Slayer отправилась в мировое турне в 1995 году, открывающими группами на их концертах были Biohazard и Machine Head. По итогам гастролей была выпущена концертная видеозапись под названием Live Intrusion, на которой присутствовала кавер-версия песни «Witching Hour» группы Venom, исполненная Slayer вместе с Machine Head. Но в то же время отношения между Slayer и Machine Head сильно испортились, по той причине, что Керри Кинг выразил крайнее недовольство их вторым альбомом, что Робб Флинн, вокалист Machine Head, расценил как личное оскорбление. После турне Slayer участвовали в фестивале Monsters of Rock, где главным исполнителем была группа Metallica.

Undisputed Attitude (1996—1997)

В следующем году Slayer выпустили пластинку Undisputed Attitude, сборник кавер-версий панковых песен. Музыканты представили композиции таких классических панк-рок-групп как Minor Threat, G.B.H., Suicidal Tendencies, T.S.O.L., D.R.I., D.I., Verbal Abuse, Dr. Know и The Stooges, что, по словам Керри Кинга, было ответом на растущую популярность таких групп как Green Day и The Offspring, «которые в то время всеми расценивались как панк-группы. У них был панковский темперамент, но они не были грёбаными панк-музыкантами». Другой причиной записи альбома кавер-версий стала моральная усталость Пола Бостафа: «Неизвестно, как много времени мог занять поиск нового барабанщика, так что мы решили сделать альбом кавер-версий». На альбоме также была представлена одна оригинальная песня Slayer — «Gemini».

Пол Бостаф ушёл из группы вскоре после выпуска альбома и стал работать над своим собственным проектом The Truth about Seafood. На место Бостафа музыканты Slayer взяли барабанщика группы Testament Джона Детте, и в 1996 году они возглавили фестиваль Ozzfest наряду с Оззи Озборном, Danzig, Biohazard, Sepultura и Fear Factory.

Детте выгнали из Slayer через год из-за конфликта с другими участниками коллектива, на его место вновь был приглашён Пол Бостаф, который вернулся в группу в начале 1997 года для продолжения турне.

В 1996 году против группы родителями 15-летней Elyse Pahler был начат судебный процесс: они обвинили группу в подстрекательстве убийц их дочери к преступлению посредством текстов песен. Элиз нанесли удары ножом, задушили, а затем совокупились с трупом (как жертвоприношением Сатане) трое фанатов Slayer, полагающих, что жертва прибавит им достаточно безумия, чтобы выйти на профессиональный уровень с их собственной группой Hatred. Суд постановил, что «ни одно из развратных преступлений, совершённых в отношении Элиз Мари Палер, не было бы совершено без намеренной маркетинговой стратегии дэт-метал-группы Slayer».

Дело было закрыто в 2001 году по нескольким причинам, включая принцип свободы слова. Родители Элиз второй раз подали в суд на Slayer и их лейбл, но это дело также было прекращено. Судья Джеффри Бёрк (E. Jeffrey Burke) заявил: «Я не считаю музыку Slayer обсценной, непристойной или вредной для несовершеннолетних».

Diabolus in Musica (1998—2000)

Альбом Diabolus in Musica (Дьявол в музыке) был выпущен в 1998 году и дебютировал на 31 позиции в чарте Billboard 200.

Продажи составили более 46 000 копий.

Альбом получил разноречивую критику: негативно были приняты в первую очередь ню-металические элементы в музыке (к примеру, опущенный строй гитар и подзвучка барабанов). Критик New York Time Бен Ратлифф (Ben Ratliff) заметил, что «восемь из одиннадцати песен из Diabolus in Musica, немногие из которых игрались на концертах, написаны в одинаковом мрачном ключе».