При этом обширные связи отца и собственные знакомства позволяли Лонгинову не особенно надрываться по службе и распорядок иметь весьма свободный. Довольно часто он имел возможность отлучаться из Москвы в столицу на весьма продолжительное время. Именно концом 1840-х годов датируется его сближение с кругом «Современника», более всего с Некрасовым, Тургеневым, Дружининым и Панаевым. Отойдёт Лонгинов от журнала примерно в 1857 году, не приняв проводимых Чернышевским и Добролюбовым радикальных идей и не разделяя новых принципов «реальной критики». Судя по всему, отход от прежнего круга общения сопровождался у Лонгинова личной обидой и резким пересмотром прежних взглядов. Спустя всего четыре года он выступает с резкими нападками на новых вождей «Современника» в своей ярко полемической статье «Белинский и его лже-ученики» (журнал «Русский вестник», № 6 за 1861 год). Следующие пять лет, в 1859 — 1864 годах, Михаил Лонгинов замещал должность секретаря общества любителей российской словесности при Московском университете. В это время, когда только начинались большие реформы Александра II, Лонгинов по воспоминаниям Николая Гилярова-Платонова, был большим либералом, всячески «выставлял себя самым ярым защитником свободного слова и самым резким порицателем цензурного учреждения».

В 1865 году Михаил Лонгинов получил назначение состоять ответственным членом от правительства в Тульском губернском присутствии по крестьянским делам, а уже в следующем году — Крапивенским предводителем дворянства, но в этой должности он состоял всего три месяца, после чего перевёлся на службу в министерство внутренних дел. Однако и там пробыл лишь немногим больше. В 1867 году карьера Михаила Лонгинова вступила в свою наивысшую фазу. По протекции своих столичных друзей он получил неожиданно высокое назначение орловским губернатором, в каковой должности и оставался до 1871 года.

В 1871 году Михаил Лонгинов занял последний и высший пост в своей карьере. Его перевели в Санкт-Петербург, где он получил назначение на должность начальника Главного управления по делам печати (или Главного цензора России). Этот пост Лонгинов занимал до самой своей смерти и заслужил на нём своеобразную и громкую славу как в среде чиновников, так и своих бывших друзей и коллег по литературному труду. Либерально настроенный в молодости, уже в 1860-е годы Лонгинов перешёл на ярко выраженные реакционные позиции, которые не замедлили в полной мере проявиться на посту Главного цензора. Тот же Николай Гиляров-Платонов с удивлением отмечал, что Лонгинова словно подменили, его было не узнать, до такой степени «он озлоблением дышал против печати, видел в ней как бы личного врага». Именно Лонгинов выступил главным инициатором и создателем новых цензурных правил от 31 мая 1872 года, сильно дополнивших «слишком либеральный» закон о печати от 6 апреля 1865 года в сторону стеснения положения печати и существенного расширения полномочий министерства внутренних дел в этой области.

Временами деятельность Лонгинова на своём посту отличалась крайней раздражительностью, порой доходившей до фанатической нетерпимости к инакомыслию: так например, он собирался наложить запрет даже на издание русского перевода «Происхождения видов» Чарлза Дарвина. Именно по этому поводу Алексей Толстой написал (в стихах) язвительное «Послание к M. H. Лонгинову о дарвинисме», довольно широко распространившееся в списках и копиях. Несомненно, что большинство литераторов воспринимали «ценсорство» срамного поэта Лонгинова, как нечто анекдотическое и несерьёзное, чем только многократно усиливали его раздражение и репрессии. Весьма забавным в один голос находили также и довольно комическое несоответствие добродушной, почти детской внешности Лонгинова и той несусветной строгости, которую он напустил на себя и всех окружающих. Показателен с этой точки зрения самый стиль толстовского «Послания» — нарочито сниженный, фамильярный и почти нецензурный, начинающийся следующим прямым обращением к начальнику Главного управления при Министерстве внутренних дел Российской империи по делам печати: