В 2001 году Blink-182 продолжили свой коммерческий успех, записав Take off Your Pants and Jacket, который продолжил все традиции «Enema of the State». Когда альбом был выпущен впервые, существовало несколько его версий с различными бонус-треками. Они носили названия "Take off, " "Pants, " и "Jacket, " каждый из которых был обозначен различными наклейками на диске. Каждая версия имела два различных бонус-трека. Песни «Fuck a Dog», «Mothers Day» и «When You Fucked Grandpa», были шуточными песнями. Более серьёзными были «Time to Break Up», «Don’t Tell Me That It’s Over» и «What Went Wrong». Из-за большого количества возможных комбинаций треков, многие постоянные поклонники группы хотели собрать их все. Как бы то ни было, бонус-треки были доступны лишь ограниченное время. Европейский тур (зимой 2001-го) в поддержку живого альбома был отменён вследствие террористических актов 11 сентября. Новые сроки в начале 2002 года также были отменены из-за проблем ДеЛонга со спиной.

Перерыв, Pop Disaster и карьера с групповыми проектами (2002)

Летом 2002 года Blink-182 и Green Day совместно стали хедлайнерами тура под названием «Pop Disaster», в котором также приняли участие группы Jimmy Eat World, Saves The Day и относительно неизвестная группа под названием Kut u up. Готовясь к туру, ДеЛонг начал писать сольный материал. В основном это было навеяно чувствами, возникшими из-за террористических атак 11 сентября, усиленными недавними медицинскими проблемами со спиной.

ДеЛонг медленно начал собирать всё больше и больше материала для сайд-проекта, но его идея не получила своего воплощения до тех пор, пока он не позвал Баркера играть на ударных, а своего давнего друга Дэвида Кеннеди — на гитаре. На бас-гитаре должен был играть сам ДеЛонг и Энтони Челестино в последующих турах и видео. Проект получил имя Box Car Racer. Оно было навеяно названием бомбардировщика Bockscar, сбросившего вторую атомную бомбу, Толстяк, на территорию Японии во время Второй мировой войны. Два сингла с альбома с одноимённым названием были «I Feel So», «There Is». В записи также приняли участие певцы Тим Армстронг (Rancid, Operation Ivy, Transplants), Джордан Пандик (New Found Glory) в песне «Cat Like Thief» и Марк Хоппус в песне «Elevator». Как бы то ни было, судя по недавним интервью с ДеЛонгом, образование Box Car Racer вызвало значительные разногласия между ним самим и Хоппусом. Это одна из самых главных причин, по которым Blink-182 внезапно ушли в бессрочный отпуск в 2005 году, так как этот проект заставил Хоппуса почувствовать себя отчуждённым от ДеЛонга и Баркера.

После Box Car Racer, Трэвис Баркер был приглашён работать над вторым сайд-проектом, известным как Transplants. Эта группа началась с музыкальных экспериментов Тима Армстронга (Rancid и Operation Ivy) и Скинхэд Роба на звукозаписывающей студии Армстронга в подвале его дома. Будучи уже знакомым с Баркером по Box Car Racer, Армстронг попросил его помочь с сайд-проектом. Спустя короткое время после образования, Transplants выпустили свой дебютный альбом с одноимённым названием на звукозаписывающем лейбле Армстронга, Hellcat Records. Их первый сингл с альбома был «DJ DJ», за ним последовал очень успешный «Diamonds and Guns». Из-за неприличного содержания последний был не допущен к эфиру. Несмотря на это, инструментальная версия песни появилась в рекламе Garnier Fructis. После Warped Tour Transplants решили на время разойтись.

Безымянная эра (2003—2005)

После небольшого перерыва в деятельности в 2002 году, началась запись следующего альбома в начале 2003. Песни записывались более спокойно и отрешённо, нежели обычно. Результатом стало самое взрослое звучание за всё время существования Blink-182. Группа выпустила этот, пятый по счёту, студийный альбом 18 ноября 2003 года. Описанный как «самомедитация в романтическом разрушении», альбом включал в себя хитовые синглы «Feeling This» (ранее названный как «Action», в качестве саундтрека к игре Madden NFL 2004), «I Miss You», «Down», и написанная под влиянием 1980-х годов «Always». Трэвис Баркер согласился, что группа оставила альбом безымянным (а не одноимённым с названием группы) чтобы показать новых Blink-182. Это проявляется в том, что стиль музыки куда глубже, нежели во всех предыдущих работах Blink-182, но всё равно направленный на получение значительного количества эфирного времени на радиостанциях и Fuse. Критики считали, что их звучание стало похоже на таковое у групп The Police и U2, хотя члены группы утверждали, что большее воздействие на их творчество произвела группа The Cure, чей фронтмэн Robert Smith участвовал в записи песни «All of This». По словам слушателей, рифы стали более тяжёлыми, а тексты более глубокими. В конце 2003 года группа приняла участие в туре, получившем название «Dolla Bill». Это название связано с небольшой стоимостью билетов на выступление. Тур пользовался большой популярностью среди поклонников группы, группа играла в более «интимных» местах и продажа билетов серьёзно контролировалась во избежание нелегальных перепродаж билетов. Также специальные «встречи и приветствия» были организованы перед некоторыми выступлениями. Тур также включал в себя посещение SOMA в Сан Диего, место, где Blink-182 приходили смотреть на выступления и сами выступали в свои ранние годы. Тур с No Doubt летом 2004 года был также очень успешен. На данный момент этот успешный альбом, спустя шесть лет после его выпуска, был продан по всему миру тиражом более 5 миллионов экземпляров.