В 1990 году Андерс (совместно с SBK Music Publishing) создаёт собственное музыкальное издательство «Thomas Anders Music», которое в январе 2000 года при участии двух партнёров Томаса Кристиана Геллера и Гидо Карпа преобразовывается в музыкальное издательство KA.G.B Music GmbH, сотрудничающее с Sony/ATV Music Publishing (Germany) GmbH.

В 1991 году в Лондоне Андерс вместе с продюсерами Полом Магглетоном (Paul Muggleton) и Майком Паксманом (Mike Paxman), известными по работе с Nick Kamen, приступил к работе над вторым альбомом «Whispers», который был издан в Германии, Франции, Тайване, Корее, Южной Африке и др. странах. Бэк-вокальные партии на альбоме были исполнены английской певицей Джуди Тцуке (Judie Tzuke). Первый сингл с этого альбома, «The Sweet Hello, The Sad Goodbye», был подарен Андерсу дуэтом Roxette; второй сингл, «Can’t Give You Anything (But My Love)», был записан и на английском, и на испанском языках.

В 1992 году Андерс перешёл на звукозаписывающую компанию Polydor (ныне Universal) и записал в США альбом «Down On Sunset» с известными продюсерами — Christian de Walden (Аманда Лир) и Ralf Stemmann (Рикки Мартин). Одну из песен, вошедших в альбом, Томас спел дуэтом с Гленном Медейросом (Glenn Medeiros), известным своим кавером на «Nothing’s Gonna Change My Love For You».

В 1993 году Андерс приобрел новый опыт, сыграв роль в шведском фильме «Стокгольмский марафон». Он также написал заглавную песню для этого фильма.

Для следующего альбома менеджер представил Томасу популярнейший хит семидесятых «When Will I See You Again» от The Three Degrees. Эта песня и возглавила новый альбом, дав ему свое имя. Музыканты решили пригласить её оригинальных исполнителей. Таким образом, к двадцатой годовщине песни Томас Андерс заново исполнил хит «When Will I See You Again» вместе с The Three Degrees. Этот краткосрочный проект перерос в дальнейшее сотрудничество. Томас дал группе новое начало, написав несколько песен для их альбома «Out The Past Into The Future», снискавшего большую популярность.

В 1994 году Андерс выпустил в США альбом «Barcos de cristal» на испанском языке, предназначавшийся для латиноамериканского рынка. В Аргентине альбом занял верхнюю строчку хит-парада; Томас также написал заглавную песню для аргентинского телесериала и композицию «Tal Vez» для Марты Санчез (Marta Sánchez), ставшую хитом номер один в Мексике.

Во время работы в США Томас встретил продюсера Питера Вольфа (Peter Wolf), известного по работе с Фрэнком Заппой, и в 1995 году они записали и издали альбом «Souled», в который вошел дуэт с Pointer Sisters.

В 1996 году Томас Андерс, скрываясь под псевдонимом «Phantomas», принял участие в одноименном танцевальном проекте и вместе с продюсерами Рамоном Зенкером (Fragma), Андреасом Шнайдером (Kosmonova) и Олафом Дикманом (Aquagen), записав пару синглов: «Our House» (кавер на хит группы Madness), и «No Doubt About It».

Ещё один танцевальный проект, в котором принял участие Томас Андерс, назывался Chain Reaction. Единственный сингл «Every Word You Said» был издан в 1997 году в сотрудничестве с продюсером Акселем Брайтунгом (DJ Bobo). Несколько песен для этого проекта были написаны Дэвидом Брэндесом (E-Rotic, Bad Boys Blue), но они так и не были изданы.

После успеха «Стокгольмского марафона» Томас сыграл в немецком фильме «Фантомная боль» (Phantomschmerz) и исполнил песню для этого фильма.

Развиваясь как музыкант и творческая личность, Томас Андерс нашел для себя дополнительный стимул в творчестве, исполняя джаз. В начале 1997 года он выпустил «живой» альбом, на котором исполнил известные джазовые стандарты.