2009: Противостояние и потеря участника

4 сентября 2009 года в Интернете появились статьи о постах Дже Бома на личном аккаунте Myspace о его неприятии Кореи, датированные 2005 годом. В то время он только-только начал стажировку в JYP Entertainment. Дже Бом опубликовал официальное извинение на своем Cyworld. Несмотря на то, что огромное количество блогеров были настроены против Дже Бома и требовали его исключения из 2PM, глава JYP Entertainment Пак Джин Ёнг 7 сентября заявил, что Джей останется частью группы. На следующий день, Дже Бом объявил в своем официальном фанкафе, что покидает группу и возвращается в США, чтобы вернуться в школу и улучшать свое понимание музыки, а также извинениями к другим участникам 2PM за то, что не был хорошим лидером и старшим братом для группы.

Пак Джин Ёнг подтвердил, что он будет уважать решение певца и 2PM продолжат свою деятельность как группа из 6 человек. Кроме того, из-за чувствительной темы отъезда Дже Бома, 2PM перестали участвовать в развлекательных программах с начала промоушна их нового полного альбома (начало ноября 2009 года).

Группа закончила пересъемку своего клипа для «Биения сердца» (Heartbeat), главной песни их первого полного альбома, без Дже Бома 31 октября 2009 года. Во время пресс-конференции объявили, что вокал Дже Бома не удалят из песен. Днём позже, после релиза полного альбома 2PM, в эпизоде программы Golden Fishery Munhwa Broadcasting Corporation, Пак Джи Ёнг объявил, что Дже Бом вернётся как участник 2PM, если сам захочет, и подчеркнул, что его возвращение не неизбежно. Для поддержки Дже Бома и в доказательство того, что их не шестеро, а всегда семеро, шестеро участников 2PM решили разделить поровну доход от их первого полного альбома на семерых, отдав Джею его часть от доходов.

Дже Бом продолжал числиться как член группы, что давало надежду на его возвращение. Но 25 февраля 2010 года компания JYPE в официальном письме сообщила, что накануне контракт с ним был разорван по причине «серьёзной личной ошибке» Дже Бома. 27 февраля состоялась встреча шести участников группы, представителей компании и фанатов. Члены группы подтвердили, что они согласны с уходом лидера, но сообщить о причине его ухода отказались (говоря о попытке защитить Дже Бома). После этой встречи мировое и корейское сообщество фанатов 2PM разделилось на два фронта: одни объявили бойкот оставшимся шести членам группы, другие поддерживают и новый состав 2PM, и выбывшего лидера.

Конец 2009 года: Первый полный альбом, коммерческий успех и музыкальные награды

30 октября 2009 года на официальном сайте 2PM появились часы, начинающие обратный отсчёт от 70:40. Блогеры предполагали, что они достигнут 0 в 16:30 2 ноября, но вместо 0 часы застыли на 1:59; в это время на сайте появился тизер для песни Tired of Waiting, очень заинтересовав блогеров. Другой отсчёт начался для полной песни, которая появилась на сайте с обложкой альбома 3 ноября в 12:00, когда часы снова остановились на 1:59. Следующий тизер для второго трека «너에게 미쳤었다» («Я был без ума от тебя») появился 5 ноября, тем же способом, и полная песня на следующий день. Затем каждый из 6 участников представил клипы-тизеры на YouTube. Полный альбом, называющийся «1:59PM» был выпущен 10 ноября 2009 года. И альбом и главная песня, «Биение сердца» (Heartbeat), быстро взлетели на 1 место различных музыкальных чартов. Группа впервые представила главный сингл, отметив начало промоушна альбома на телеканале M.Net во вторник, 12 ноября 2009 года, впоследствии выступив с возвращением на KBS Music Bank, MBC Music Core и SBS Inkigayo соответственно в пятницу 13 ноября, субботу, 14 ноября и в воскресенье, 15 ноября.