В июле 1977 года Бхактиведанта Свами Прабхупада поручил Харикеше Свами и ещё десяти старшим последователям инициировать учеников от его имени. После смерти Прабхупады в ноябре 1977 года, они стали первыми 11 гуру в ИСККОН. За последующие 20 лет Харикеша Свами принял более 3000 учеников. Он курировал деятельность ИСККОН в СССР, странах Восточной Европы, Германии, Австрии, Швейцарии и Скандинавии. В течение непродолжительного периода он также руководил деятельностью ИСККОН в ряде стран Ближнего Востока, Аргентине и некоторых других странах Латинской Америки.

Под его руководством, Северо-Европейский филиал издательства «Бхактиведанта Бук Траст» значительно расширил публикацию вайшнавской литературы. К 1998 году издательство опубликовало более 450 различных книг на 37 языках тиражом около 50 млн экземпляров. В 1977 году Харикеша Свами был избран членом «Комитета по развитию маяпурского проекта», а в 1991 году стал его директором, курируя разработку окончательного плана строительства огромного вайшнавского храма и ведического планетария в Маяпуре.

После того, как в середине 1990-х годов Руководящий совет ИСККОН узнал о деталях насилия над детьми в гурукулах (школах-интернатах) ИСККОН в 1980-е годы, Харикеша Свами принял активное участие в развитии социальных программ, направленных на помощь и поддержку детям, растущим в ИСККОН. Он выступил с инициативой создания Министерства развития образования, поощрил написание и публикацию детской литературы. Он поддержал реформу образования внутри ИСККОН, в результате которой были введены более строгие требования для преподавателей в гурукулах ИСККОН, улучшены условия на местах для учащихся, ликвидированы школы, не находившиеся в непосредственной близости от общин, в которых проживали родители детей. Харикеша Свами также принял участие в создании и финансировании «Офиса по защите детей», который разработал набор руководств и правил для гурукул и родителей, а также занялся выявлением и преследованием кришнаитов, повинных в насилии над детьми.

В 1998 году, финансовая база начатых Харикешей Свами проектов исчезла буквально за один день в результате финансового кризиса и дефолта в России, куда были вложены его средства. Это событие, в сочетании с трудным периодом в истории ИСККОН, оказали огромное давление на Харикешу, который чувствовал, что на нём лично лежала ответственность за сложившуюся ситуацию. 2 июня 1998 года Харикеша Свами перенёс стресс и был госпитализирован. К его лечению была привлечена пранический целитель из Германии по имени Моника, с которой у него вскоре завязались интимные отношения, что не подобало для санньясина.

Оправившись после тяжёлой болезни, Харикеша Свами выступил с критикой ИСККОН, в особенности отношения к семье и браку внутри организации. Своим ученикам он предложил самим решать, оставаться им в ИСККОН или выйти из него. Затем Харикеша Свами направил Руководящему совету ИСККОН просьбу об отставке. Он также изъявил желание прекратить выполнять обязанности инициирующего гуру. Руководящий совет удовлетворил его просьбу на ежегодном съезде в Маяпуре в марте 1999 года.

Последующая деятельность

В декабре 1998 года 50-летний Харикеша Свами женился на Катарине (Камаласундари Деви Даси) — своей ученице из Швеции русского происхождения. На свадьбу он пригласил группу наиболее близких учеников, которые выслушали его подробное мнение об ИСККОН. Харикеша заявил, что «все религиозные организации неизбежно деградируют». Видеозапись этой беседы разошлась среди кришнаитов и повлияла на многих учеников Харикеши Свами. Некоторые из них покинули ИСККОН, а многие из оставшихся были в значительной степени дезориентированы.