Юрий Коваль любил путешествовать, особенно в глухие уголки и маленькие деревни Урала и русского Севера, где он порой жил неделями и месяцами. Автомобильные и пешие путешествия по Вологодчине и жизнь на Цыпиной горе возле Ферапонтова монастыря сформировали интерес писателя к традиционному деревенскому и особенно северному русскому быту и языку. В 1984 году Коваль даже начал строительство своего дома на Цыпиной горе, однако этот дом не был достроен, и впоследствии Коваль жил в другом своём деревенском доме в Плутково на реке Нерль, недалеко от Калязина. Путешествия по северным рекам нашли отражения в повести «Самая легкая лодка в мире» (1984), удостоенной Почётного диплома Международного совета по литературе для детей и юношества (IBBY) в 1986 году.

Если «милицейская» трилогия о Васе Куролесове была отчасти связана с отцом писателя, то его «Полынные сказки» (1987) основаны на рассказах его матери Ольги Дмитриевны Колыбиной о её детстве, проведённом в деревне: «Дело в том, что моя мама тогда очень болела, это были ее предсмертные годы. А я ее очень любил, и мне хотелось сделать для нее что-то. А что может сделать писатель — написать». Описание деревенской жизни средней России во всем её многообразии перемежается в книге со сказками, которые впоследствии публиковались отдельно, а по некоторым из них были сняты мультфильмы. «Полынные сказки» выиграли в 1987 году первую премию Всесоюзного конкурса на лучшую детскую книгу и в 1990 году выдвигались на Государственную премию.

В конце 1980-х гг. в журнале «Мурзилка» был организован литературный семинар для начинающих детских писателей. Вести его пригласили Юрия Коваля, который к тому времени печатался в «Мурзилке» уже больше двадцати лет. Занятия семинара проходили в сначала в кабинетах издательства, а затем переместились в мастерскую Коваля на набережной Яузы.

Творчество 1990-х годов

В последние годы жизни Юрий Коваль заканчивает своё главное (и крупнейшее по объёму) произведение — «Суер-Выер», которое сам он определяет не как роман или повесть, а как «пергамент». В беседе с Ириной Скуридиной в марте 1995 Коваль говорил о нём так:

Там написано так… Там написано так, что всё. Понимаешь. Всё!..

Я думаю, что я написал вещь, равную по рангу и Рабле, и Сервантесу, и Свифту, думаю я. Но могу и ошибаться же…

Можно сказать, что писал Коваль «Суера» почти всю жизнь — первые строки будущего «пергамента» появились ещё в 1955, когда вместе с однокурсником Леонидом Мезиновым они задумали фантастическую повесть «Суер-Выер, или Простреленный протез», первые главы которой были даже напечатаны в факультетской стенной газете. В начале 1990-х он вернулся к этой идее, предложив Мезинову продолжить рукопись в соавторстве, однако тот отказался.

«Суер-Выер» был целиком опубликован лишь после смерти писателя — до этого фрагменты выходили в журналах «Огонёк», «Столица», «Русская Виза», «Уральский следопыт», а в конце 1995 — журнальный вариант в «Знамени». В 1996 за это произведение Юрию Ковалю была посмертно присуждена премия «Странник» Международного конгресса писателей-фантастов. Впоследствии было создано несколько аудиоверсий романа, по нему был также поставлен одноимённый спектакль в Театре «Эрмитаж» (2004). Запланированы также съёмки по роману художественного фильма-мюзикла, изобразительный ряд которого будет выдержан в эстетике советской книжной иллюстрации.