В то время ещё слишком сильно было польское влияние, и имели широкое хождение идеи о том, что галицкие русины — это часть польского народа. Образованные русины активно выступали против таких идей, распространяемых поляками и полонофилами — Вацлавом Залесским, Иосифом Лозинским, Гвальбертом Павликовским и другими. Свой протест заявил и русский кружок Львовского университета. Статья Шашкевича против латинского алфавита «Азбука и Abecadlo» была напечатана в Перемышле тиражом в три тысячи экземпляров. Занимаясь «народным делом», студенты стали заметно отставать в учёбе. Головацкий и Вагилевич, поняв, что им не сдать экзамены, остались на второй год. В 1834 году Головацкий оставил Львовский университет и поступил в Кошицкую академию, где окончил первый курс, после чего перевёлся в Будапештский университет. Там он завёл знакомство со знаменитым панславистом Яном Колларом. А в 1835 году он возвратился во Львов и пошёл на второй курс философского факультета Львовского университета. За это время он успел пешком обойти Галицкую и Угорскую Русь, написал путевые заметки, которые издал в «Часописи Чешского музея» под названием «Cesta pa halické a uherské Rusi» (Путешествие по Галицкой и Угорской Руси). В 1837 году в Венгрии была издана «Русалка Днестровая», в которую вошли все материалы неудавшегося альманаха «Зоря».

Писательская, научная и издательская деятельность

В 1841 году Головацкий окончил богословский факультет Львовского университета. В этом же году он женился на Марии Андреевне Бурачинской. В 1842 году он был рукоположен во священники и получил назначение приходским сотрудником в село Микитицы. Поселившись там, он начал работу над своими литературными произведениями: «Венком русинам на обжинки», который был издан Иваном Головацким в Вене в 1846 году на средства итальянского князя Лукки и статьёй «Zustände der Russinen in Galizien», изданной в Лейпциге в 1847 году. В результате путешествия по Карпатам и изучения древних памятников он написал очерк «Великая Хорватия или Галицко-Карпатская Русь» (1847).2009 Очерк был опубликован в Вене и сделал Якова Головацкого известным. На «Соборе русских ученых» во Львове Головацкий прочитал доклад «Росправа о языце южно-русском и его наречиях», благодаря которому получил звание кандидата русского языка и литературы при Львовском университете.2009 В 1846 году Головацкий получил свой приход в селе Хмелевой и переселился туда.

В 1848 году Головацкий начал преподавательскую деятельность во Львовском университете. Он был назначен профессором украинского языка и словесности. В этом же году был напечатан его очерк «Росправа о языце южно-русском и его наречиях». С течением времени напечатаны были также некоторые из его лекций: «Три вступительные преподавания о русской словесности» (1848), «О деловом языке у нас на Руси» (1849), «Хрестоматия церковно-славянская и древнерусская» (1854), «Очерк старо-славянского баснословия» (1860), «О первом литературно-умственном движении в Галиции со времен австрийского владения» (1865). В 1858 году Головацкий стал деканом философского факультета, а в 1864 году его избрали ректором Львовского университета.

Переезд в Россию

В 1867 Яков Головацкий принял участие во Всероссийской этнографической выставке в составе славянской делегации, на которой произнёс речь о русском национально-культурном единстве и славянском объединении, что в Австро-Венгрии было воспринято как признак притязаний России на славянские земли и демонстрацию австрийскими славянами готовности принять российское подданство. Это стало началом гонений на Головацкого, причём большую роль в них играл наместник Галиции польский граф Агенор Голуховский. В результате преследований Головацкий был вынужден уехать в Россию и обосновался в Вильне в 1868 году. Устройство Головацкого в Вильне не обошлось без затруднений — новый генерал-губернатор Вильны, А. Л. Потапов возмутился тем, что «Председателем археографической комиссии назначен австрийский эмигрант и униатский каноник Головацкий». Однако впоследствии Потапов изменил своё отношение к Головацкому и стал одним из его покровителей.