Примерно в это же время он начал экспериментировать с музыкой эмбиент, работая над проектом "Cathedral Ocean". Он начал также обращать внимание на андерграундную хаус- и эсид-сцену Детройта и Лондона. С группой Nation 12 в начале 1990-х годов Фокс выпустил два двенадцатидюймовых сингла — «Remember» и «Electrofear».

Первый из них был совместной работой с Тимом Саймноном, известным по проекту Bomb the Bass. Группа

Nation 12 также написала музыку для компьютерной игр Speedball 2 (1990) и видеоигры Gods (1991).

Возвращение

24 марта 1997 Фокс возвратился на музыкальную сцену, выпустив на лейбле звукозаписи Metamatic Records одновременно два альбома Shifting City (в сотрудничестве с Луисом Гордоном) и Cathedral Oceans. Shifting City был квалифицирован многими комментаторами как запоздалое возвращение музыканта к стилю электропоп "эпохи" альбома "Metamatic". Тем не менее на этом альбоме заметны влияния андерграундной музыки 1990-х годов и стиля трипхоп, а также заметны элементы психоделической поп-музыки, впервые проявившиеся в композиции "When You Walk Through Me" группы "Ultravox".. Cathedral Oceans представляет собой сольную работу Джона Фокса, возвращение к воспоминаниям о католической юности и его любви к древним кафедральным соборам Англии и Европы, выдержанное в стиле эмбиент. На эту работу повлияли традиционные вечерние церковные молитвы, григорианское пение, музыка Брайана Ино, Харольда Бадда и Ханса-Йохима Рёделиуса..

11 октября 1997 Джон Фокс выступил на первом с 1982 публичном концерте в лондонской «Астории». Компакт-диск, выпущенный ограниченным тиражом в 1 000 пронумерованных экземпляров под названием Subterranean Omnidelic Exotour продавался только пришедшим на концерт по предъявлению билета. Фокс и Гордон продолжили совместную работу, выступая на концертах гастрольного тура Subterranean Omnnidelic Exotour в 1997 и 1998 и выпустили второй альбом The Pleasures of Electricity, в сентябре 2001. Два года спустя они вновь отправились в концертный тур — в поддержку альбома Crash and Burn, выпущенного на лейбле Фокса «Метамэтик рекордз». В 2003 вышел в свет второй «том» Cathedral Oceans, а также другие работы в стиле эмбиент: двойной компакт-диск Translucence и Drift Music с Харольдом Баддом. В 2004, с сентября по октябрь, коллекция изображений к Cathedral Oceans выставлялась в «Би-си-би арт» в городе Хадсоне, штат Нью-Йорк. На следующий год вышел диск Cathedral Oceans III.

В апреле 2005 Фокс был приглашен финским диджеем Йори Хулкконеном для записи альбома Dualizm, а именно, для записи вокальной партии в композиции "Dislocated", которую Хулкконен специально сочинил для Фокса. Месяц спустя Джон Фокс появился на сцене "Брайтон павилиэн" вместе с Харальдом Баддом и Биллом Нельсоном; там было объявлено , что Фокс планирует совместную работу с Джа Уобблом, Робином Гатри, Cтивом Дженсеном и Биллом Нельсоном.

В июне 2006 Фокс выпустил сольный альбом с инструментальной музыкой Tiny Colour Movies, состоящий из пятнадцати звуковых дорожек.

Три совместных альбома с Луисом Гордоном были выпущены в конце 2006: Live From a Room (As Big as a City) — "живой" студийный альбом, записанный во время гастролей 2003 года (он продавался в комплекте с

диском с записью интервью с Джоном Фоксом "The Hidden Man"), студийный альбом From Trash и двойной альбом Sideways (также с интервью).

В июле 2007 Фокс выставлял свои графические работы, связанные с Cathedral Oceans в "Фулхэм пэлис". На вечере открытия выставки Фокс исполнил фортепианные пьесы и читал отрывки из своего неопубликованного романа "Тихий человек" перед аудиторией в первый раз. В сентябре ремастерованное издание Metamatic было выпущено в продажу в виде двойного компакт-диска с ранее неиздававшимися композициями и обратными сторонами синглов.