Кроме того, Apocalyptica поучаствовала в записи альбомов групп Heiland и Waltari, сольного проекта двух участников Leningrad Cowboys, выпустила сингл с собственной интерпретацией известной рождественской песенки «O Holy Night», а также выступила на одном музыкальном фестивале вместе с барабанщиком Slayer Дэйвом Ломбардо. В начале 2000 года Apocalyptica приняли участие в записи сингла «Letting the Cables Sleep» гранжевой команды Bush. При работе над этим треком группа впервые использовала полный симфонический оркестр.

Вслед за выходом альбома Apocalyptica вновь отправилась на гастроли, забросив работу и учёбу. В течение следующих двух лет группа посетила Грецию, Польшу, Болгарию, Литву и Мексику, причём их концерты проходили в залах вместимостью не менее двух тысяч человек. Летом 1999 года группа отыграла на европейском метал-фестивале Dynamo Open Air в голландском городе Эйндховен перед аудиторией порядка 30 000 человек. В 2000 году группа посетила Санкт-Петербург и Москву.

Альбом Cult (2000—2002)

В октябре 2000 года вышел третий диск Apocalyptica — Cult. Альбом считается переломным в направлении развития группы — почти весь материал альбома теперь был написан Эйккой Топпиненом. Из чужих композиций на диске были лишь два кавера Metallica и интерпретация пьесы Эдварда Грига «В пещере горного короля». Во время записи этого альбома использовалось одновременно до 80 виолончелей. Песня «Hope» с этого альбома, исполненная Маттиасом Сэйером из группы Farmer Boys (band) вошла в саундтрек фильма «Видок» с Жераром Депардье. На музыку «Path» и «Hope» были положены стихи в исполнении Сандры Насич (Guano Apes) и Маттиаса Сайера (Farmer Boys) и попали в специальное издание под названиями «Path Vol.2» и «Hope Vol.2» соответственно. На обе версии песни «Path» были сняты клипы.

В 2001 году вышел DVD мюнхенского выступления Apocalyptica, состоявшегося в октябре 2000 года. Также на этот диск вошли шесть видеоклипов и бонус-трек: «живое» исполнение «Little Drummerboy» в Варшаве в 1999 году.

К началу 2002 года в группе назревал кризис из-за непростых отношений между музыкантами, закончившийся уходом Макса Лильи. Во время выступления на Максидроме-2003 на сцену вновь вышел Антеро Маннинен, а за барабанную установку сел Микко Сирен, которые теперь участвуют в живых выступлениях группы.

Альбом Reflections (2002—2004)

Март 2003 года ознаменовался выходом альбома Reflections, в который вошли только собственные композиции Apocalyptica, написанные в основном Эйккой. Три трека для этого альбома написал Пертту. В записи пяти композиций принимал участие ударник Slayer Дэйв Ломбардо. Осенью вышло специальное издание альбома — Reflections Revised, которое включает CD и DVD.

В 2003 году Apocalyptica побывала в Москве на фестивале «Максидром-2003», а также на нескольких европейских фестивалях. Группа также побывала на гастролях в Мексике, а в августе выступила на шоу Viva Overdrive в Берлине, где исполнила с Сандрой Насич песню «Path», и с Линдой Санбланд (Lambretta) песню «Faraway».

В начале 2004 года участники Apocalyptica были заняты в различных проектах. Пертту вместе с Хельсинкским филармоническим оркестром побывал на гастролях в Аргентине и Бразилии. Пааво продолжил свою преподавательскую деятельность. Эйкка занимался новым проектом «Sheet-music». Также первая половина года была посвящена работе над новым, пятым, альбомом. В августе-сентябре группа снова дала несколько шоу на европейских фестивалях (Heitere Open Air, Highfield Open Air, Metal Camp, Huntenpop и других).