Обсуждению советской политики посвящены следующие его книги «Советский Голем» (1983 год), «Третий Рим» (1987 год), «Торговые связи между Советским Союзом и странами Ближнего Востока» (1990 год), статья «Ближневосточный конфликт и перспективы его урегулирования», журнал «Наш современник», 1990, № 6. Помимо этого он активно изучал историю еврейского вопроса в царской России и в Советском Союзе. В 1986 году в соавторстве с Маргаритой Шкловской он опубликовал собрание текстов Максима Горького о еврействе. Интерес к творчеству Горького отразился и в его последней статье «Великий еретик (Горький как религиозный мыслитель)», опубликованной в журнале «Вопросы философии» в августе 1991 года.

В годы перестройки Агурский получил возможность вновь побывать в Советском Союзе. Он приезжает в страну в 1989 году, встречается со своими прежними коллегами-оппонентами по еврейскому вопросу (Шафаревич), выступает перед различными аудиториями с собственными трактовками сионизма и национализма. На встрече в МГУ его представляет вдова Даниила Андреева Алла Александровна Андреева. Он даёт интервью советским изданиям — «Вестник еврейской советской культуры» и др.

Спустя два года он был персонально приглашён в Советский Союз в связи организацией «Конгресса соотечественников», на который прибыл 19 августа в самый разгар августовского путча. Потрясённый событиями бурной московской политической жизни, он внезапно умирает от сердечного приступа в отеле номера гостиницы «Россия» 21 августа 1991 года.

Вдова Михаила Самуиловича Агурского, Вера Фёдоровна Агурская, опубликовала в Иерусалиме после смерти мужа в 1996 году его воспоминания «Пепел Клааса».

Агурский имел дочь и сына.

Взгляды Михаила Агурского

Истолкование антисемитизма

Как пишет сам Агурский, будучи к началу 1970-х годов убеждённым сионистом, до 1973 года он не принимал активного участия в диссидентском движении.

До этого я строго придерживался еврейской дисциплины и открыто не встревал в диссидентские дела. Но тут мне стало казаться, что тактика эта начинает обнаруживать свои слабости. Сахаров всегда выступал в нашу защиту, поэтому молчать становилось аморально. Я решил, что надо публично поддержать диссидентов в части требований, касающихся прав человека. Все равно мы были связаны тысячами нитей, и вести себя иначе означало бы уподобляться страусу, прячущему голову в песок.

По мнению Михаила Болотовского, Агурский не мог быть рядовым сионистом уже в силу того, что он был тесно связан с культурой и общим духовным строем России. Это «человек, любящий Россию и не желающий ей зла даже в ответ на зло». К примеру, если у любого еврея понятие юдофоб должно было вызывать отторжение, то у Агурского оно вызывало любопытство. Для Агурского это — нонсенс, требующий осмысления. Интерес Агурского к антисемитизму подразумевал интерес в первую очередь к антисемитам-мыслителям: Достоевский, Розанов, Шафаревич и т. д. Агурский стремился разобраться в основательности многолетних предрассудков в отношении явления антисемитизма и перепроверить их.

Колебания Розанова между юдофильством и неистовым антисемитизмом Агурский интерпретирует как проявление сложного нерасчленимого понятия «дружбы-ненависти», имеющего цикличный характер. Эти колебания в той или иной мере присущи многим мыслителям-антисемитам. Есть антисемитизм бытовой, животный, как общее проявление страха и ксенофобии, но осознанного, интеллектуального антисемитизма, по мнению Агурского, быть не может, а могут быть лишь отдельные фазы «любви-вражды».