Атмосфера в группе накалялась из-за Йоко Оно, которая присутствовала на каждой сессии группы и раздражала всех её членов своим поведением. Немногим позволялось отпускать вслух едкие комментарии в студии Эбби Роуд, когда там записывались The Beatles. «Revolution 9» была сочинена и исполнена Джоном, Йоко и Джорджем. Самая длинная композиция группы (8:22) состояла из разрозненных шумов и обрывков разговоров и мелодий. Пол отнёсся к этому авангарду крайне отрицательно, но в альбом она всё же вошла. Альбом The Beatles остался самым продаваемый (в США) альбомом The Beatles в их истории.

Распад (1969—1970)

Публика ещё не была в курсе всех деталей и проблем группы, но распад квартета уже начался. Моральный климат внутри группы не способствовал совместному творчеству. Джон и Джордж уже выпустили сольные пластинки и в рамках одного коллектива им становилось всё более тесно. К этому моменту все четверо членов группы были уже семейными людьми и ощущали потребность проводить больше времени с супругой и детьми. Все эти нюансы постепенно вели к распаду. В конце 1968 года Пол, чувствуя центробежные настроения, выступил с инициативой возобновить «живые» концерты группы. Музыка, которая объединила в своё время четвёрку, могла возродить былую атмосферу творчества и единомыслия. Джон, Джордж и Ринго не поддержали идею, но, по крайней мере, договорились продолжить совместные репетиции в новом году. В феврале 1969 года менеджером группы стал Аллен Клейн, до того успевший поработать с Rolling Stones. В финансовом смысле дела Apple шли очень плохо и компании требовался грамотный управляющий. Было начато несколько проектов, но все они были не завершены и не приносили ничего, кроме убытков. Маккартни считал, что наиболее достойным кандидатом на пост управляющего был бы отец его будущей жены Линды — Ли Истмен (en). Леннон был против. В итоге было инициировано судебное разбирательство, в ходе которого Пол предъявил иск Клейну и троим другим членам группы.

Работа над очередным альбомом Get Back была заброшена. Планировалось выпустить диск, снять фильм и издать книгу — всё это были попытки Пола оживить группу. Было же выпущено лишь несколько синглов с наиболее удачными песнями. В январе 1969 года в здании Apple Studios прошли сессии звукозаписи и были сняты киноматериалы записи альбома с рабочим названием Get Back. В ходе сессий было записано большое количество материала, в том числе практически все композиции для следующего альбома Abbey Road и отдельные треки для будущих сольных альбомов Маккартни. Однако, в большинстве своём, записи были не лучшего качества. Музыканты играли вполсилы. Как вспоминал Джон «худшая работа всех времён» (the low of all-time). Нормальные взаимоотношения осложнялась трениями внутри коллектива и отсутствием современного оборудования в новой студии. Закончилось всё 30 января импровизированным 40-минутным концертом, который группа дала на крыше здания студии. Благодарю вас от имени группы и каждого из нас. Надеюсь, мы прошли прослушивание. Эти слова Леннона, обращённые к жителям близлежащих домов, стали последними словами на последней композиции диска Let it be, который вышел только через 15 месяцев. Подготовленные в ходе работы видео и звуковые материалы остались в полном беспорядке.

В июле-августе 1969 года был записан альбом Abbey Road — последнее творение группы, последняя продюсерская работа Джорджа Мартина и первый альбом полностью записанный в стерео. Произошло то, что биограф группы Льюисон назвал счастливым стечением обстоятельств. Забыв о распрях, четвёрка собралась снова и за два месяца записала альбом, который критика признаёт наиболее законченным в смысле единого по смыслу произведения (наряду с Sgt. Pepper’s Lonely Hearts Club Band). Особняком стоит 15-минутная музыкальная «эстафета» из перетекающих одна в другую песен, написанных Полом и Джоном, на второй стороне диска. Критики также отметили две композиции Джорджа Харрисона «Here Comes the Sun» и «Something», достойно представляющие его как композитора, не уступающего по классу дуэту Леннон — Маккартни. Заключительной песней, которую The Beatles записали все вместе (это было 20 августа), стала «I Want You (She’s So Heavy)».