В этот период Деннис Уилсон через уличных девушек познакомился с эксцентричным музыкантом Чарльзом Мэнсоном. Спустя некоторое время Мэнсон и его «семья» въехали в особняк Уилсона. Вскоре Мэнсон записал свой альбом в студии Брайана Уилсона, — он надеялся, что Брайан поможет ему со связями в музыкальных кругах. В сотрудничестве с Деннисом была написана песня «Never Learn Not To Love», которая была записана The Beach Boys и включена в следующий альбом «20/20». Однако нередкие угрозы Мэнсона, бесцеремонность его окружения и большие расходы на их содержание вынудили Денниса Уилсона в августе переехать в другой город. Через год Мэнсон был осуждён как организатор массовых убийств в Голливуде.

Всё лето и осень проходили записи альбома «20/20» — 20-й долгоиграющей пластинки в дискографии ансамбля. «20/20» вышел 10 февраля 1969 года и занял 68-е место. Из альбомных синглов только «Do It Again» (июль 1968) и «I Can Hear Music» (март 1969) пользовались относительным успехом. После выхода «20/20» The Beach Boys по предложению Джардина перезаписали включённую в альбом кавер-версию Ледбелли «Cotton Fields». Выйдя в апреле 1970 года на сингле, «Cotton Fields» пользовалась большой популярностью зарубежом (Великобритания, Австралия, Норвегия, Швеция и др.), однако в США сингл даже не попал в «горячую сотню» журнала «Биллборд».

С 30 мая по 30 июня 1969 года прошли гастроли по Европе (Великобритания, Нидерланды, Франция, Венгрия, ФРГ, ЧССР, Финляндия, Бельгия). В Чехословакии, помимо концертов в Праге и Брно, The Beach Boys выступили на Братиславском песенном фестивале, который транслировался через Евровидение. В это время контракт The Beach Boys с Capitol Records подходил к концу. Группа была рада избавится от опеки лейбла, который — по мнению Майка Лава — провалил раскрутку нового имиджа и музыки The Beach Boys после «Pet Sounds»: «В ’68 или ’69, они продолжали рекламировать нас как сёрф-группу номер один. Вот как это соотносилось с эпохой после „Good Vibrations“… Вьетнама и всего прочего?» При постоянных неудачах коллектива лейбл и сам не был заинтересован в продолжении сотрудничества. После выхода «20/20», группа была должна Capitol Records ещё один альбом, однако записи нового альбома было решено передать другой компании звукозаписи, — 18 ноября 1969 года The Beach Boys заключили контракт с Reprise Records (подразделение Warner Bros. Records) после того, как, к удивлению группы, их отвергли такие компании как CBS, MGM, Polydor и Deutsche Grammophon. По условиям контракта Брайан Уилсон был обязан принимать участие в записях альбомов. Reprise Records было отведено место дистрибьюторов и промоутеров, в то время как права на музыкальный материал отныне принадлежали Brother Records — лейблу, основанными членами The Beach Boys ещё в 1967 году. Чтобы окончательно выполнить свои контрактные обязательства перед Capitol Records, The Beach Boys согласились на выход концертного альбома «Live in London»; пластинка вышла в мае 1970 года только в Великобритании, так как по мнению лейбла в США у группы шансов на успех больше не было. Первым альбомом для Reprise Records стал «Sunflower», вышедший 31 августа 1970 года и полностью провалившийся (151-е место), несмотря положительные рецензии в прессе. Из 4 синглов только первый — «Add Some Music to Your Day» (февраль 1970) — попал в хит-парад, дойдя до 64-го места.

Смена имиджа (1970—1973)

Члены группы были в замешательстве относительно провала «Sunflower» и своего дальнейшего пути. Несмотря на позитивный настрой их менеджера Фреда Вейла, «в себя, — по его словам, — The Beach Boys уже не верили». Именно в этот момент в круге коллектива появился диск-жокей Джек Рили, у которого было чёткое видение нового имиджа группы. Его идеи увлекли группу, и в скором времени Рили стал новым менеджером ансамбля. Рили считал, что наследие подросткового сёрф-рока вкупе со слабыми новыми альбомами портило имидж The Beach Boys в эпоху социальных перемен. Первым делом, он запретил рубашки в полоску и единообразные костюмы, неуместные, по его мнению, в новом десятилетии; затем он объявил, что лидером ансамбля должен стать Карл Уилсон; главным же условием перемен Рили объявил написание социально-ориентированных композиций, вместо обычных любовных поп-песен. Новый менеджер также решил изменить формат концертной деятетельности.