Следующий лонгплей, By Your Side, содержал несколько хитов, таких как «Kickin' My Heart Around» и «Go Faster», но все же этого было не достаточно для того, чтобы возобновить былой интерес к группе. Спустя время группой заинтересовался легендарный гитарист Led Zeppelin Джимми Пейдж, который предложил Crowes сыграть с ним несколько совместных концертов, что в итоге было увековечено на двойном альбоме «Live At The Greek». Live-альбом включал в себя песни из обоймы Led Zeppelin, а также каверы классических блюзов.

После этого последовал релиз, под названием Lions, так же не принёсший особого ажиотажа. В группе все чаще имели место конфликты и в 2002-м Black Crowes заявили о своём распаде.

Затишье и воссоединение: 2002—2005

После распада группы, вокалист Крис Робинсон заявил о начале сольной карьеры, что вылилось в два альбома New Earth Mud в 2002 и This Magnificent Distance в 2004. Оба альбома сопровождали туры в поддержку оных релизов.

Живой альбом, записанный на двух концертах в «Boston Orpheum Theatre», вышел в августе 2002.

В 2004, Рич Робинсон собрал группу, под названием Hookah Brown, перед тем, как выпустить сольный альбом Paper. В поддержку Paper был организован тур.

Возрождение Black Crowes произошло в 2005-м, когда братья Робинсоны, воссоединившись с Марком Фордом, Эдди Харшем, Свеном Пайпьеном и Стивом Гормэном, снова начали давать концерты.

Изменения и новый успех: 2006-2009

Осенью 2006 группа попрощалась с Эдди Харшем и Марком Фордом. Их заменой стали Роб Клорс и Пол Стэйси, соответственно. В августе 2007 группа представила нового клавишника Адама МакДоугла, который заменил Клорса. Кроме того, The Crowes пригласили гитариста Лютера Дикинсона из North Mississippi Allstars, для участия в записи Warpaint. Дикинсон официально занял должность гитариста, заменив Пола Стэйси, в ноябре 2007.

10 июля 2007 вышел концертный альбом Live at the Roxy (состоящий из акустических сэтов Братьев Робинсонов). Альбом содержал старые и новые хиты The Black Crowes, в перемешку с каверами.

Группа презентовала песню «Goodbye Daughters of the Revolution» как основной, главный сингл грядущего альбома. Warpaint был выпущен 4-го марта 2008-года, на собственном независимом лейбле Silver Arrow Records. Warpaint привлёк внимание прессы и занял пятую строчку в чартах журнала Billboard. Альбом был назван лучшей работой группы со времён The Southern Harmony and Musical Companion (второго альбома группы). The Crowes начали международный тур 24 марта с выступления на «East Coast Blues & Roots Music Festival» в Австралии. Группа продолжила выступления по Австралии и Новой Зеландии, впервые с 1992 года, до 5 апреля, перед отъездом в Европу. Тур по Америке начался в мае и закончился в декабре концертами на концертной площадке «The Fillmore» в Сан-Франциско.

После окончания тура, группа заявила, что следующая их работа будет записана перед публикой в Levon Helm’s Barn в Вудстоке, в Нью-Йорке (a.k.a. Levon Helm Studios), в течение пяти ночей в феврале и марте 2009. Рекорд-сессии были названы «Cabin Fever Winter 2009». Группа исполнила около 30 песен нового материала и несколько каверов. Новый материал будет выпущен двойным альбомом, сопровождённым DVD версией. В апреле 2009, Рич Робинсон заявил в радиоинтервью, что новый альбом будет выпущен где-то в сентябре 2009 и что, вполне вероятно, за его выходом последует новый тур.

28 апреля 2009 The Black Crowes выпускают двух-дисковый концертный альбом Warpaint Live, выпущенный на лейбле Eagle Rock Entertainment. Первый диск состоит полностью из песен Warpaint, записанных в живую. Второй же диск состоит из кавер-версий. Вся запись была сделана 20 марта 2008 года, в «Wiltern Theater» в Лос Анджелесе. DVD версия была выпущена 30 июня 2009.