Первый клип группы был снят на песню «Пасха». Эта песня был впервые исполнена в 1988 году на выступлении группы на VII фестивале Ленинградского рок-клуба. Вскоре эта песня была записана Николаем Корзининым и Никитой Зайцевым (в незаконченном альбоме их проекта «Неприкосновенный запас»), и на неё был снят клип режиссёром Олегом Агафоновым. Вскоре после Августовского путча ГКЧП в 1991 году Олегом Агафоновым была снята передача, в которой Владимир Рекшан под аккомпанемент музыкантов групп «НЭП» и «Мифы» исполняет песню «Прощай, Империя!». В 1993 году в актовом зале Мухинского училища Олег Агафонов снимает клип на песню «Дура». Клип на песню «Лирика капитализма» был снят в 1996 году. Также у группы есть клип на песню «Невский проспект».

В 1993 году музыканты в составе: Владимир Рекшан (вокал, гармошка), Николай Корзинин (барабаны, вокал), Сергей Степанов (гитара), Василий Соколов (бас), Сергей Рудашевский (клавиши) делают первую студийную запись группы — «Коллекционный альбом '69-'94», в который вошли как старые хиты группы, так и несколько новых. Запись происходила с марта по май, а выпущен диск был в 1994 году. В конце 1994 года Сергей Рудашевский и Сергей Степанов уходят и собирают свою группу «Jet Fighters», позже — «Jack Daniels». В мае 1995 года умирает бывший гитарист группы Вячеслав Евтеев. После небольшого затишья летом 1996 года Владимир Рекшан, Николай Корзинин, Николай Богданов, Евгений Волощук, Стас Веденин, Сергей Болотников, а также некоторые сессионные музыканты (например, Дюша Романов) вновь собираются и записывают альбом «Лирика капитализма», состоящий преимущественно из песен 1980 — 1990-х годов. Также было решено восстановить (заново зписать) на студии «АнТроп» музыкальные архивы группы, которых оказалось 5 альбомов. Один из них был издан в 1997 году и получил название «Классика». В него вошли песни, исполнявшиеся в начале 1970-х: программа оказалась записанной на студии спустя более четверти века. В записи принимали участие: Владимир Рекшан (вокал), Николай Корзинин (вокал, барабаны), Никита Зайцев (гитары, скрипка), Евгений Волощук (бас, звук), Юрий Задоров (клавиши). Также в 1997 году выходит альбом «Революция», состоящий преимущественно из старых песен соответствующей тематики. Песни изначально подбирались для гастролей в США перед русскоязычной публикой, но поездка не состоялась. К концу 1990-х группа возобновляет активную концертную деятельность.

2000-е. Современный «Санкт-Петербург»

28 июля 2000 года «Санкт-Петербург» выступает на концерте, посвящённом дню рождения уже покойного Дюши Романова в акустическом составе: Владимир Рекшан (гитара, вокал), Никита Зайцев (скрипка), Евгений Волощук (бас). Этот концерт стал одним из последних для Никиты Зайцева, умершего 23 августа от комы печени. В октябре 2000 года группа в составе: Владимир Рекшан (ритм-гитара, вокал), Евгений Волощук (бас), Николай Корзинин (барбаны), Александр Ляпин (соло-гитара) выступает в ДС «Юбилейный» на концерте, посвящённом 20-летию Ленинградского рок-клуба. Летом 2001 года в группу возвращается гитарист Николай Богданов. На РТР выходит фильм «Революция Любви» с сюжетом про группу «Санкт-Петербург». В 2002 году у группы появляется свой сайт в Интернете.

Группа выступает на ежегодных фестивалях «Окна открой!», на концерте в СКК «Петербургский» в честь дня рождения арт-центра «Пушкинская, 10», на ежегодном международном фестивале Сергея Курёхина SKIF. В 2003 году выходят CD-версия альбома «Революция», альбом «Живьём!» с архивными записями выступлений с VI фестиваля Ленинградского рок-клуба (1988 год), концерта, посвящённого дню рождения Дюши Романова (2000 год) и студийной версией песни «Росток-блюз», альбом «Трезвость» (второе название — «Serenity prayer» — «Молитва о душевном покое»). В 2004 году выходит диск «Хвост и Рекшан на Мормартре» с записью квартирника с Алексеем Хвостенко, проходившего во Франции. На CD-приложении «Meilleur rock ruse a paris» к журналу на французском языке «Русская мысль» («La Pensêe Russe») тиражом 10 000 экземпляров выходят песни группы «Санкт-Петербург» (вместе с песнями Алексея Хвостенко, Вячеслава Бутусова, групп «ДДТ» и «Аквариум»). Этот диск оказался самым крупнотиражным сборником русского рока, издававшимся за пределами России. 5 июня 2005 года после продолжительной болезни от рассеянного склероза умирает басист «золотого» состава группы Виктор Ковалёв, а в ноябре 2006 — бывший барабанщик Николай Зарубин. В 2005 году в группу приходит клавишница и бэк-вокалистка Людмила Горькова. В 2006 году группа выступает в Париже на Всемирном дне музыки в составе: Владимир Рекшан (вокал), Николай Богданов (гитара), Илья Ивахнов (барабаны), Александр Гурцев (бас). В апреле 2008 года Владимир Рекшан получает премию журнала Fuzz в номинации «Легенда рока». Весной 2009 года в Нью-Йорке умирает бывший гитарист группы Андрей Мерчанский.