В 1857 году И. С. Аксаков путешествовал за границей, а в 1858 году принял на себя неофициальное редактирование журнала «Русская беседа», официальным редактором которого считался А. И. Кошелёв. Вокруг этого органа сплотились все лучшие славянофильские силы. И. С. Аксаков выпустил III и IV тома «Беседы» за 1858 год и шесть книжек за 1859 год. В то же время с него сняли запрещение быть редактором, и он предпринял в 1859 году издание еженедельной газеты «Парус». По замыслу издателя, «Парус» должен был служить центральным органом славянской мысли. Но этому изданию не посчастливилось: оно было прекращено по выходе только двух первых номеров, между прочим за статью М. П. Погодина по внешней политике и за стихотворения самого И. С. Аксакова. Заменивший «Парус», «Пароход», разрешением которого Чижову, одному из близких к Аксакову, хотели прекратить всеобщее недоумение, при поставленных условиях, не мог удовлетворить И. С. Аксакова и он вернулся к «Русской беседе». Смерть отца, болезнь и смерть брата надолго остановили деятельность Аксакова. Весь 1860 год, сопровождая больного брата своего Константина Сергеевича, И. С. Аксаков провел в заграничном путешествии, главным образом по славянским землям, чтобы лично познакомиться с выдающимися политическими и литературными деятелями западного и южного славянства.

В середине 1861 года он возвратился в Москву и выхлопотал разрешение издавать под своей редакцией еженедельную газету «День». Газета была разрешена ему без политического отдела и с тем условием, чтобы цензура имела особое наблюдение за этим изданием. «День» стал выходить в конце 1861 года при участии того же славянофильского кружка и сразу занял выдающееся положение, имея в первые годы до 4000 подписчиков, что по тогдашнему времени являлось цифрой очень значительной. Одна из главных причин успеха, конечно, лежала в первостепенном публицистическом таланте редактора-издателя, авторитетно обсуждавшего славянский вопрос, вопросы, связанные с крупнейшими реформами — крестьянской, судебной, земской, а также вопрос польский. Это был один из самых оживлённых периодов деятельности И. С. Аксакова: за ним упрочилась в это время слава пророка славянофильства — слава, облетевшая всю образованную Россию и Европу; имя его стало политическим знаменем. Издание «Дня» шло довольно благополучно, за исключением одного временного отстранения И. С. Аксакова от должности редактора в 1862 году за то, что он отказался открыть цензуре фамилию автора одной корреспонденции. «День» просуществовал до конца 1865.

Перерыв в журнальной деятельности И. С. Аксакова продолжался один год. С 1 января 1867 года он начал издавать новую газету «Москва». Она просуществовала по 21 октября 1868 года, то есть менее двух лет, и в течение этого короткого времени подверглась девяти предостережениям и трём приостановкам — на три, на четыре, и наконец, на шесть месяцев, то есть в приостановке «Москва» находилась тринадцать, а выходила неполных девять месяцев. Во время этих приостановок её заменял «Москвич», отличавшийся от «Москвы» только заголовком, хотя и выходивший под номинальной редакцией другого лица. Главными поводами административных гонений на «Москву» послужили статьи её против генерала А. Л. Потапова, управлявшего тогда Северо-западным краем, а также статьи против тогдашних порядков в Прибалтийском крае. Во время последней приостановки «Москвы», на шесть месяцев, тогдашний министр внутренних дел А. Е. Тимашев, вошёл в Сенат с рапортом о необходимости вовсе прекратить издание «Москвы». И. С. Аксаков на обвинительный рапорт представил объяснения; дело, как не решенное по разногласию в Сенате, перешло на рассмотрение Государственного Совета, и И. С. Аксаков был опять лишен права издавать какую бы то ни было газету; это запрещение тяготело над ним в продолжение 12 лет.

В конце 1860-х годов Аксаков женился на фрейлине А. Ф. Тютчевой, дочери известного поэта Ф. И. Тютчева. В этот период деятельность его сосредоточилась, с одной стороны, в Московском славянском комитете, а с другой — во втором Московском обществе взаимного кредита. В последнем И. С. Аксаков с 1874 года состоял председателем правления. С этим годом совпало появление в свет написанного И. С. Аксаковым биографического очерка «Ф. И. Тютчев», второе издание которого вышло в 1886 году. В Славянском же комитете, учреждённом в 1858 году, И. С. Аксаков состоял сначала, при жизни Погодина, секретарём, а после его смерти — председателем. В последней должности И. С. Аксаков прославился как оратор. Высшим пунктом ораторской деятельности его явились годы 1875—1878, когда он сделался выразителем славянских симпатий русского общества. Его кандидатура даже предлагалась некоторыми болгарскими избирательными комитетами на болгарский престол. 22 июня 1878 года он произнёс в Славянском комитете свою знаменитую речь по поводу Берлинского конгресса, порицавшую наших дипломатов, Аксаков был выслан из Москвы и провёл несколько месяцев в селе Варварино Юрьевского уезда Владимирской губернии, принадлежавшее родственнице его жены. Славянский комитет в Москве после этого был закрыт.

В декабре того же 1878 года И. С. Аксаков возвратился в Москву, но к общественной деятельности приступил, однако, не раньше конца 1880 года, когда, благодаря графу М. Т. Лорис-Меликову, ему удалось получить разрешение на издание еженедельной газеты «Русь». Последняя начала выходить 15 ноября 1880 г. и просуществовала по день смерти И. С. Аксакова, с полугодовым перерывом в 1885 году, по случаю болезни редактора. В 1883 году «Русь» была преобразована в двухнедельное издание, и два года выходила в этом преобразованном виде. В 1885 г. И. С. Аксаков вернулся к первоначальной форме еженедельника. Газета эта была его личным органом и значение ей давали, главным образом, статьи самого редактора. Среди своих главных занятий И. С. Аксаков находил время в течение нескольких лет быть товарищем председателя в православном миссионерском обществе, председателем в Московском обществе любителей российской словесности и гласным Московской думы.

Весной 1885 года, утомлённый душевно и физически, Иван Сергеевич приостановил свое издание и провёл несколько месяцев в Крыму. Он отдохнул там, но не излечился, — у него была болезнь сердца, от которой он и умер 8 февраля (27 января по старому стилю) 1886 года в Москве. Известие о кончине его произвело впечатление во всех кругах общества, как русского, так и западноевропейского. Похоронен он был под Москвой в Сергиевом Посаде на территории Свято-Троицкой Сергиевой Лавры при небывалом стечении народа.

Сочинения И. С. Аксакова были изданы его женой в 7 томах. Кроме того вышло 2 тома его переписки и собрание стихотворений.

Политические взгляды

Славянофил, «правдиво-истинный» мыслитель. Аксаков сочетал в своих воззрениях монархизм с критикой государственной власти, утверждая, что «Государство, конечно, необходимо, но не следует верить в него как в единственную цель и полнейшую норму человечества. Общественный и личный идеал человечества стоит выше всякого… государства, точно так, как совесть и внутренняя правда стоят выше закона и правды внешней».