Звук следующего альбома Raise Your Fist and Yell (1987) стал ещё более жёстким. Тур к альбому, как и предыдущий, предлагал зрителю шокирующее зрелище и вызвал большую полемику, особенно в Европе. В Британии запретить шоу призвал член парламента Дэвид Бланкетт, заявивший: «Я ужасаюсь таким поведением, это выходит за рамки развлечения». В Германии после вмешательства правительства некоторые фрагменты из шоу были удалены.

Во время выступлений в Лондоне едва не закончилась трагедией сцена с повешением, которая могла стоить Куперу жизни. Как и прежде, общественный резонанс лишь способствовал привлечению большего интереса к его концертам.

Constrictor и Raise Your Fist and Yell были записаны с гитаристом Кейном Робертсом и бас-гитаристом Кипом Вингером. Оба музыканта покинули группу в 1988 году (хотя Кейн принял участие в песне «Bed of Nails» на альбоме 1989 года Trash). Робертс занялся сольным творчеством, а Вингер создал группу «Winger».

В 1987 году Купер принял участие в в фильме ужаса «Князь тьмы» режиссёра Джона Карпентера, снявшись в роли главаря банды уличных зомби, угрожавшего главному герою и в конечном счёте насадившего его на велосипедную раму. Купер также появился в передаче Рестлмания III, сопровождая бойца Джейка Робертса на ринг. После того, как бой закончился, Элис кинул змею Джейка Робертса в Джимми Харта — менеджера другого бойца — The Honky Tonk Man. Джейк Робертс почёл участие Купера за честь, так как в молодости Элис был его кумиром, да и в то время Джейк оставался фанатом его творчества.

В 1988 году истёк контракт Купера с MCA Records, и он подписал новый, с Epic Records. В 1989 году карьера его вновь пошла в гору, когда Десмонд Чайлд спродюсировал альбом Trash. Сюда вошла композиция «Poison», занявшая второе место в Великобритании и седьмое — в США.

1990-е годы

В начале 1990 года Купер принял участие в записи альбома «Use Your Illusion I» группы Guns N' Roses (в песне «The Garden»), а также сыграл эпизодические роли в «Кошмаре на улице Вязов» (отчим Фредди Крюгера) и комедии «Мир Уэйна», где главные герои при виде Элиса встают перед ним на колени и почтительно кланяются, говоря: «Мы не заслуживаем, мы не заслуживаем».

Альбом Hey Stoopid, вышедший в 1991 году, не повторил коммерческого успеха своего предшественника (возможно, из-за вспышки интереса к гранжу). В этом же году вышло видео «Alice Cooper: Prime Cuts», которое представляло собой историю всей карьеры Элиса и включало интервью с ним самим, Бобом Эзрином и Шепом Гордоном.

В 1994 году Элис Купер выпустил первый после DaDa концептуальный альбом The Last Temptation, в котором поднимались проблемы веры, искушения, одиночества в современной жизни. Одновременно с выходом альбома появился комикс, созданный Нилом Гейманом по мотивам истории из The Last Temptation. Этим альбомом Купер выполнил контрактные обязательства перед Epic Records и в течение последующих шести лет студийных альбомов не выпускал. За этот период времени вышел концертный альбом A Fistful of Alice. В 1999 году вышел бокс-сет из четырёх дисков «The Life and Crimes of Alice Cooper» с приложением в виде официальной биографии Элиса Купера «Alcohol and Razor Blades, Poison and Needles: The Glorious Wretched Excess of Alice Cooper, All-American», написанной редактором журнала Creem Джефри Морганом.

Всё это время Купер активно гастролировал, а в 1996 году посетил Южную Америку, где не давал концертов с 1974 года. Также в 1996 году он исполнил вокальную партию Ирода в лондонской версии мюзикла «Иисус Христос — суперзвезда».