В 1992 году он основал организацию Elton John AIDS Foundation, которая должна была финансировать программы по борьбе со СПИДом. Он также объявил о своем решении направлять все деньги, заработанные от продаж синглов на территории Великобритании и США, на расширение исследований, связанных со СПИДом. В этом же году выходит его новый альбом The One, который достиг 8 места в американских хит-парадах — наивысшее достижение со времени выхода в 1976 году Blue Moves. Элтон Джон совместно с Топином подписывают в этом году контракт с компанией Warner/Chappell Music, который оценивается в $39 миллионов, сроком на 12 лет. На тот момент это был самый крупный контракт, заключённый в истории поп-музыки. Элтон Джон принимает участие в концерте, посвящённом памяти Фредди Меркьюри, на котором исполняет вместе с Queen песни Bohemian Rhapsody и The Show Must Go On.

В сентябре того же года Элтон Джон исполнил песню November Rain совместно с группой Guns N' Roses. В следующем году вышел его альбом Elton John's Duets, который был записан им при участии 15 артистов, представляющих самые разные жанры и направления в современной музыке. Одна из композиций, вошедших в этот альбом, — песня True Love, иcполненная им в дуэте с Кики Ди, поднялась до #10 в UK Singles Chart, другой дуэт с Эриком Клэптоном Runaway Train также попал в британские чарты.

В 1994 году Элтон Джон совместно с Тимом Райсом принял участие в работе над музыкой к анимационному фильму компании Дисней «Король Лев». Фильм стал самым коммерчески успешным рисованным мультфильмом всех времён, и песни, записанные для него, сыграли в этом не последнюю роль. Из пяти песен, номинированных на премию Оскар в номинации «Лучшая песня к фильму» в 1995 году, три были написаны Элтоном Джоном и Тимом Райсом для «Короля Льва». Песня «Can You Feel the Love Tonight» получила премию «Оскар». С этой песней Элтон Джон был удостоен также премии Грэмми в номинации Лучший мужской поп-вокал. Саундтрек к фильму продержался на первом месте в чарте журнала Billboard девять недель. 10 ноября 1999 года RIAA объявила, что продажи альбома The Lion King достигли 15 миллионов, и он таким образом с большим запасом завоевал статус «бриллиантового», согласно классификации этой организации.

В 1994 году Элтон Джон был введён в Зал славы рок-н-ролла, до этого, в 1992 году, он и Берни Топин стали членами Зала славы авторов песен. В 1995 году он стал Командором Ордена Британской Империи. Элтону Джону был дарован титул рыцаря-бакалавра, что дало ему право добавлять приставку «сэр» к своему имени.

В 1995 году вышел альбом Элтона Джона Made in England (#3 UK), сингл из которого, «Believe», поднялся до #15. В следующем году был выпущен сборный альбом Love Songs.

1997 год был отмечен для Элтона Джона взлётами и неприятностями. В начале года певец предстал перед публикой во всем своем «блеске» во время празднования своего 50-летнего юбилея. Он организовал праздничную вечеринку для 500 наиболее близких друзей в стиле Людовика IV, на которой появился в костюме стоимостью $80 000. 17 января 1997 года он принял участие с тремя оставшимися членами группы Queen в Париже в церемонии открытия концертной программы Le Presbytere N’a Rien Perdu De Son Charme Ni Le Jardin Du Son Éclat легенды французского балета Мориса Бежара, которая была посвящена памяти Фредди Меркьюри и Жорже Донна, звезды́ труппы Бежара. Это представление было вторым случаем после смерти Фредди Меркьюри, когда остальные члены группы собрались вместе. В конце 1997 года Элтон Джон потерял двух очень близких друзей: дизайнера Джанни Версачи (который был убит) и принцессу Диану, которая погибла в Париже в результате автомобильной катастрофы.