В 1998 году Deftones записали кавер песни «To Have And To Hold» группы Depeche Mode для трибьют-альбома For the Masses.

С выходом альбома White Pony звучание команды заметно изменилось, и в её прежний стиль звучания влились компоненты, позаимствованные у Cure, Smiths и My Bloody Valentine, в альбоме кроме привычного альтернативного рока, пост-гранжа и ню-метала появились элементы прогрессивного метала, шугейза, трип-хопа, нью-вэйва. Альбом стал платиновым, а за песню «Elite» группе вручена «Грэмми» (в номинации «Best Metal Performance»). Кроме «Elite», очень популярны ещё 3 песни с альбома — это синглы «Change (In the House of Flies)» (2000), «Back To School (Mini Maggit)» (2000) и «Digital Bath» (2001). На все эти песни были сняты клипы. Также, альбом White Pony очень примечателен количеством приглашенных музыкантов. В их числе: Мэйнард Джеймс Кинан (Tool, A Perfect Circle), Скотт Вейленд (Stone Temple Pilots), Родлин Гетскик, DJ Crook (Team Sleep). Стоит отметить, что это первый альбом, записанный группой впятером (с Фрэнком Дельгадо, который пришёл в Deftones в 1999 году), а также то, что с этого альбома в группе стало 2 гитариста — вокалист Чино Морено тоже взялся за инструмент, и написал партии к некоторым песням. White Pony издавался на CD в 2000 году в трех изданиях — сером (стандартное с 11 треками), чёрном (лимитированное с бонус-треком) и красном (лимитированное с бонус-треком). Также альбом несколько раз переиздавался на виниле. Группа была в турне с поддержкой к альбому с 2000 по 2001 год включительно (в том числе группа выступила в Москве в 2001 году). В 2002 году был записан DVD Music in High Places: Live in Hawaii (вышел уже после релиза альбома Deftones), но фанатами и самой группой этот диск не признается как полноценный концертный DVD. В 2002 году группа приступила к записи четвёртого альбома.

Одноименный диск Deftones вышел в свет в мае 2003 года. Диск вышел намного мрачней, тяжелей и депрессивней предшественника White Pony. Главным хитом альбома стала песня «Minerva» — один из самых успешных синглов Deftones. Поначалу альбом должен был называться «Lovers». Но в итоге был просто назван в честь группы. Вторым синглом в декабре 2003 года вышел трек «Hexagram», но он не добился успехов в чартах. Также стоит отметить ещё 2 трека — «Bloody Cape», который не стал синглом, но на него сняли клип и он попал на EP «Hexagram» и часто игрался группой на концертах, а также трип-хоп композицию «Lucky You», в записи которой поучаствовал DJ Crook из Team Sleep, проекта Чино Морено. Эта песня вошла в саундтрек к фильму «Матрица: Революция». Группа гастролировала по миру в поддержку альбома с зимы 2003 года и до 2004 года. А в 2005 году был выпущен первый CD+DVD релиз группы — сборник B-Sides & Raritets.

Осенью 2006-го вышел альбом Saturday Night Wrist. На этом диске группа практически полностью отошла от стандартного ню-метала и альтернативы в сторону прогрессив-метала, экспериментального рока, психоделичной электроники, шугейза, пост-хардкора и пост-рока. Диск записывался почти два года, с перерывами. Альбом вышел в двух изданиях, обычном и цензурном. На обычной копии диска композиция «Pink Cellphone», записанная с вокалисткой Annie Hardy, идет 5 минут 4 секунды, а на версии с цензурой — 3 минуты 54 секунды, от песни отрезан последний куплет который изобилует ненормативной лексикой. Также в цензурной версии заменен мат в песнях «Rapture» и «Rats!Rats!Rats». Это первый альбом Deftones, который не продюсировал Терри Дейт. Продюсированием занимались несколько человек: Шон Лопез (гитарист группы Far и близкий друг Deftones, член группы Crosses), Боб Эрзин, Аарон Спринкл. Также в записи альбома принял участие вокалист System of a Down Серж Танкян, он исполнил вокальную партию в композиции «Mein», она стала синглом после лид-сингла «Hole in the Earth» в 2007 году. Группа провела в турне почти два года, посетив с концертом Москву в 2006 году.