Епископ (впоследствии митрополит) Арсений (Стадницкий) писал в это время:начало цитаты

Отец Михаил — это настоящий Фауст до встречи с диаволом. В комнате нет свободного места от книг: и на полу, и на столе, и на стульях. Сам он, тощий-тощий, с растрёпанными волосами, окаймляющими довольно изрядную лысину, крайне нервный, с порывистыми движениями, точно его кто ежесекундно дёргает, как на ниточке Петрушку… Удивительная работоспособность. Но навряд ли он долго проживёт, а то, не дай Бог, не заболел бы душевно.

Конфликт с Синодом

В 1906 году архимандрит Михаил объявил о вступлении в Трудовую народно-социалистическую партию, публично назвал себя христианским социалистом. Его деятельность вызвала резкое недовольство Святейшего Синода, по решению которого он был уволен из духовной академии и отправлен в Задонский монастырь. После самовольного возвращения был осуждён и выслан в Валаамский монастырь, который также покинул без разрешения церковного начальства. Деятельность архимандрита Михаила подвергалась резкой критике со стороны правых политических деятелей, которые концентрировали внимание на его еврейском происхождении.

Старообрядческий деятель

Проявлял интерес к старообрядчеству, ещё во время учёбы, когда на проводившихся во время занятий по «истории и обличению раскола» диспутах играл роль сторонника старообрядчества, что требовало тщательного изучения первоисточников. Постепенно пришёл к выводу о правоте «староверов».

В октябре 1907 года старообрядческий епископ Иннокентий (Усов) присоединил архимандрита Михаила к своей церкви. Объясняя своё решение, архимандрит Михаил писал:

На моих глазах синодскую церковь обвиняли в том, что она от всего учения церкви оставила мёртвую и дряблую ветошь, в которой не найдёшь никакого живого и жизненного ядра; в том, что она исказила учение церкви о таинствах, спасении, убила в этом учении всё, что могло двигать христианскую волю — строить чистую и святую жизнь. Я пытался даже защищать её, но именно во время защиты увидел, что защищаю «фантом», выдуманную церковь, которой нет. А та, которая есть, не поддаётся никакой защите.

В 1910 году писал о причине своего присоединения к старообрядцам:начало цитаты

Я уважаю и люблю старообрядчество за то, что оно кровью купило себе свободу от рабства государству, от порабощения свободы церковной воле папы, Никона или заступившей его папской иерархии. Я уверен был по его духу (и сейчас уверен), что в нём, обагрённом реками крови, пролитой за свободу мысли и убеждения, возможнее, чем где-нибудь, свободное раскрытие правды Божией о земле и небе.

За переход в старообрядчество был лишён Синодом сана архимандрита, что означало и запрет права проживания в столицах. С 1908 года жил в Белоострове, затем — в Симбирске, у сестры.

В 1908 году епископ Иннокентий единолично произвёл его хиротонию в епископа Канадского. (это было разрешено старообрядческой церковью Белокриницкой иерархии, которая была в 1847 году также единолично основана митрополитом Амвросием (Поповичем), поскольку такая практика считается возможной в экстренных ситуациях; но в данном случае хиротония призналась недействительной, а епископ Иннокентий был запрещён. Через полгода оба эти постановления отменили).

4 февраля 1909 года епископ Михаил как поставленный без санкции высшего церковного руководства, был запрещён в служении, но 27 августа того же года разрешён условно — в случае прибытия на Канадскую кафедру. Тогда же старообрядцы признали правильность его хиротонии. Однако из-за недостатка средств епископ Михаил не добрался до Северной Америки, в связи с чем 31 августа 1910 года ему снова было запрещено священнослужение.