В 1994 году в свет выходят два сольных альбома Гребенщикова — «Песни Александра Вертинского» и «Задушевные песни» (последний записан совместно с «Аквариумом», обозначенным на обложке как «Квартет Анны Карениной»). Кроме того, во Франции для европейских слушателей появляется сборник «Boris Grebenchikov & Aquarium 1991—1994».

В 1995 году в составе группы впервые за четыре года (немалый срок для «Аквариума») произошли изменения: ушёл Рацен, но появился скрипач Андрей Суротдинов. В новом составе был записан в Лондоне альбом «Навигатор». Он вышел 1 сентября 1995 года и по стилистике мало чем отличался от «Kostroma mon amour»: те же вальсы («Навигатор», «Голубой огонёк»), немного буддийской тематики («Фикус религиозный», то есть Дерево Бо, в тени которого Будда обрёл просветление) и русские фолк-мотивы («Последний поворот»).

Отчётный концертный альбом за 1995 год получил название «Центр циклона» и вышел в начале 1996 года. Студийный «Снежный лев», появившийся в 1996 году, стал последним в своеобразной трилогии — «Кострома Mon Amour» — «Навигатор» — «Снежный Лев». Стилистически он был близок в «Костроме» и «Навигатору» — вальсовые мелодии, русская тема в песнях. «Снежный Лев» стал последним, записанным в Англии.

Перемены наступили в 1997 году. Сначала под названием «Русско-Абиссинского оркестра» «Аквариум» выпускает инструментальный сборник «Bardo», который записывался в течение семи лет (начиная с саундтрека к фильму «Золотой сон», датированного 1989 годом). Затем увидела свет эпически-мифологическая «Гиперборея», в которую вошли ранее не издававшиеся песни 1970-х и 1980-х годов. Звучание группы становится жёстче, добавляется больше «электричества» в ущерб акустике, расширяется спектр инструментов: в записи использованы клавесин, контрабас, хомуз.

Группа «Аквариум» отметила 25-летие. Состоялись два юбилейных концерта — в Санкт-Петербурге (ДС Юбилейный) и в Москве, на которые были приглашены старые участники группы — Дюша Романов, Всеволод Гаккель, Пётр Трощенков, Евгений Губерман и другие. Запись концерта в ДС Юбилейный была выпущена в 2001 г. под названием «Последний концерт». На следующий день Б.Гребенщиков объявил о роспуске второго состава «Аквариума».

Аквариум Лилит Блюз Бэнд (1997—1998)

В 1997 году Гребенщиков вместе с «The Band» (группа, часто аккомпанировавшая Бобу Дилану) записал альбом «Лилит», вышедший в двух вариантах (русском и американском). Диск был записан без участия других постоянных членов «Аквариума» (не считая Гребенщикова), однако обычно причисляется к дискографии всей группы.

Поскольку играть концерты с The Band было невозможно, для исполнения новых песен Гребенщиков воссоединился с Александром Ляпиным; сначала они выступали как акустический дуэт, но вскоре к составу присоединился перкуссионист Олег Шавкунов, басист В. Кудрявцев, а место клавишника занял скрипач А. Суротдинов. Концертный тур этого состава продолжался до июля 1998 года, после чего настало время очередных перемен.

Новый электрический пёс (1998—1999)

1998 год стал началом периода «Нового электрического пса». «Электрический пёс» — ранняя песня «Аквариума», вошедшая в «Синий альбом» (1981); в 1998 году так была названа и концертная программа, с которой «Аквариум» выступил с большим туром по городам России и ближнего зарубежья. Таким названием Гребенщиков как бы объявил о возвращении к истокам. Он произвёл новый «набор» музыкантов в группу, и она пополнилась Александром Пономарёвым (гитара), Дмитрием Веселовым (перкуссия) и Борисом Рубекиным (клавишные). Кроме этого, на ручных ударных подыгрывал (и пел вставную партию в песне «С Утра Шёл Снег») рабочий группы Н. Кошкин. Пономарёв, Веселов и Кошкин покинули группу вместе с концом тура «Новый электрический Пёс»; Рубекин является членом «Аквариума» до сих пор. Кроме них, за год до этого в группу пришёл Олег «Шар» Шавкунов.