Со временем бэнд раздвоился на электрическую и акустическую фракции. В последнюю вошли Настя Макарова и лидер группы «Танки», гитарист и певец Дмитрий Максимачёв. Между тем, электрическая версия оставалась, на удивление стабильной.

Вернувшийся из Штатов Павел Кашин выпустил в мае 2001 давно задуманный и выношенный альбом «Герой» из песен как самого Башакова, так и сочинённых ими вместе.

В начале 2001-го Башаков подписал контракт с компанией «РММ», которую создали Игорь «Панкер» Гудков и Антон Соя. Он выступил на фестивале «Нашествие» в Москве (август 2001) и связался с фирмой «CD Land», которая в 2002-м выпустила его первый компакт-диск «Формула весны», включавший песни, записанные за несколько лет на четырёх разных студиях, в том числе непременную «Эллис» (в двух вариантах), его следующий радийный хит «Самбади», а также «Сердце полное тишины», «Танцуй», «Карман», «Саблю» и одну из его лучших в поэтическом отношении работ начала века «Операция (по удалению любви)». К тому времени приставка «Бэнд» отпала и в дальнейшем группа фигурировала на афишах и обложках альбомов исключительно как «Башаков».

В 2003 материальное воплощение получила и акустическая программа «Башакова» — концертный альбом «Немножко Live», изданный группой под собственным лэйблом.

Окончательно связавшего свою судьбу с «Doo Bop Sound» Николаева в июне 2003 сменил барабанщик Вадим Марков. Его дебют состоялся на следующем альбоме «Башакова» «Сопротивление нелюбви». Помимо заглавной песни, ставшей для музыканта своего рода программной, он включал ещё один быстро ставший популярным кавер «Не парься» (в оригинале «Don’t Worry, Be Happy» Бобби Макферрина), новую версию хита «Духов» «Светлый день» и «Цирк маленький», сочинённый Башаковым на пару с Федичевым, которого в апреле пригласили на место Вадима Курылёва в «DDT». Отчасти благодаря этому альбом был записан на Студии «DDT», а в работе над ним участвовали Игорь Доценко и Александр Бровко из «DDT».

В январе 2004 Света Сурганова пригласила Вадима Маркова в свой «Оркестр» — некоторое время он совмещал обе группы (в частности, играл с «Башаковым» на июньском фестивале «Окна Открой») — но в следующем альбоме «Infормация», который записал на «Балтике» незаменимый Коля Алмаев, на барабанах играл Дмитрий Веселов (экс-«Петля Нестерова», «Аквариум», «Vermicelli Orchestra»), а остальные роли исполняли Федичев, Максимачёв, Макарова и Емец. В альбом, изданный фирмой Никитин (она же ещё раз переиздала «Солнце под крылом»), вошли свежие песни, материал прежних лет («Последний день 2000-й весны», «Озорничаю») и новая версия «Хорошо» «Духов».

Ввиду того, что Федичев был плотно занят с «DDT», Ляпин играл джаз, Веселов эмигрировал в Скандинавию, а Максимачёв колесил по миру как звукорежиссёр «Billy’s Band», в 2004—2005 Башаков выступал, по большей части, соло или малым акустическим составом, тесно сотрудничал с «Могучей Кучкой» и участвовал в различных благотворительных акциях. В том же году он самостоятельно издал распространяемый на концертах альбом «Лучшее». Вновь собраться вместе группа «Башаков» смогла только в конце 2005, когда у Михаила накопилось много нового материала, за барабаны пришёл способный дебютант Денис Василевский, а на Студии «DDT» началась работа над очередным альбомом группы.

За время своей жизни попробовал и, разумеется, преуспел во множестве разнообразных профессий, от грузчика до кинооператора. От кинооператорского прошлого Михаила остались несколько короткометражных фильмов, клип «Духов» на песню «Интеллигент», сценарий к клипу Павла Кашина «Подсолнух», а также сценарий и раскадровки к собственному клипу «Игра», снятому Борисом Деденевым в 1997 г.

Дискография

Студийные альбомы

• 1991 — Счастье (группа «Духи»);
• 1998 — Солнце под крылом;
• 2002 — Формула весны;
• 2004 — Сопротивление нелюбви;
• 2004 — Infoрмация.
• 2005 — Жёсткое стебалово;
• 2007 — Сигналы из глубины;
• 2009 — Стихия (Акустика).
• 2011 — НАД

Концертные альбомы

• 2003 — Немножко LIVE;
• 2004 — Квартир.ник;

Сборники

• 2005 — Лучшее;
• 2005 — Лови настроение Рок-Н-Ролл.

DVD-video

• «Блюзы и баллады под гитару и без». Концертный DVD совместного проекта Михаила Башакова, Константина Арбенина, Кирилла Комарова («АрБаКом») . Записано 02.11.2007 г. в г. Москве, в концертном зале ЦДРИ «Арт’Эрия». Продюсер издания — Николай Топников.

Кино

• Роль барда в фильме Ю. Б. Мамина «Не думай про белых обезьян».
• Песни Михаила Башакова звучат в фильме "Коммуналка" (2011 г., режиссёр Максим Бриус).

Мультфильм

• Элис (мультфильм) — 2002 г. — анимационный клип на песню «Элис» Михаила Башакова и группы «Конец фильма».