Следующий полноформатный альбом — Spiritual Black Dimensions — был выпущен 2 марта 1999 года. После его записи ушёл Нагаш, место которого занял ICS Vortex. Спустя два месяца после релиза был издан сплит с Old Man's Child под названием Sons of Satan Gather for Attack. Также из состава группы ушли Тьодальв и Астенну, на замену им пришли Николас Баркер (ранее игравший в Cradle of Filth) и Гальдер (из Old Man's Child).

В 2001 году вышел альбом Puritanical Euphoric Misanthropia.

Альбом Death Cult Armageddon был выпущен в 2003 году. Некоторые части альбома записывались с Пражским филармоническим оркестром. Однако, в многочисленных интервью Шаграт отмечал, что возникло множество проблем при записи с оркестром. Две недели работы в студии ушли на исправление ошибок. Группа решила не использовать оркестр в грядущем альбоме и переложила обязанности на клавишника, Мустиса. В 2004 году Dimmu Borgir были хедлайнерами фестиваля Ozzfest.

В 2005 году Силенос и Шаграт, при участии Хеллхаммера (из Mayhem), выпустили альбом Stormblåst MMV, являющийся полностью перезаписанной версией альбома Stormblåst, выпущенного в 1996 году.

24 апреля 2007 года группа выпустила альбом In Sorte Diaboli . Специальное издание (Leather Book Edition) было выпущено в виде книги, внутри которой находились DVD, тексты песен, напечатанные в зеркальном отражении и зеркало. В записи альбома принимал участие ударник Хеллхаммер из группы Mayhem, которому пришлось покинуть группу из-за травмы шеи, что ограничивало движение его правой руки. Альбом In Sorte Diaboli является первым в мировой истории альбомом в стиле «блэк-метал», поднявшимся на первую строчку национального хит-парада (в Норвегии).

В 2008 году вышел концертный DVD группы под названием «The Invaluable Darkness».

30 августа 2009 года было опубликовано сообщение о том, что группу покинули Мустис и Вортекс. 31 августа это было официально подтверждено группой на официальном сайте. Несмотря на уход участников, группа принялась за запись очередного студийного альбома. Запись проходила в сотрудничестве с норвежским композитором Гауте Стораасом, Оркестром Норвежского радио в составе 51 музыканта и хором Schola Cantorum в составе 38 человек. В работе над новым альбомом принял участие уже 101 музыкант. Новый альбом, который получил название Abrahadabra вышел в Германии 24 сентября, в остальных странах Европы 27 сентября и в Северной Америке 12 октября на лейбле Nuclear Blast.

24 августа группа подтвердила, что на место Вортекса встанет шведский музыкант-мультиинструменталист Сноуи Шоу, однако уже на следующий день музыкант объявил об уходе из группы и возвращении в Therion.

В одном из интервью Шаграту был задан вопрос касательно музыкантов, которые войдут в гастрольный состав группы, Шаграт сказал следующее:

В отношении того, довели ли бывшие участники группы ICS Vortex и Mustis до суда дело о своих предполагаемых авторских правах на песни с предыдущих альбомов, Шаграт сказал: Нам пришлось кое в чем прибегнуть к услугам адвоката — это не касается судебного разбирательства — но в настоящий момент все стабильно. Так что нет каких-то больших проблем.

Альбом Abrahadabra вышел 24 сентября 2010 года в Германии, 27 — в остальной части Европы и 12 октября в США. Сессионными участниками стали Cyrus (из группы Susperia, настоящее имя — Терье Андерссен) на бас-гитаре, Gerlioz (из групп The Kovenant и Apoptygma Berzerk) на клавишных и Daray на ударных.