По утверждению Дмитрия Галковского, Л. М. Искры, «Богучарской энциклопедии» Василий Яковлевич был масоном — членом ложи «Великий Восток народов России», куда помимо него входили Е. Д. Кускова и С. Н. Прокопович, числившийся руководителем ложи. Помимо политических связей Богучарского долгие годы объединяла дружба с публицистом и литературным критиком демократического направления Владимиром Кранихфельдом.

Редактор «Былого»

Но наибольшую известность Богучарскому принесли его исторические исследования революционных и общественных движений в России XIX века. В 1905 году выходит совместный труд Богучарского, В. И. Семевского и Щёголева «Общественные движения в России в первую половину XIX века». Том 1. Декабристы. А в конце 1905 года историк-пушкинист П. Е. Щёголев задумывает издание ежемесячного историко-революционного журнала, воспользовавшись для этого идеей непериодических сборников В. Л. Бурцева «Былое», издававшихся в Лондоне.

Было заключено соглашение с Бурцевым и с Богучарским о совместном издании журнала. Издательскую поддержку изданию предложил известный предприниматель-миллионер Н. Е. Парамонов. Поскольку участие Бурцева в делах редакции носило номинальный и случайный характер, руководство журналом осуществляли Богучарский и Щёголев. Они были знакомы давно, поскольку Щёголев был родом из Воронежа, а в 1890—1895 гг. оба жили в этом городе. Щёголев был семнадцатью годами младше Богучарского.

Журнал «Былое» начал выходить в январе 1906 года, но по мере спада революционной активности и начавшихся репрессий правительства журнал было выпускать всё сложнее. Ценой огромных усилий редакторам удалось дотянуть издание до конца 1907 года. Журнал был закрыт в октябре, вместо двух заключительных номеров журнала в ноябре и декабре 1907 года вышли два выпуска исторических сборников «Наша страна». Редакторы решают несколько реорганизовать издание в новых условиях. Наиболее острые материалы откладываются до лучших времён. Новый журнал «Минувшие годы», несмотря на все редакционные ухищрения, продержался всего один год (1908), при том, что несколько уже вышедших номеров были арестованы и уничтожены. Бурцев возобновляет заграничное издание «Былого» в Париже, а Богучарский выпускает в России исторический сборник «О минувшем». На родине издание «Былого» возобновилось стараниями Щёголева уже после смерти Богучарского летом 1917 года.

Журналы «Былое» и «Минувшие годы», сборник «О минувшем» печатали большое количество уникальных материалов и источников по истории революционного движения XIX века, мемуары революционеров, секретную переписку жандармского управления и т. д. Здесь публикуются обращения Шлиссельбургского комитета от лица бывших узников и политзаключённых за подписью Н. Ф. Анненского, В. И. Семевского и самого Богучарского. Журналы имели огромную популярность среди читателей, тираж «Былого» в 1906—1907 годах достигал 30 тыс. экз.

В конце 1908 года Богучарский принимал участие в редактировании еженедельной газеты «Правда жизни», с начала 1909 года редактирует ежедневную газету «Наша газета». Лето этого года он провёл в Финляндии, где была написана статья о «Священной дружине». После завершения статьи Богучарский отправился на отдых в Ташкент. Судебное преследование по делам «Былого» тянулось долго, пока, в конце концов, Щёголев не оказывается в Петропавловской крепости сроком на два года. Богучарский, возвратившись поздней осенью в Петербург, также арестовывается и помещается в тюрьму на месяц, после чего высылается на три года в Вологодскую губернию, единственное, что ставилось ему в вину — переписка с В. Л. Бурцевым.