1998—2002: Реабилитация и возвращение в Red Hot Chili Peppers

В конце 1997 года, после более чем пяти лет героиновой зависимости, Фрушанте пытается завязать. Тем не менее, в течение нескольких месяцев он все ещё был не в состоянии разорвать пристрастия к крэк-кокаину и алкоголю. В январе 1998 года, по настоянию давнего друга Bob Forrest, Фрушанте зарегистрировался в Las Encinas, клинике по реабилитации наркоманов в Пасадине, чтобы начать полное восстановление. Прибыв на место, у него обнаружили плохое состояние ротовой полости, самым верным решением было удалить все гнилые зубы и заменить их на зубные имплантаты. Он также получил пересадку кожи, чтобы восстановить абсцессы на его изуродованных руках. Примерно через месяц лечения, Фрушанте выписался из Las Encinas и постепенно вернулся в общество.

Полностью восстановившись и став здоровым, Фрушанте стал жить более духовным и аскетическим образом жизни. Он изменил свою диету, стал более заботиться о своем здоровье и есть главным образом натуральные продукты. Благодаря регулярной практике випассаны и йоге, он обнаружил, что самодисциплина оказывает на организм полезные действия. Для поддержания своего повышенного духовного осознания и отвлечения его от музыки, Фрушанте решил воздержаться от сексуальной активности, заявив: «Мне очень хорошо без него». Все эти изменения что он пережил в своей жизни полностью изменили его отношение к наркотикам:

Несмотря на свой опыт наркомана, Фрушанте не рассматривает употребление наркотиков как «темный период» в его жизни. Он считает, что это период возрождения, во время которого он нашел себя и очистил свой разум. С тех пор, как Фрушанте прекратил занятия йогой, в силу её влияния на спину, он все ещё пытался ежедневно медитировать.

В начале 1998 года Red Hot Chili Peppers уволили гитариста Дэйва Наварро и были на грани распада. Фли сказал Кидису, что «…единственный способ, который я мог себе представить в сложившийся ситуации — это если мы вернём Джона в группу». Фрушанте не был нигде задействован как музыкант из-за своей зависимости, поэтому Кидис и Фли подумали, что это подходящее время для приглашения его обратно. Когда Фли посетил Джона в его доме и попросил присоединиться к группе, Фрушанте зарыдал и сказал: «ничего не сделает меня счастливее в мире». Фрушанте вернулся в группу. Chili Peppers приступили к записи своего следующего альбома, Californication, выпущенного в 1999 году. С возвращением Фрушанте вернулся фирменный звук Chili Peppers, а также здоровый моральный дух. Он привез с собой свою глубокую преданность музыке, которая оказала влияние на запись и стиль группы в альбоме. Фрушанте неоднократно заявлял о том, что его работа над Californication была его детищем.

Во время мирового турне Californication, Фрушанте продолжал сочинять свои собственные песни, многие из которых будут выпущены в 2001 году на ​​третьем сольном альбоме To Record Only Water for Ten Days. Этот альбом был стилистически отличным от своих предыдущих записей: менее заметен поток сознания или авангард. Тем не менее, слова были все ещё очень загадочны и его звук был заметно урезан. To Record Only Water for Ten Days был более эффективным и простым, чем его предыдущие записи. Альбом отличался от альтернативного рока и от только что написанным с Chili Peppers альбома Californication, он больше ориентирован на электронику и элементы новой волны.. В дополнение к своей гитаре, Фрушанте экспериментировал с различными синтезаторами и отличительной особенностью записи.