В 1996 году Глиттер сыграл Крестного отца в новой постановке рок-оперы Quadrophenia, выпустил синглом кавер версию The House of the Rising Sun. «Rock and Roll (Part Two)» к этому времени уже был использован в саудтреках «The Full Monty», «Happy Gilmore», «Meet the Fockers» и «The Replacements».

В 1991 году Глиттер открыл закусочную под названием Glitter’s Snack Bar в западной части Лондона (которая рекламировалась как «Leader of the Snack»). Поначалу она имела немалый успех, но в конечном итоге закрылась в конце 90-х годов. В начале 90-х годов Глиттер основал собственный лейбл Attitude Records, который впоследствии стал частью Machmain LTD, музыкальной компании, владельцем которой также являлся он сам.

Конец музыкальной карьеры

В ноябре 1997 года Глиттер понес на ремонт свой лэптоп Toshiba в бристольское отделение PC World. Здесь работники обнаружили на его жёстком диске файлы с детской порнографией и донесли в полицию.

В английской и американской прессе разразился скандал. Все проекты с участием Глиттера были приостановлены, было вырезано его выступление в фильме «Spiceworld The Movie» (хотя песня «I’m the Leader of the Gang (I Am)» в исполнении Spice Girls оказалась оставлена). 19 ноября 1999 года Глиттера признали виновным в том, что он хранил у себя в компьютере детскую порнографию и приговорили к 4 месяцам тюрьмы, из которых он отсидел два.

Имя Пола Гэдда было внесено в список лиц, осужденных за преступления, совершённые на сексуальной почве. Одновременно его обвинили в том, что он имел интимную связь с некой Алисон Браун, когда той было 14 лет. Дело было закрыто после того, как стало известно, что Браун продала свою историю таблоиду News of the World, от которого должна была получить большую сумму в том случае, если Глиттера бы приговорили к тюремному заключению.

Выйдя из тюрьмы в 2000 году, Глиттер переехал в Испанию, где его тут же обнаружили британские репортёры. Он попытался найти убежище на Кубе, но в страну его не пустили: выяснилось, что кубинское консульство в Лондоне получило о нем информацию как об опасном преступнике и разослало фотографии по своим аэропортам.

Глиттер вылетел в Камбоджу: здесь само его присутствие вызвало политический скандал. Камбоджийские власти выслали его из страны в 2002 году на том основании, что он «представляет опасность для национальной безопасности и порочит международную репутацию страны». Перед высылкой Глиттер трое суток провел в тюрьме, хотя никаких обвинений ему предъявлено не было.

В 2001 году на Snapper Records вышла антология The Ultimate Gary Glitter, за которой в сентябре 2001 года последовал студийный альбом On, где, наряду с новым материалом, был представлен материал, записанный еще до приговора 1999 года. В декабре 2004 года, после выхода нового сингла «Control» в адрес певца поступили новые обвинения в педофилии. Опасаясь ареста, Глиттер вылетел во Вьетнам.

Тем временем в 2005 году был перевыпущен документальный фильм «Remember Me This Way» (первоначально увидевший свет в 1974 году). Сборники The Remixes и Live in Concert (записи 1981 года), продававшиеся в Интернете, а также новая компиляция The Best of Gary Glitter продемонстрировали тот факт, что свою аудиторию он не потерял. В 2006 году весь бэк-каталог Глиттера стал доступен в электронном виде — посредством iTunes и eMusic.

Арест и тюремное заключение во Вьетнаме

В конце 2005 года во Вьетнаме Глиттер был арестован по обвинению в изнасиловании нескольких несовершеннолетних девочек, что поначалу грозило ему смертным приговором. Судьи, однако, не нашли никаких доказательств того, что изнасилования имели место. Весной 2006 года Глиттера приговорили к трем годам лишения свободы за «неприличное поведение в присутствии двоих несовершеннолетних». Апелляция, поданная его адвокатами, была в июне отклонена.