Лебедев пытался обратиться в суд и добиться выполнения договоров или компенсации, но адвокаты не решались под разными предлогами браться за его дело. На него самого безосновательно подали денежные иски столяр, садовник, повар и владелец арендованного под театр дома, 6 апреля Лебедев был даже арестован, но в тот же день оправдан. Письма в Лондон к С. Р. Воронцову и протоиерею Я. И. Смирнову с просьбой прислать 2 корабля с документами на провоз для выгодной закупки индийских товаров с целью продажи их в России остались без ответа, посчитанные авантюристическими, хотя это мероприятие вполне могло быть успешным, учитывая близкие отношения Лебедева с индийцами и знание им рынка. Всё это привело к закрытию театра в начале мая и продаже оборудования на аукционе за цену, гораздо более низкую, чем затраты на строительство50-51. К октябрю Лебедев остался практически без средств к существованию176-179, 192. Ухудшилось и здоровье52.

23 ноября Герасим Лебедев подал генерал-губернатору Дж. Шору ходатайство о разрешении ему вернуться в Европу, которое было удовлетворено уже через два дня, ему было выделено место на корабле Ост-Индской кампании «Лорд Тёрлоу» (Lord Thurlow) под командованием капитана В. Томсона192-194. Перед самым отъездом он встретился в Калькутте с И. Ф. Крузенштерном, проходившим практику волонтёром на английском флоте52. 10 декабря 1797 года Герасим Лебедев покинул Индию; при нём была лишь сумка с личными вещами общей ценностью в 271 рупию, виолончель, небольшие подарки друзьям и знакомым, а также небольшая коллекция индийских рукописей193-193.

Обратный путь и служба в России

В Кейптауне 8 февраля 1798 года Лебедев сошёл на сушу и подал жалобу губернатору на дурное с ним обращение, но разбирательство окончилось для него безрезультатно. Встретившийся ему здесь мореплаватель Ю. Ф. Лисянский описал его как нищего и подавленного. Чтобы заработать на дорогу до Лондона, пришлось дать 5 концертов, один из которых посетил губернатор Дж. Макартни256-257. Однако и здесь Лебедев изучал язык и нравы местного населения, а также собирал коллекцию раковин. 4 ноября 1798 года он отплыл из Кейптауна на корабле «Принц Вильям Генри»; 3 декабря он дал виолончельный концерт на острове Святой Елены и 4 февраля 1799 года прибыл в Лондон257-258.

Отсюда он обратился через С. Р. Воронцова к императору Павлу I и получил уверение в издании его трудов на казённый счёт, но результата не последовало в связи с доносом на Лебедева Я. И. Смирнова о дружбе его с кружком русских якобинцев и несвоевременного ходатайства о награждении англичанина Д. Уайта за спасение русского судна, а также временной опалой Воронцова. В 1801 году Лебедев собственными силами публикует на английском языке «Грамматику чистых и смешанных восточноиндийских диалектов…»; это была одна из первых 8—10 грамматик этого языка, написанных европейцем53-5440.

Герасим Лебедев вернулся на Родину в 1801 году. 24 октября он в прошении на имя императора Александра I просил издать на казённый счёт свои труды и переводы привезённых им индийских рукописей. Президент Академии наук А. Л. Николаи заметил, что для этого необходима постройка типографии со специальными шрифтами. Петербургские власти решили построить её. 2 декабря Лебедев составил смету, из которой выходило, что на его планы требуется 15,5 тысяч рублей: он планировал вырезать 172 санскритские «азбучные и цыфирные буквы»; напечатать бенгало-хиндустано-русский словарь на 48 листах; грамматику на бенгали, хиндустани, английском и русском на 73 листах; брамгенскую хронологию на хиндустани, английском и русском на 24 листах; сделанные в Индии переводы двух комедий (на бенгальском, английском и русском) на 50 листах и поэмы (на бенгальском и русском) Бхарата Чандра Рая на 48 листах; автобиографию («Сочинителева жизнь и путешествие») на 96 листах. В январе 1802 года Герасим Степанович отправил второе прошение, в котором была указана необходимая сумма в 10 тысяч рублей и просьба о присуждении звания профессора восточных языков с начислением соответствующего жалованья, необходимого для спокойной работы. 29 января 1802 года вышел указ Александра I о присуждении звания и зачислении в Академию наук с жалованьем в 1800 рублей в год. Президент Академии наук Николаи на это заявил, что Академия может это сделать только по высочайшему повелению, ибо для обычной процедуры требуются люди, которые бы оценили знания Лебедева, а их нет, к тому же звания профессора восточных языков в Академии вовсе не предусмотрено, да и жалованье непомерно высокое. Александр I «высочайшего повеления» делать не стал, а вместо этого 4 февраля 1802 года определил Лебедева на службу в Азиатский департамент Министерства иностранных дел с чином коллежского асессора на должность переводчика. На этой должности Герасим Степанович проработал весь остаток жизни, почти не выезжая из Петербурга. Ему приходилось делать много переводов с европейских языков, в основном с английского. В 1811 году Лебедев получил чин надворного советника, а 1 января 1817 года — орден Святого Владимира 4-й степени57-62322-324.