Диск Stupid Dream сопровождался глобальными гастролями, в течение которых коллектив изъездил не только почти всю Европу, но и побывал в США. Несколько месяцев спустя группа уже была готова записать новый альбом, посвященный смене тысячелетия, который был готов к февралю 2000 года. Сделав струнные аранжировки, Porcupine Tree на новой пластинке под названием Lightbulb Sun показала всем смесь песен и роковой энергетики альбома Stupid Dream, но в более органичной и мощной форме с еще более уверенным звуком.

Альбом был выпущен в мае 2000 года, а затем начался небольшой концертный тур по Британии, продолженный на следующий год выступлением на нескольких европейских фестивалях и большим совместным туром с Dream Theater, у которых они выступали на разогреве. Группа продолжала гастролировать вплоть до начала 2001 года, впервые посетив с крупным турне Германию. Там же, а также в Израиле вышло специальное двух-дисковое издание альбома Lightbulb Sun, а в мае того же года появился диск Recordings — компиляция, в которую вошли синглы и избранные вещи с двух предыдущих альбомов.

На следующий год, в феврале 2002 в Porcupine Tree произошла первая смена состава — группу покинул после 8-ми лет сотрудничества барабанщик Крис Мейтленд. Заменить его музыканты пригласили отличного барабанщика Гейвина Харрисона. Тем временем начались сессии для новой пластинки, в течение которых было записано примерно 30 новых песен.

Долгожданный альбом In Absentia был выпущен на Lava records в сентябре 2002 года (в Европе — в январе следующего года). Это была наиболее завершенная и законченная работа в дискографии Porcupine Tree, и, хотя некоторые композиции звучали тяжелее и жестче чем обычно, в общих чертах музыка стала утонченнее и красивей. Альбом стал бестселлером, попал в чарты многих европейских стран, а уровень продаж скоро перекрыл 100 тысяч копий.

В поддержку альбома, группа устроила гастроли по Европе и Северной Америке. Во время турне состав группы был расширен за счет появления в нем вокалиста/гитариста Джона Уэсли.

В 2003 году Porcupine Tree организовали свой небольшой лейбл Тransmission и он-лайн магазин, первыми пунктами каталога стали концертные записи для радио XM в Вашингтоне. Главной целью этого лейбла стал выпуск хорошо оформленных, качественных концертных выступлений и эксклюзивных студийных записей. В 2003 году также тачалась длительная кампания по перевыпуску на двойных CD ранних альбомов группы.

В начале 2004 года Porcupine Tree начали записывать новую пластинку Deadwing. Сессии для альбома закончились в ноябре 2004 года, а общее число продаж дисков группы к тому времени превысило пол-миллиона экземпляров.

Новый альбом Deadwing был запланирован к выходу весной 2005 года как в Европе, так и в США, одновременно с версией 5.1 и синглами Shallow и Lazarus в Европе.

Deadwing — альбом с большим потенциалом, ориентированный на современный мейнстрим рок-музыки. Одни считают что это лучший альбом за всю историю, другие же относят его к некому желанию группы стать более популярной.

За выходом альбома последовал мировой тур, два концерта которого, прошедшие 11 и 12 октября 2005 года в Чикаго, стали основой для первого официального концертного DVD группы, Arriving Somewhere…, релиз которого состоялся в 2006 году.

Предпоследний альбом Fear of a Blank Planet, был выпущен в 2007 г. Стивен Уилсон упомянул, что название альбома является прямой ссылкой на альбом группы Public Enemy 1990 года Fear of a Black Planet. Он объяснил, что расовые отношения были главной проблемой того времени, и что в настоящее время он считает «проблему информационных технологий главной проблемой ХХI века». Альбом вызвал неоднозначное чувство у слушателей. Многие его обвиняют в простоте лирики и ухода от привычных тем. Другие же отмечают многоплановость композиций, сильную музыкальную составляющую альбома, на котором присутствуют и простая попсовая песня Fear Of A Blank Planet, и комплексная и монументальная Anesthetize, которую многие слушатели считают лучшей на альбоме, а также лирические и сентиментальные, как Sentimental и My Ashes.