В 1989 году из «Секрета» уходит Максим Леонидов (в 1990—1994 годах проживавший в Израиле), и до 1996 года группа выступает как трио. Некоторое время успех сопутствует группе, благодаря некоторому количеству внеальбомных вещей «золотого» периода, выпущенных на сборнике Секрет 85—89 («Арина-Балерина» и пр.) и постоянному присутствию Николая Фоменко на телевидении. Новые же выпуски группы, альбомы Оркестр в Пути (1991) и Не Переживай (1994), сделанные в стилистике джаз-рока, оказались неровными. После выхода альбома Blues de Moscou (1996) Фоменко окончательно концентрируется на кино и театре и покидает группу. Андрей Заблудовский и Алексей Мурашов организуют коллектив «Секрет-5», который в 1998 году преобразуется в «Секрет-99» под руководством Заблудовского.

В 1997 году «Секрет» дает в оригинальном составе пять концертов в Театре эстрады в Москве и мюзик-холле Санкт-Петербурга, в 1999 году выступает на стадионе «Петровский» в Санкт-Петербурге, в 2003 году с успехом проводит серию выступлений в честь 20-летия группы в Кремле и БКЗ «Октябрьский». Специально к юбилею бит-квартет «Секрет» впервые за многие годы записал новую песню «Ничего не исчезает», написанную Максимом Леонидовым. После чего был выпущен трибьют-альбом Секретные материалы, состоящий из кавер-версий, выполненных ведущими рок-исполнителями страны. В рамках тура состоялись концерты в Санкт-Петербурге и Киеве. 30 октября 2007 года «Секрет» вновь объединился, дав концерт в питерском БКЗ «Октябрьский». Исполнителям в этом концерте помогала группа Максима Леонидова Hippoband. Обещанные концерты в честь 25-летия группы в 2008 году не состоялись.

13 февраля 2012 года в БКЗ «Октябрьский» (Санкт-Петербург) и 17 февраля 2012 года в новом московском Театре мюзикла группа в оригинальном составе выступила на юбилейных вечерах Максима Леонидова.

В начале 2013 года бит-квартет «Секрет» в полном составе снова собрался в студии для записи нового материала. 15 марта в радиоэфире и Интернете состоялась премьера новой песни «Всё это и есть любовь». Это первая композиция авторского тандема Леонидов — Фоменко со времени распада бит-квартета в 1989 году. Ещё четыре песни — «Самолёты — Поезда» (М.Леонидов — Н.Фоменко), «Серенада» (А.Заблудовский — М.Леонидов), «Двое» (А.Мурашов) и «Забирай моё сердце» (М.Леонидов — Н.Фоменко) были представлены публике чуть позже.

26 апреля состоялся релиз макси-сингла «Секрет 30», в который вошли пять новых песен коллектива + акустическая версия песни «Всё это и есть любовь».

В апреле 2013 г. в Crocus City Hall в Москве (26-го и 28-го), в Ледовом дворце в Санкт-Петербурге (27-го), а также в Минске и Киеве состоялись концерты бит-квартета «Секрет», посвящённые 30-летию группы.

По заявлениям участников группы в прессе, существует вероятность того, что юбилейный тур продолжится осенью 2013 года.

В 2013 выступили на рок-фестивале «Нашествие», со старым репертуаром.

Состав

Классический состав

• Максим Леонидов — вокал, ритм-гитара, клавишные, музыка, тексты (1983—1990, 1997, 1999, 2003, 2007, 2012, 2013—наши дни)
• Николай Фоменко — вокал, бас-гитара, ритм-гитара, музыка, тексты (1983—1996, 1997, 1999, 2003, 2007, 2010—наши дни)
• Андрей Заблудовский — вокал, соло-гитара, скрипка (1983—наши дни)
• Алексей Мурашов — вокал, ударные (1983—1998, 1999, 2003, 2007, 2010—наши дни)

Сессионные музыканты

• Михаил Паклин — клавишные

Бывшие участники

• Дмитрий Рубин — соло-гитара, вокал (1983)

Дискография

Номерные альбомы и синглы

• 1984 — Ты и я
• 1987 — Секрет
• 1988 — Сердце северных гор
• 1989 — Ленинградское время
• 1991 — Оркестр в пути
• 1994 — Не переживай
• 1996 — Blues de Moscou
• 1997 — Пять
• 2013 — Секрет 30

Официальные компиляции и переиздания

• 1994 — Бит-квартет Секрет
• 1997 — The Best
• 2001 — Блюз бродячих собак
• 2003 — Секретные материалы
• 2003 — 20 лет