В том же году был снят второй видеоклип группы на песню «Sun Doesn’t Rise». Режиссёром стал художник из Канады Vince Marcone, для которого эта работа над клипом стала дебютом в кинематографе.

Уход J Mann

После релиза «XIII» последовал тур, который продолжался почти 2 года. И закончился уже с новым вокалистом. Летом 2004 года Mushroomhead расторгли контракт с Universal. Дело в том, что на лейбле произошли сокращения штата сотрудников и менеджера группы уволили. Новый менеджер не жаждал работать с Mushroomhead и им пришлось уйти. А после этого события, буквально через несколько недель, Jason заявил о своём уходе из группы. У него тяжело заболел отец John Anthony Popson, а у группы намечался долгий тур. Jason решил, что отец для него важнее и предложил, чтобы его заменил певец из группы 3 Quarters Dead по имени Waylon. Waylon жил в маленьком городке Уилкесборо в штате Северная Каролина, и когда ему позвонил Steve «Skinny» с предложением войти в состав Mushroomhead в качестве вокалиста, Waylon, по его словам, чуть не упал. По странному совпадению звонок был 19 сентября — в день рождения Вэйлона. 11 октября 2004 состоялось первое шоу с Waylon и фанаты стали привыкать к нему. Хотя часть фанатов всё же отвернулась от Mushroomhead, не желая видеть на месте J Mann никого другого.

История продолжается

В конце 2004 года группа подписала контракт с лейблом Megaforce Records. 9 августа 2005 года вышел долгожданный DVD группы под названием «Volume 1». Помимо собрания всех клипов группы, он включает домашнее видео Mushroomhead — как они громят гостиничные номера, подшучивают над своими коллегами по сцене и друг над другом.

Весной 2006 года из группы ушёл гитарист Marko «Bronson». На его место никого не стали брать, так как Gravy достаточно профессионален, чтобы играть всё в одиночку.

В том же 2006 году в группе появился новый участник — Lil Dan (техник Skinny), который вместе со Stitch играет на перкуссии — так называемых «водных барабанах» («water drums»).

19 сентября 2006 года вышел в свет альбом «Savior Sorrow» с новым вокалистом Waylon. Тур в поддержку Savior Sorrow закончился в конце 2008 года.

Также, стоит отметить, что J Mann и Roxy не совсем ушли из группы. Они выступают на ежегодных Old School шоу Mushroomhead (когда группа одевает старые костюмы и исполняет старые песни). А в 2008 году на Old School шоу появился и первый басист группы — Mr.Murdernickel.

В 2007 году Джейсон стал изредка выходить на сцену во время шоу Mushroomhead для исполнения песен вместе с Waylon и J Nothing. В осеннем туре 2008 года такие выходы стали более частыми. Объяснение этому дал сам Джейсон Попсон. 3 декабря 2008 года в очередном номере журнала «Scene» было опубликовано сенсационное интервью с J Mann, в котором он сообщил, что хочет вернуться в Mushroomhead. Skinny подтвердил, что Джейсон будет участвовать в записи очередного альбома группы, выход которого запланирован на зиму 2010 года.

28 октября 2008 года вышел второй DVD группы под названием «Volume 2», в который включены клипы, лайвы, а также закулисные съёмки.

28 сентября 2010 года вышел новый альбом «Beautiful stories for ugly children».

Возвращение J Mann

В 2013 году бывший вокалист группы заявил о своем возвращении и участии в записи нового альбома, выход которого запланирован на Октябрь этого же года.

Конфликт со Slipknot

12 мая 2011

Из всех конфликтов группы, конфликт с Slipknot является самым значимым, жестоким и продолжительным. В 1997 году Кливлендская группа Mushroomhead пыталась наконец-то зарегистрироваться на каком-нибудь из лейблов. Среди претендентов был и Roadrunner Records. Mushroomhead выслали им свой промоматериал: фотографии, постеры, видеозаписи, альбомы. Менеджеры лейбла долго тянули с ответом. Но в 1998 году потребовали от группы новый материал, чтобы принять окончательное решение о контракте. В то время Mushroomhead только лишь приступили к записи очередного альбома. И как только сырой материал был готов (будущий альбом «M3») отправили его на Roadrunner Rec. Каково же было их удивление, когда от лейбла последовал ответ, что они уже больше не заинтересованы в них, так как контракт подписан с другой группой в масках (Slipknot).