В том же году вышел четвёртый альбом Your Funeral… My Trial, после чего группу покинул Адамсон. На этом альбоме заметны элементы кабаре (в частности на 8-минутной музыкальной постановке «The Carny»), свидетельствующие о желании Bad Seeds делать более многоплановую музыку. Тёмный и задумчивый Tender Prey вышел в 1988 году, к группе присоединились американский гитарист Кид Конго Пауэрс и немецкий клавишник Роланд Вульф. Этот альбом породил одну из самых известных песен в репертуаре группы — «The Mercy Seat», в очередной раз привлёкшую к Bad Seeds внимание критиков и успех в коммерческом плане. Но несмотря на кажущееся благополучие, в этот период большинство участников группы отчаянно боролось с наркотической и алкогольной зависимостью. В конце десятилетия коллектив появился в фильме австралийского режиссёра Джона Хиллкоуа «Призраки гражданской смерти», а Ник Кейв издал свой первый роман — «И узре ослица Ангела Божия».

1990−1996

После окончания гастролей в поддержку Tender Prey и успешного избавления от наркотической зависимости группа переехала в город Сан-Паулу в Бразилии. Там начались эксперименты с клавишными балладами, в результате которых в 1990 году вышел утончённый и печальным альбом The Good Son. Абсолютной классикой Bad Seeds стала песня «The Weeping Song» — дуэт Ника и Бликсы. В 1992 году коллектив покинул Вульф и пришли два новых участника: басист Мартин Кейси и клавишник Конвей Савэдж. В таком составе группа выпустила Henry’s Dream, отмечающий шаг группы в сторону более тяжёлого рока. Альбом спродюсировал Дэвид Бриггс, работавший прежде с Нилом Янгом.

В 1994 году вышел восьмой альбом Let Love In, на котором группа представила слушателям изящный лирический рок, далёкий от рок-классики; к коллективу присоединился барабанщик Джим Склавунос. В 1996 году вышел самый коммерчески успешный альбом Bad Seeds на сегодняшний день — Murder Ballads. Он полностью посвящён теме убийства и изобилует приглашёнными музыкантами (Пи Джей Харви, Шейн МакГован, Кайли Миноуг), дуэтами и совершенно разноплановыми композициями, среди которых лирические баллады, рокерские и блюзовые вещи. Также в этот период в группу принимают скрипача Уоррена Эллиса.

1997−2005

Альбом 1997 года The Boatman’s Call отмечает отход группы от биографического типа повествования и конфессиальных песен об отношениях между людьми, потере и тоске. Следующий альбом No More Shall We Part в целом получает хорошие отзывы, его содержание описывают как «глубоко трагические и красивые песни о любви, без иронии, сарказма, или насилия», однако критики отмечают, что группе грозит утонуть в излишней сентиментальности. Двенадцатый альбом Nocturama стал попыткой коллектива вернуться к звучанию времён Henry’s Dream. Альбом получил неоднозначные отзывы. Поклонникам группы он пришёлся по душе, как и любая работа Bad Seeds, но обещание вернуться к старому звучанию группа так и не сумела выполнить.

Вскоре после выхода Nocturama Бликса Баргельд принял тяжёлое для себя решение покинуть Nick Cave and the Bad Seeds после 20-летнего союза, чтобы уделять больше времени Einstürzende Neubauten. Музыканты расстались друзьями. Во время записи двойного альбома Abattoir Blues/The Lyre of Orpheus место Баргельда занял гитарист и органист Джеймс Джонстон из группы Gallon Drunk. Abattoir Blues/The Lyre of Orpheus задумывался как два отдельных альбома, однако вышли они вместе. Первая часть содержит более агрессивные композиции, вторая — напротив, лирические баллады. В 2005 году вышел трёх-дисковый сборник B-Sides & Rarities, обьеденивший песни с би-сайдов к синглам, а также редкий, не издававшийся прежде материал.