Военная разведка

Повторно попал в армию на основании Наряда Штаба Округа за № ОМ/Х/2750 oт 06.05.1943 15 июня 1943 г. по призыву Акташским РВК Татарской АССР. 22 июня 1943 г. направлен старшим команды в г. Ижевск Удмуртской АССР, в Ленинградское Краснознамённое артиллерийское-техническое училище (ЛКАТУ), выпускавшее младших воентехников-лейтенантов, и располагавшееся в Ижевске до 1944 г. На момент призыва кандидат в члены ВКП(б) — 18 (19) лет. С конца 1943 года в войсковой разведке. Форсировал Днепр. Воевал на Северном Кавказе, участник освобождения Тамани (Новороссийско-Таманская операция), освобождения Житомира (Житомирско-Бердичевская операция), Кировоградской наступательной операции, — предположительно в составе 115-й гвардейской отдельной разведывательной роты 117-ой гвардейской стрелковой дивизии. 12 января 1944 года вторично ранен, лежал в госпитале. После освобождения Минска до сентября 1944 года в подчинении Разведуправления/Управления Контрразведки Штаба 3-го Белорусского фронта и соединениях 2-го Белорусских фронтов, награждён Орденом Отечественной войны I степени за бои июня-июля 1944 г. по освобождению Белоруссии.

Переход в СМЕРШ

В сентябре 1944 г. переходит из войсковой разведки в органы военной контрразведки, Главное управление контрразведки «Смерш» Наркомата Обороны СССР. Форсировал Вислу. Участвует в освобождении Польши, в боевых действиях в Восточной Пруссии и Германии.

Дальний Восток, СМЕРШ и 3-е Главное управление МГБ СССР

С августа 1945 года около месяца на территории Маньчжурии. В конце октября 1945-го года получил назначение на должность командира разведроты в 126-й лёгкий горно-стрелковый корпус, переброшенный из южной Германии на Чукотку. В августе 1946 года Богомолов был переведён с Чукотки на Камчатку.. По другим данным, с 22 октября 1945 г. по 8 января 1946 — подразделения военной контрразведки на Сахалине,, в числе других примерно 500 военнослужащих, переведённых в ноябре 1945 г. на территорию Южного Сахалина в органы МВД и контрразведки из Амурской области

Затем, после ранения и госпиталя — направлен на Камчатку, военная контрразведка, 3-е Главное управление МГБ СССР, где служил по 9 декабря 1948 г..

Деятельность контрразведки на Камчатке в 1947—1950 гг. описана в документальном очерке Владимира Слабуки и Натальи Шкут.

Украина и Германия

С 9 декабря 1948 г. переведён на борьбу с бандеровцами на Украину в Прикарпатский ВО, подразделения МГБ, далее в Германии. Приказом от 29 ноября 1949 года в звании лейтенант, 3 Главное управление МГБ СССР был комиссован на основании состояния здоровья, связаного с прохождени­ем военной службы.

После увольнений в запас в конце 1949 г., согласно некоторым интервью в течение 1950—1952 г. служил в аналитическом отделе ГРУ по американской оккупационной зоне в Западном Берлине.

В течение 1950—1951 гг., (более вероятно, с 1949 г.) капитан Разведуправления Штаба ГСВГ или ГШ, далее в подчинении Комитета информации при Совете Министров СССР, образованного путём слияния служб военной и внешней разведки, в Берлине. После возвращения функций военной разведки из Комитета информации в Генеральный Штаб Советской армии — в ГРУ Генштаба. В Германии был арестован, попал внутренную тюрьму МГБ во Львове, через год освобождён, срок пребывания в тюрьме по решению Военной прокуратуры зачтён как офицерский стаж, комиссован с II группой инвалидности, вышел на пенсию в 1951 или 1952 г.