Чтобы закрепить успех она выпускает следующий диск 29 сентября 1998 — ¿Dónde Están Los Ladrones? («Где воры?»). Из этого альбома были и остаются популярными многие песни. В 1999 году за песни Ojos Asi и Octavo Dia получает награды «Грэмми». Клипы на песни Ciega.Sordomuda и Tu находились на вершине популярности в испаноязычных странах. Свою первую песню на английском языке Inevitable Шакира исполнила на знаменитом шоу Рози О’Доннелл 28 января 1999 года, песня была чрезвычайно популярна. В этом же 1999 году Шакира решает организовать живой акустический концерт MTV Unplugged. В 2000 году, выпустив клипы на песни Ojos Asi и No Creo, Шакира отправляется во второе мини турне под названием Tour Anfibio с 19 марта 2000 — по 13 мая 2000.

В 2001 году Шакира выпускает полностью англоязычный альбом Laundry Service и перекрашивает волосы в светлый тон. Мирового признания Шакира добилась в 2001 году благодаря хиту Whenever, Wherever. После выпуска альбома в 2002 году Шакира отправляется в грандиозный тур «Мангуста», на её концертах побывают свыше миллиона человек, впоследствии в 2004 году выходит CD/DVD этого тура Live & off the Record. Также в 2004 году вышел живой клип Poem to a Horse.

В 2005 году выходит в свет очередной студийный альбом на испанском Fijación Oral Vol. 1. Ближе к осени Шакира выпускает клип на песню No, клип ротируется исключительно в испаноязычных странах.

В ноябре 2005 выходит диск Oral Fixation Vol. 2 на английском языке. В июне Шакира отправляется в очередное турне Oral Fixation Tour, на её концертах по всему миру окажутся свыше 2 300 000 человек, она дала 150 концертов в 100 городах 37 странах мира. В 2007 году дуэт Шакиры и Бейонсе с песней Вeautiful Liar получает награду на MTV VMA 2007. В конце года Шакира написала две песни, которые вошли в саундтрек к фильму «Любовь во время холеры». На одну из них был снят клип Hay Аmores. В мае 2008 года Шакира принимает участие в благотворительном концерте Alas в Аргентине, она исполнила песню Lа Mаza вместе с известной певицей Мерседес Соса, также Шакира исполнила песни в дуэте с Густаво Серати и Карлосом Вивес.

После долгого молчания, в октябре 2009 года, певица выпустила альбом She Wolf. Испаноязычная версия под названием Loba («Волчица») появилась в эфире радиостанций 29 июня. Песня отличается от предшествовавшего творчества певицы электронно-танцевальным звучанием. В интервью одной из зарубежных радиостанций относительно музыкального стиля Шакира объяснила, что в записи нового альбома она продолжила смешивать музыку различных стран — индийскую, музыку Колумбии и др. Также певица рассказала, что в альбоме будет 10 песен — семь на английском и три на испанском языке.

В октябре 2010 года Шакира выпустила свой седьмой студийный альбом Sale el sol, большинство песен которого на испанском языке, но англоязычные песни присутствуют на пластинке. В альбоме много баллад и любимой музыки в стиле певицы. В альбом вошел сингл Waka Waka (This Time For Africa & Esto Es Africa), который записан совместно с Freshlyground для FIFA World Cup Song 2010. Первым синглом стала Loca («Сумасшедшая»), которая имеет хороший успех и энергичный темп. Англоязычная версия песни записана при участии Dizzee Rascal. Шакира выступила на MTV EMA 2010 в Мадриде с песнями Waka Waka и Loca. Также на церемонии MTV певица была награждена за строительство школ в Колумбии и Гаити и за благотворительность. Начало мирового концертного тура певицы под названием The Sun Comes Out, которое она начала 15 сентября 2010 года в Монреале, Канада. Тур продлился до 2011 года. Вторым синглом стала песня одноимённая с названием альбома Sale El Sol. Клип этой песни был снят при поддержке производителя шампанского. А 18 апреля 2011 года стал известен третий сингл Rabiosa. Песня записана при участии Pitbull и в испанской версии с El Cata. Следующий сингл, Addicted To You, вышел в марте 2012 года. Успех альбома принёс Шакире 13 номинаций Billboard de la Musica Latina, а впоследствии — 6 наград этой престижной музыкальной премии.