Однако самым крупным успехом Элтона Джона в первое десятилетие XXI-го века следует признать песню Are You Ready For Love. Эта композиция осталась практически незамеченной, когда она впервые появилась в конце 1970-х, однако, когда она была переиздана в 2003 году, то сразу же заняла первые места в хит-парадах.

«Billy Elliot» оказался не единственным мюзиклом, участие в котором принял Элтон Джон. Вместе с Берни Топином он принял участие в работе над постановкой по роману Энн Райс Lestat: The Musical. Однако эта постановка была враждебно встречена критикой и была закрыта после 39 представлений.

Музыка Элтона Джона широко использовалась в кино. Одна из его песен Tiny Dancer, записанная ещё в 1970 году, была использована в фильме «Почти знаменит» («Almost Famous»), который вышел на экраны в 2002 году. Другая его композиция The Heart of Every Girl использовалась в фильме 2003 года «Улыбка Моны Лизы» («Mona Lisa Smile»).

2 июля 2005 года Элтон Джон принял участие в знаменитом концерте Live 8, прошедшем в лондонском Гайд-парке. В этом же году певец записал дуэт с австралийской кантри-певицей Катерин Бритт под названием «Where We Both Say Goodbye». Песня поднялась на 38 позицию в кантри-чарте журнала Биллборд.

10 ноября 2005 года вышел сборник Elton John's Christmas Party, для которого он исполнил две песни, а в записи остальных приняли участие артисты, которых он отобрал. Первоначально этот альбом продавался через сеть кафе Старбакс, и два доллара от каждой продажи шли в его благотворительную организацию по борьбе со СПИДом (Elton John AIDS Foundation). 10 октября 2006 года этот альбом поступил в широкую продажу, однако 6 песен из первоначального списка (куда входила 21 композиция) были исключены. 7 февраля 2006 года вышел альбом-посвящение, записанный рядом артистов в Студии 99, под названием The Timeless Classics Of Elton John Performed By Studio 99.

19 сентября 2006 года Элтон Джон и Берни Топин выпустили очередной совместный диск, который явился как бы логическим продолжением знаменитого альбома Captain Fantastic And The Brown Dirt Cowboy, под названием The Captain & The Kid. Этот альбом включал 10 новых песен. Он также интересен тем, что первый раз за всё время совместной работы на диске были помещены одновременно фотографии Элтона Джона и Берни Топина. Альбом был благосклонно встречен критиками, и его мировые продажи составляют на настоящий момент примерно 3,5 миллиона копий.

16 июня 2007 года в Киеве в рамках информационно-образовательной кампании «На краю!» Элтон Джон дал бесплатный благотворительный концерт, организованный фондом «АНТИСПИД». Он состоялся на Майдане Независимости и в прямом эфире транслировался телеканалами.

23 сентября 2007 года Элтон Джон выступил на главном стадионе Баку, названном в честь футбольного судьи Тофика Бахрамова.

12 июля 2007 года Элтон Джон выступил на Театральной площади в Ростове-на-Дону. Для жителей Ростова концерт был бесплатный. Выступление было приурочено к 70-летию Ростовской области и открытию первой очереди электрометаллургического завода в Шахтах. 7 октября, 2009 года в рамках всемирного тура The Red Piano cостоялся концерт Элтона Джона в спорткомплексе «Олимпийский», Москва.

26 июня 2010 года состоялось первое выступление сэра Элтон Джона в Минске, на концертной площадке Минск-Арена.

В середине октября 2010 года Элтон Джон выпустил свой очередной студийный альбом The Union, записанный в сотрудничестве с Леоном Расселлом. Певец заявил, что пластинка знаменует начало качественного нового этапа в его карьере. «У меня нет больше необходимости выпускать поп-пластинки», — заявил он. Альбом получил в целом высокие оценки критиков (72/100 согласно рейтингу Metacritic); 5 звёзд дал ему рецензент Rolling Stone.