В начале 90-х годов из-за экономического кризиса группа испытала спад в своей деятельности, резко снизив количество концертов. Музыканты вынуждены искать дополнительные источники заработка. Кипелов в этот период подрабатывал сторожем, Холстинин — частным извозом. В 1990 году Дубинин и Маврин подписывают контракт с группой «Lion Heart» и на время уезжают в Мюнхен (в составе группы их заменяли сессионные Горбатиков и Булкин), но возвращаются в группу в августе. После празднования пятилетнего юбилея и нескольких живых концертов группа начинает работать над своим пятым альбомом «Кровь за кровь», который был выпущен в 1991 году.

В 1994 году была основана своя собственная студия «ARIA Records» и подписан пятилетний контракт с компанией «Moroz Records». На этом лейбле летом 1994 года были переизданы первые пять альбомов группы, включая ранние, неизданные «Мания величия» и «С кем ты?». Оформление альбомов выполнил художник Василий Гаврилов.

«Смутное время»: второй раскол

В сентябре 1994 года был совершён двухнедельный тур по Германии в семи городах, включая выступление в берлинском Hard Rock Cafe. По вине организаторов, тур проходил в ужасных условиях и не принес «арийцам» ни копейки. Скандал с организаторами вылился и во внутренний конфликт в группе.

После окончания тура Валерий Кипелов по предложению Грановского начал выступать в клубах с группой «Мастер». По версии Холстинина, Кипелов фактически покинул группу, перестал появляться на репетициях и записи альбома в студии, что вынудило искать ему замену. На место вокалиста был приглашен Алексей Нелидов, но через некоторое время он отказался участвовать в группе. В декабре Алексей Булгаков (вокалист и лидер «Легиона») пробовался как замена Кипелову. Сам Кипелов позже говорил, что занялся подработкой с «Мастером» исключительно из-за финансовых проблем, из группы уходить не собирался, о чём и заявил коллегам, когда впервые услышал о попытках найти ему замену. Лишь позже, узнав, что без его ведома Холстинин и Дубинин продолжают работать с Булгаковым, которого уже представляют как нового вокалиста «Арии», Кипелов перестал с ними общаться. В январе 1995 года Сергей Маврин покинул коллектив, заявив, что отказывается продолжать выступления без Кипелова. На место Маврина, сначала как сессионный музыкант, был приглашён Сергей Терентьев, впоследствии ставший постоянным членом группы.

Кипелов и Маврин несколько месяцев выступали вдвоём с программой «Назад в Будущее» с кавер-версиями песен иностранных рок-групп (Slade, Black Sabbath и др.), а также песнями «Арии». Существует бутлег одного из таких концертов.

Отношения «Арии» с Булгаковым не сложились, и к лету 1995 года в группе снова встал вопрос о вокалисте. Кроме того, в Moroz Records посчитали, что после длительного перерыва очередной альбом «Арии» будет коммерчески успешным только при условии, что петь на нём будет Кипелов. По официальной версии, владелец компании Александр Морозов пригрозил музыкантам финансовыми санкциями за срыв контракта, после чего летом 1995 года Кипелов записал вокальные партии для нового альбома «Арии» «Ночь короче дня», вышедшего в сентябре 1995 года. Запись прошла хорошо, отношения между музыкантами стали восстанавливаться. Кипелов получил от Холстинина предложение о воссоединении с группой. Вопрос о возвращении Маврина не ставился — его место было занято Терентьевым. У Маврина и Беркута в это время планировался проект, связанный с длительным выездом в США (в итоге так и не осуществившийся), так что Кипелов согласился вернуться в «Арию». Осенью «Ария» провела серию концертов в московском регионе с Сергеем Задорой в качестве нового менеджера, записав концертный альбом «Сделано в России», ставшим лидером чартов.