Пятнадцать месяцев спустя, группа заключила контракт с MCA Records и приступили к работе над третьим альбомом

When the Storm Comes Down, который вышел в 1990. Группа рассчитывала на рост популярности после выхода альбома, но альбом пострадал от некачественного продюсирования и довольно слабых песен, по сравнению с двумя предыдущими альбомами.

1992—1995: Cuatro

Трой Грегори вскоре покинул Flotsam and Jetsam ради группы Prong, и музыканты снова были вынуждены искать бас-гитариста, взяв в итоге Джейсона Варда. Следующий альбом, Cuatro, продемонстрировал что группа поменяла стиль, смешивая трэш-метал с гранджевым звучанием. Тем не менее, альбом стал довольно успешным. Flotsam аnd Jetsam предприняли определённые усилия для раскрутки альбома: было выпущено четыре сингла и сняты видео на песни Swatting at Flies и Wading Through the Darkness.

1995—1999: Drift и High

В 1995 вышел пятый альбом, Drift, с тремя синглами. Материал диска продемонстрировал дальнейший отход группы от трэш-метала в сторону грув-метала с отчётливыми элементами хард-рока.

Flotsam аnd Jetsam вернулись на свой бывший лейбл Metal Blade Records, из-за отсутствия поддержки со стороны MCA и ослабления интереса к металу из-за гранджевого бума в Сиэтле. Альбом High, вышедший в 1997, включал кавер-версию песни Fork Boy, посвященную Джеффу Варду, брату Джейсона, который погиб в начале турне Cuatro Tour. Джефф Вард — бывший барабанщик таких групп, как Nine Inch Nails, Ministry, Revolting Cocks и Lard, создатель Fork Boy. В отличие от своего предшественника, High был записан в более традиционном для хеви-метала ключе. Альбом произвёл на поклонников группы хорошее впечатление, однако не смог встать в один ряд с более ранними работами.

Майк Гилберт и Келли Смит покинули группу после выхода High и были заменены гитаристом Марком Симпсоном и ударником Крэйгом Нильсеном.

1999—2004: Unnatural Selection и My God

Unnatural Selection вышел в 1999 и, вскоре после этого, Марк Симпсон покинул группу. Он снова присоединился к группе в 2000 году для записи нового альбома, My God, оказавшегося наиболее агрессивной работой группы. Затем Эрик «А. К.» Кнутсен основал группу в стиле кантри, и покинул Flotsam and Jetsam, потеряв мотивацию после 15 лет ожидания успеха. Несмотря на то что Flotsam and Jetsam не распались, на этот раз был сделан довольно большой перерыв. Они нашли нового вокалиста в лице Джеймса Риверы, который взялся исполнять обязанности вокалиста на концертах. Затем музыканты почувствовали, что никто кроме Эрика «А. К.» Кнутсена не может быть вокалистом группы и Ривера покинул группу.

2004—2006: Live in Phoenix, Dreams of Death

В 2004 вышел концертный DVD Live in Phoenix, содержащий тринадцать песен с Надтсеном. Вскоре после этого он снова официально присоединился к группе и они приступили к созданию нового альбома. Основой для лирики нового альбома стали ночные кошмары Надтсена. В результате этого, альбом был назван Dreams of Death, как второй трек на альбоме No Place for Disgrace. Альбом был издан на лейбле Crash Music.

2006-Настоящее: Live in Japan, Once in a Deathtime и The Cold

В феврале 2006 вышел концертный DVD Live in Japan. В ноябре 2006 был переиздан дебютный альбом группы, Doomsday for the Deceiver, включая две демозаписи, чтобы отпраздновать двадцатилетний юбилей альбома.

Весной 2008 года лейбл Metal Mind Productions выпустил ремастированные перезидания альбомов When the Storm Comes Down, Cuatro (включая 5 бонус-треков), Drift (включая 3 бонус-трека) и Dreams of Death. Однако юридические разногласия между группой, её прежним лейблом Elektra Records и бывшим менеджером не позволили переиздать альбом No Place for Disgrace.

В марте 2008 года Flotsam and Jetsam провели тур по Европе, а также сыграли на фестивале Metalmania в Польше. Видеозапись этого выступления в июле была выпущена на DVD Once in a Deathtime. В середине 2008 группа подписалась на лейбл Driven Music Group, основанный бывшим гитаристом Korn Брайаном Уэлчем.

В марте 2010 года группу покинул гитарист Эд Карлсон. Однако он записал свои партии для готовящегося альбома. На освободившееся место был принят участник оригинального состава Майкл Гилберт.

Новый альбом The Cold вышел 14 сентября 2010 года на лейбле Driven Music Group. Альбом оказался на редкость успешным, превысив продажи двух предыдущих творений группы. В музыкальном плане он сделал большой шаг в сторону мелодичности и представляет собой смесь трэша и пауэр-метала. Распространиением диска в Европе, Японии и Австралии, по соглашению с Driven Music Group, занялся лейбл Nuclear Blast.

В декабре 2010 о своем уходе заявил второй гитарист — Марк Симпсон. По его словам, в группе не было никаких конфликтов, и это его собственное решение. На его место вернулся ушедший незадолго до этого Эд Карлсон. А в сентябре 2011 года состоялось ещё одно возвращение — на место покинувшего группу Крэйга Нильсена приходит оригинальный барабанщик Келли Дэвид-Смит.

Flotsam and Jetsam решили назвать свой новый альбом Ugly Noise. В настоящий момент группа работает над композициями для этого CD, а его выход намечен на конец 2012 — начало 2013 года.

Состав группы

Текущие участники

• Эрик А. «Эй Кей» Надтсен — вокал (1983 — настоящее)
• Эд Карлсон — гитара (1983—2010, 2010 — настоящее)
• Майкл Гильберт — гитара (1985—1997, 2010 — настоящее)
• Джейсон Вард — бас-гитара (1990 — настоящее)
• Келли Дэвид-Смит — ударные (1982—1997, 2011 — настоящее)

Бывшие участники

• Джейсон Ньюстед — бас-гитара (1983—1988)
• Трой Грегори — бас-гитара (1986—1990)
• Марк Симпсон — гитара (1999—2010)
• Крэйг Нильсен — ударные (1999—2011)

Дискография

Альбомы

• Doomsday for the Deceiver (1986, Metal Blade)
• No Place for Disgrace (1988, Elektra Records)
• When the Storm Comes Down (1990, MCA Records)
• Cuatro (1992, MCA Records)
• Drift (1995, MCA Records)
• High (1997, Metal Blade)
• Unnatural Selection (1999, Metal Blade)
• My God (2001, Metal Blade)
• Dreams of Death (2005, Crash Music)
• The Cold (2010, Driven Music Group)
• Ugly Noise (2012, Pledge Music)

Синглы/EP

• Flotzilla (1987)
• Saturday Night’s Alright for Fighting (1988)
• Suffer the Masses (1990)
• The Master Sleeps (1990)
• Never to Reveal (1992)
• Swatting at Flies (1992)
• Wading Through the Darkness (1992)
• Cradle Me Now (1992)
• Smoked Out (1995)
• Blindside (1995)
• Destructive Signs (1995)

DVD

• Live in Phoenix (2004)
• Live in Japan (2006)
• Once in a Deathtime (2008)