильме друзьям приходится присматривать не только за самим принцем, но и за целой оравой животных.

В четвёртом фильме команде приходится защищать монашку Шион – единственного человека, который способен запечатать пробудившегося демона, могущественного и опасного. Этот демон поднимает целую армию терракотовых воинов для того, чтобы захватить весь мир.

Пятый анимационный фильм «Наруто» вышел 2 августа 2008 года, и в этом фильме происходит нападение на Коноху, организованное неизвестными ниндзя. К знакомой зрителям команде присоединяется целитель Синно, а также его ученица, которую зовут Амару. Чуть позже выясняется, что Синно жаждет уничтожить все деревни ниндзя, для чего он использует силу Бесхвостого зверя.

1 августа 2009 года – дата выхода шестого анимационного фильма «Наруто», и в этом фильме происходит Великая война между поселениями ниндзя, начавшаяся из-за того, что стали пропадать шиноби, обладающие Кровным даром, при этом из всех поселений только деревня Листвы оказалась не тронутой. Естественно, что это вызвало подозрения, из-за чего ниндзя из других деревень начали стягивать войска к деревне Листвы…

В «Потерянной башне» Наруто должен захватить Мукаде, которого герой обнаруживает в руинах долины «Оурен». В этих руинах дремлет некий источник великой силы, который Мукаде и пытается найти. Он его обнаруживается и пытается использовать, однако по неосторожности луч попадает в юного ниндзя, после чего Наруто оказывается в прошлом, где встречает своего отца - Минато Намикадзэ. Вместе с отцом юноше предстоит устранить угрозу всем странам шиноби.

Фильм «Кровавая тюрьма» рассказывает о том, как главного героя заключили в «Кровавую тюрьму», обвинив в убийстве нескольких шиноби, а также попытке убийства Райкагэ. Юноше придётся доказать свою невиновность.

Наконец, в девятом фильме «Наруто», дата выхода которого пришлась на 28 июля 2012 года, в Коноху проникает человек в маске, который жаждет заполучить силу Девятихвостого. И он погружает героев в альтернативную реальность, где, кажется, всё идеально. В фильме Наруто пытается понять, хочет ли он защищать этот мир, принадлежит ли он этому миру.

Долгое время ребята остаются в этом иллюзорном мире, не решаясь совершать попытки вернуться в реальный мир, тем более что в том мире, куда они попали, у Наруто живы родители, а он всегда хотел обрести семью. Интересно, что в иллюзорном мире тоже существует человек в маске, который оказывается альтернативной версией Наруто. Во время финального боя герою придётся показать всё, на что он способен, чтобы победить одновременно двоих «воинов в маске» - свою альтернативную версию и Тоби из реального мира.